More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4645 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 112 aa  225  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  99.11 
 
 		 133 aa  223  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 316 aa  124  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 274 aa  120  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  50.46 
 
 		 282 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 319 aa  114  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  50.49 
 
 		 312 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 304 aa  106  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  45.54 
 
 		 294 aa  104  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 322 aa  99  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  43.56 
 
 		 296 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  40.59 
 
 		 292 aa  95.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  43.56 
 
 		 272 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  43.56 
 
 		 297 aa  94.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 306 aa  92  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 309 aa  92  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  46 
 
 		 316 aa  92  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  50.96 
 
 		 162 aa  91.7  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 308 aa  91.7  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 331 aa  90.9  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  40.59 
 
 		 202 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 223 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  45.74 
 
 		 287 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  50.6 
 
 		 150 aa  87  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  44.79 
 
 		 278 aa  86.7  9e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  40.59 
 
 		 308 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 168 aa  85.5  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 306 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 308 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  40.59 
 
 		 180 aa  84.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 318 aa  84.7  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  35.58 
 
 		 301 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 304 aa  84  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  42.06 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 304 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 		 287 aa  82  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  42.53 
 
 		 305 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 301 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 299 aa  80.9  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 316 aa  80.9  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 		 293 aa  80.5  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 279 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  40.86 
 
 		 368 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  40.59 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  42.39 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  43.16 
 
 		 160 aa  79.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 156 aa  78.2  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 302 aa  78.6  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 		 306 aa  77.8  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4299  transcriptional regulator, AraC family  46.99 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 299 aa  78.2  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 149 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 136 aa  77.8  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 147 aa  77.8  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 305 aa  77.4  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 139 aa  77  0.00000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 296 aa  77  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 322 aa  77  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 148 aa  77  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2229  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 160 aa  77  0.00000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  41.9 
 
 		 288 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 250 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 156 aa  75.5  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 147 aa  75.9  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 300 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 157 aa  75.1  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2070  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 151 aa  75.5  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 293 aa  75.1  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 291 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 384 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 279 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 302 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 302 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 300 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 300 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7719  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  40 
 
 		 134 aa  74.3  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  74.3  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 291 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 281 aa  73.9  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>