More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4604 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 295 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  64.66 
 
 		 304 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 299 aa  332  6e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  56.84 
 
 		 292 aa  315  8e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  56.49 
 
 		 288 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  56.49 
 
 		 288 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  55.87 
 
 		 295 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 287 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 289 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 289 aa  275  5e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 289 aa  275  5e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 289 aa  271  9e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 311 aa  269  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 311 aa  269  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  48.74 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  48.74 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  48.23 
 
 		 311 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 305 aa  258  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 293 aa  255  6e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 291 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 283 aa  208  8e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 288 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  39.49 
 
 		 293 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 286 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 286 aa  156  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 287 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 286 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 287 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 295 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 301 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 290 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 322 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  32.46 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.45 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  30.51 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.45 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 314 aa  119  6e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3083  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 356 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  29.27 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  33.2 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>