More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4396 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 133 aa  265  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 133 aa  265  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0677  MerR family transcriptional regulator  52.59 
 
 		 116 aa  130  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00486381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3704  MerR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 116 aa  128  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2081  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 117 aa  97.4  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.665595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  44.04 
 
 		 140 aa  85.9  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2818  transcriptional regulator, MerR family  38.66 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000370461  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.67 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 164 aa  78.6  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  38.94 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 152 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  36.52 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  40.18 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  40.35 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  40.35 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.96 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.96 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 141 aa  74.7  0.0000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 133 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.96 
 
 		 144 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  38.6 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0714  putative transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3329  zinc-responsive transcriptional regulator  38.39 
 
 		 144 aa  73.9  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.886267 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  40.54 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  40.19 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  38.26 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 117 aa  73.2  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.39 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14720  predicted transcriptional regulator  39.32 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.590627  normal  0.772199 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 155 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  36.97 
 
 		 155 aa  72  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  34.96 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 120 aa  72  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  36.61 
 
 		 159 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0408  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.21 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.381542  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5384  transcriptional regulator, MerR family  36.97 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  36.04 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  36.84 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  37.39 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  38.6 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 138 aa  70.5  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  35.4 
 
 		 163 aa  70.5  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0738  transcriptional regulator, MerR family  35.09 
 
 		 160 aa  70.5  0.000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 139 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  38.21 
 
 		 134 aa  70.1  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  36.21 
 
 		 152 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 149 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  34.82 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  34 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  35.85 
 
 		 140 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  34.78 
 
 		 144 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  37.14 
 
 		 148 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  35.24 
 
 		 154 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.07 
 
 		 139 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.65 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.65 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.65 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  37.39 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  38.68 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.65 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  38.66 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  36.52 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  36.52 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  36.52 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.52 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.52 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.65 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  36.21 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 119 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02041  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  34.04 
 
 		 116 aa  68.2  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0157  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 167 aa  68.2  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3563  transcriptional regulator, MerR family  37.14 
 
 		 143 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  39.62 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.52 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0869  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01780  transcriptional regulator, MerR family  34.15 
 
 		 158 aa  68.6  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.95899 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  36.21 
 
 		 173 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0478  MerR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 146 aa  68.6  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.52 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 154 aa  68.2  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  37.14 
 
 		 148 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>