More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4324 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 305 aa  621  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 305 aa  621  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  83.61 
 
 		 324 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 327 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 301 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  47.02 
 
 		 346 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 311 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 293 aa  259  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 311 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 311 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 311 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 332 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 315 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 291 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  48.07 
 
 		 293 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 678 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 305 aa  252  6e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  45.94 
 
 		 291 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  51.23 
 
 		 311 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  51.63 
 
 		 251 aa  244  9e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  45.36 
 
 		 291 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0708  AraC family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 311 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0725  AraC family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 290 aa  235  6e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  44.29 
 
 		 291 aa  235  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  43.06 
 
 		 291 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 291 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 291 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  42.8 
 
 		 289 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  42.96 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  41.99 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5208  AraC family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 314 aa  198  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  40.51 
 
 		 322 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  38.69 
 
 		 291 aa  185  9e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  39.27 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  39.15 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  34.04 
 
 		 287 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 287 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  35.47 
 
 		 287 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  35.47 
 
 		 287 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  36.94 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  99  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 279 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  33.18 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  42.2 
 
 		 180 aa  89  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 154 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  29.59 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 281 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 281 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  42.45 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 361 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  27.73 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 156 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 353 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 277 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  41.28 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  38.32 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0591  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  35.59 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  40.57 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  40.57 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>