More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4241 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  91.47 
 
 		 710 aa  1298    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  61.92 
 
 		 750 aa  879    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  58.55 
 
 		 745 aa  806    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  62.34 
 
 		 720 aa  873    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 716 aa  1464    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 716 aa  1464    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  61.71 
 
 		 685 aa  876    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  62.14 
 
 		 725 aa  847    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  62.29 
 
 		 702 aa  876    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  59.34 
 
 		 689 aa  870    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  60.42 
 
 		 717 aa  874    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  60.68 
 
 		 686 aa  842    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  61.52 
 
 		 687 aa  848    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  62.79 
 
 		 708 aa  865    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  61.11 
 
 		 688 aa  849    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  60.6 
 
 		 689 aa  866    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  62.89 
 
 		 702 aa  865    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  60.58 
 
 		 687 aa  851    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  59.35 
 
 		 694 aa  855    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  62.95 
 
 		 712 aa  863    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  61.26 
 
 		 686 aa  871    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  61.55 
 
 		 686 aa  874    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  47.08 
 
 		 700 aa  605  9.999999999999999e-173  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  40.77 
 
 		 676 aa  423  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  41.31 
 
 		 681 aa  424  1e-117  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  34.59 
 
 		 754 aa  387  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  35.75 
 
 		 655 aa  379  1e-103  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  37.73 
 
 		 745 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  36.6 
 
 		 714 aa  370  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  36.93 
 
 		 725 aa  369  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  36.12 
 
 		 726 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  36.26 
 
 		 726 aa  368  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  34.47 
 
 		 742 aa  346  1e-93  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  37.12 
 
 		 719 aa  343  5e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  35.21 
 
 		 669 aa  341  2.9999999999999998e-92  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  36.85 
 
 		 724 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  36.35 
 
 		 789 aa  340  5.9999999999999996e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.93 
 
 		 719 aa  339  9e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  36.4 
 
 		 768 aa  339  9.999999999999999e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  33.19 
 
 		 648 aa  335  2e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  33.19 
 
 		 648 aa  335  2e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  33.65 
 
 		 733 aa  322  9.999999999999999e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  32.29 
 
 		 656 aa  318  3e-85  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  34.01 
 
 		 668 aa  313  6.999999999999999e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  31.18 
 
 		 630 aa  303  5.000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  29.53 
 
 		 706 aa  301  4e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  31.65 
 
 		 764 aa  297  4e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  31.6 
 
 		 749 aa  292  1e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  29.6 
 
 		 735 aa  292  2e-77  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  31.06 
 
 		 724 aa  288  2e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  32.33 
 
 		 773 aa  288  4e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  31.64 
 
 		 769 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.38 
 
 		 762 aa  285  2.0000000000000002e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  31.94 
 
 		 757 aa  285  2.0000000000000002e-75  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  31.15 
 
 		 755 aa  285  3.0000000000000004e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  29.32 
 
 		 625 aa  283  7.000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  33.03 
 
 		 778 aa  281  3e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  32.86 
 
 		 892 aa  280  6e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  32.7 
 
 		 737 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  31.94 
 
 		 736 aa  273  6e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.97 
 
 		 773 aa  273  7e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.2 
 
 		 785 aa  273  1e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  32.16 
 
 		 765 aa  273  1e-71  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  34.62 
 
 		 725 aa  272  1e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.18 
 
 		 755 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.21 
 
 		 742 aa  271  4e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.47 
 
 		 765 aa  269  1e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  30.5 
 
 		 630 aa  269  2e-70  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.25 
 
 		 751 aa  267  5e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  30.58 
 
 		 789 aa  266  8e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  32.73 
 
 		 720 aa  266  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.09 
 
 		 751 aa  266  1e-69  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  33.38 
 
 		 734 aa  266  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  31.98 
 
 		 783 aa  265  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  32.32 
 
 		 714 aa  265  2e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.13 
 
 		 765 aa  265  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.8 
 
 		 718 aa  264  4e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.14 
 
 		 729 aa  264  4e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  33.49 
 
 		 724 aa  263  6e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  33.49 
 
 		 724 aa  263  6e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.68 
 
 		 734 aa  263  6e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  32.12 
 
 		 707 aa  263  6.999999999999999e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  31.99 
 
 		 689 aa  263  8e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  31.87 
 
 		 678 aa  263  8.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.72 
 
 		 741 aa  263  8.999999999999999e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.97 
 
 		 732 aa  263  1e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  32.57 
 
 		 720 aa  261  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  33.49 
 
 		 720 aa  261  3e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  33.88 
 
 		 760 aa  261  3e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  32.06 
 
 		 728 aa  261  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.95 
 
 		 729 aa  261  4e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  33.84 
 
 		 787 aa  261  4e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.54 
 
 		 763 aa  261  4e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  32.02 
 
 		 727 aa  260  6e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  30.59 
 
 		 681 aa  260  6e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.75 
 
 		 783 aa  260  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  31.92 
 
 		 728 aa  260  7e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  32.76 
 
 		 744 aa  259  8e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  32.3 
 
 		 727 aa  259  9e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  33.03 
 
 		 728 aa  259  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>