More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4238 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 348 aa  711    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 348 aa  711    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  45.48 
 
 		 343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.87 
 
 		 345 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  39.65 
 
 		 345 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  41.96 
 
 		 316 aa  257  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 345 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.51 
 
 		 319 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  42.4 
 
 		 320 aa  257  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  41.23 
 
 		 341 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.64 
 
 		 321 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  44.11 
 
 		 327 aa  242  7e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  40.72 
 
 		 324 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 321 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.5 
 
 		 326 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.17 
 
 		 367 aa  237  3e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 323 aa  235  8e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 323 aa  235  8e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 323 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.82 
 
 		 323 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.44 
 
 		 327 aa  232  6e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  37.61 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.06 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 323 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.82 
 
 		 323 aa  229  7e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 417 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.82 
 
 		 323 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.25 
 
 		 326 aa  226  7e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.71 
 
 		 322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 417 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.39 
 
 		 318 aa  205  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  57.06 
 
 		 681 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  37.43 
 
 		 344 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 356 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.75 
 
 		 737 aa  191  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  36.34 
 
 		 336 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.34 
 
 		 336 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 		 694 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.72 
 
 		 321 aa  178  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  36.92 
 
 		 347 aa  176  7e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  47.28 
 
 		 542 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.95 
 
 		 878 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.23 
 
 		 325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  41.26 
 
 		 794 aa  163  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  40.67 
 
 		 438 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  47.59 
 
 		 669 aa  162  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  40.95 
 
 		 442 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.21 
 
 		 624 aa  160  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  52.38 
 
 		 595 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.34 
 
 		 1965 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  50.68 
 
 		 399 aa  159  7e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.11 
 
 		 640 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.74 
 
 		 680 aa  158  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  48.78 
 
 		 401 aa  158  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  40.96 
 
 		 441 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 680 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  39.16 
 
 		 431 aa  153  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  42.94 
 
 		 321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  38.17 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.24 
 
 		 722 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.06 
 
 		 728 aa  152  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.1 
 
 		 743 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  43.43 
 
 		 400 aa  152  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 349 aa  151  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  45.09 
 
 		 422 aa  150  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  45.86 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.36 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 464 aa  149  7e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  55.15 
 
 		 514 aa  149  7e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  44.74 
 
 		 732 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  40.62 
 
 		 743 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  39.59 
 
 		 276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  44.37 
 
 		 240 aa  146  6e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 555 aa  146  6e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.36 
 
 		 1550 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  48.81 
 
 		 425 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  44.08 
 
 		 607 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 1428 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.54 
 
 		 506 aa  145  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  39.49 
 
 		 267 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.24 
 
 		 780 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 650 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  49.09 
 
 		 681 aa  144  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2121  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 343 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.631655 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  47.17 
 
 		 418 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.39 
 
 		 1114 aa  143  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.76 
 
 		 722 aa  143  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  40.76 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.76 
 
 		 722 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.71 
 
 		 1125 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 764 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 764 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>