More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4150 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  100 
 
 
334 aa  681    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  100 
 
 
334 aa  681    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  46.37 
 
 
338 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  42.94 
 
 
332 aa  285  5e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 
340 aa  255  6e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  41.08 
 
 
346 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  40.3 
 
 
349 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  39.7 
 
 
349 aa  245  8e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  40.13 
 
 
346 aa  243  3.9999999999999997e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  39.94 
 
 
341 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  41.78 
 
 
341 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.06 
 
 
344 aa  235  8e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  39.62 
 
 
349 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  41.91 
 
 
340 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  39.62 
 
 
344 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 
347 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  41.64 
 
 
345 aa  229  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  39.49 
 
 
332 aa  229  7e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  40.86 
 
 
332 aa  228  8e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  38.06 
 
 
349 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  39.7 
 
 
346 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  39.51 
 
 
333 aa  228  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.32 
 
 
345 aa  228  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.94 
 
 
346 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.63 
 
 
345 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  39.62 
 
 
347 aa  226  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  38.37 
 
 
342 aa  225  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  39.09 
 
 
348 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  38.69 
 
 
337 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  40.34 
 
 
337 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  38.69 
 
 
364 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  38.69 
 
 
337 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  38.69 
 
 
337 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  38.69 
 
 
337 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  38.69 
 
 
337 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  38.69 
 
 
337 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  41.03 
 
 
337 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  36.47 
 
 
336 aa  215  8e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  38.28 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  38.07 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  38.23 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  37.16 
 
 
345 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  38.91 
 
 
303 aa  212  7.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  36.7 
 
 
349 aa  211  9e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  36.7 
 
 
349 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  36.48 
 
 
371 aa  211  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  38.61 
 
 
334 aa  205  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  38.16 
 
 
334 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.71 
 
 
336 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  36.02 
 
 
328 aa  205  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  38.16 
 
 
334 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  38.16 
 
 
334 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  38.16 
 
 
334 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  36.59 
 
 
340 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  35.47 
 
 
356 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.83 
 
 
334 aa  204  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  37.62 
 
 
339 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  37.3 
 
 
336 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  37.14 
 
 
348 aa  199  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.63 
 
 
339 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.17 
 
 
334 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  34 
 
 
353 aa  197  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  34.64 
 
 
361 aa  193  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  31.37 
 
 
355 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  27.33 
 
 
376 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  27.78 
 
 
391 aa  95.5  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4613  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.45 
 
 
335 aa  86.3  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3454  ABC transporter, substrate-binding protein  23.63 
 
 
334 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  22.69 
 
 
337 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4901  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.74 
 
 
335 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4675  ABC transporter substrate-binding protein  25.37 
 
 
338 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5036  ABC transporter substrate-binding protein  25.37 
 
 
325 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.647768  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.85 
 
 
327 aa  82.8  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4533  ABC transporter, substrate-binding protein  25.37 
 
 
335 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4900  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.37 
 
 
335 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0337  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.02 
 
 
335 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  24.09 
 
 
336 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  26.13 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0806  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  28.81 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.488938  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4514  ABC transporter, substrate-binding protein  23.79 
 
 
335 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4921  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.79 
 
 
335 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4935  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25 
 
 
325 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2312  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  25.83 
 
 
328 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.355114  hitchhiker  0.0000000431055 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1035  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  32.2 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  24.79 
 
 
340 aa  73.6  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2293  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.67 
 
 
336 aa  73.2  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0967  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  31.13 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00256112 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2960  sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein, putative  25.61 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.641077  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2931  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  25.23 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2641  alkanesulfonates-binding protein  25.61 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.245447  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1999  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.6 
 
 
331 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.63 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2664  alkanesulfonates-binding protein  25.52 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760849  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2788  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.17 
 
 
336 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0498257  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2713  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  25.3 
 
 
328 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.38086  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2921  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  25.3 
 
 
328 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2967  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  25.61 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.588828  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2920  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  25 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10374e-18 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3874  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.44 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3175  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.33 
 
 
367 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311198  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>