69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4122 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4122  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  100 
 
 
342 aa  700    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4009  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  100 
 
 
342 aa  700    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.368962  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03032  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  93.77 
 
 
346 aa  625  1e-178  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.08661 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  56.05 
 
 
338 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6690  putative periplasmic substrate-binding subunit (ABC transporter)  53.75 
 
 
338 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  53.31 
 
 
338 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1728  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  48.58 
 
 
333 aa  308  9e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1399  ABC transporter periplasmic binding protein  45.45 
 
 
341 aa  290  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.117419  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3590  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  46.43 
 
 
341 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102161  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4505  NLPA lipoprotein  44.38 
 
 
342 aa  287  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.826664  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1797  ABC transporter periplasmic binding protein  44.57 
 
 
340 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3930  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  46.43 
 
 
341 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0340  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.9 
 
 
339 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2525  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  44.64 
 
 
338 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74884  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  45.06 
 
 
345 aa  285  7e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00383664  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3455  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  43.83 
 
 
347 aa  285  9e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0138  NLPA lipoprotein  44.88 
 
 
341 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2205  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  46.37 
 
 
337 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5195  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.9 
 
 
339 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0191  ABC transporter periplasmic-binding protein  43.99 
 
 
339 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5326  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  46.35 
 
 
338 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0170  ABC transporter, periplasmic binding protein  43.7 
 
 
339 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0189  ABC transporter, periplasmic binding protein  44.12 
 
 
339 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.366153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5057  ABC transporter, periplasmic binding protein  43.7 
 
 
339 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4888  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  42.77 
 
 
332 aa  275  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.962716  normal  0.144986 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30920  ABC transporter, periplasmic binding protein  44.3 
 
 
343 aa  275  6e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3496  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  46.3 
 
 
338 aa  275  6e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0231638 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30880  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.34 
 
 
339 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1299  ABC transporter periplasmic binding protein  45.45 
 
 
362 aa  270  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34770  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  42.98 
 
 
340 aa  269  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.429191  normal  0.0167014 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1388  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.49 
 
 
317 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1606  NLPA lipoprotein  44.48 
 
 
346 aa  264  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000297803 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6192  ABC transporter substrate binding protein  47.15 
 
 
343 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1244  ABC transporter substrate binding protein  47.15 
 
 
343 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.803249  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6588  ABC transporter substrate binding protein  47.15 
 
 
343 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5982  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.63 
 
 
334 aa  258  8e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.475529  normal  0.473207 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3603  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.57 
 
 
350 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2170  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.27 
 
 
350 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541715  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0512  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.83 
 
 
366 aa  257  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0154  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.32 
 
 
350 aa  257  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4137  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  43.99 
 
 
341 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19179  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6250  ABC transporter substrate binding protein  46.01 
 
 
351 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126747  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6535  ABC transporter substrate binding protein  46.58 
 
 
351 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5990  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.14 
 
 
341 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.626097 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2677  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.23 
 
 
343 aa  252  7e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3889  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.37 
 
 
335 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.475299  normal  0.125658 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3151  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.61 
 
 
330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3152  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.05 
 
 
335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3888  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.61 
 
 
330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1120  ABC transporter, periplasmic binding protein  39.88 
 
 
334 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6049  ABC transporter substrate binding protein  44.3 
 
 
351 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5060  ABC transporter substrate-binding protein  38.1 
 
 
327 aa  228  9e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3450  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.21 
 
 
343 aa  226  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302208  hitchhiker  0.000774086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0536  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  36.45 
 
 
342 aa  218  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00532956  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1866  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.06 
 
 
348 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.346438  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1878  ABC transporter substrate binding protein  38.06 
 
 
348 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.314195  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0343  ABC transporter substrate-binding protein  38.06 
 
 
348 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.658815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0818  ABC transporter substrate binding protein  38.06 
 
 
348 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0106898  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2032  ABC transporter substrate binding protein  38.06 
 
 
348 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.596707  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1687  ABC transporter substrate binding protein  38.06 
 
 
348 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3259  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  38.61 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6244  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  34.95 
 
 
334 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5095  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  41.53 
 
 
119 aa  92.8  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.296668  normal  0.288347 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1573  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 
326 aa  50.4  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.817202  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5127  Fis family transcriptional regulator  24.68 
 
 
325 aa  45.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.295645  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4052  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.68 
 
 
354 aa  45.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2788  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24 
 
 
336 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0498257  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1411  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  23.72 
 
 
320 aa  43.5  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.214398 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1678  hypothetical protein  22.85 
 
 
334 aa  42.7  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>