59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4027 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4027  blue (type 1) copper domain protein  100 
 
 		 162 aa  330  4e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0457304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3913  blue (type 1) copper domain protein  100 
 
 		 162 aa  330  4e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2668  blue (type1) copper domain-containing protein  53.21 
 
 		 163 aa  186  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.975423  normal  0.234604 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  63.04 
 
 		 272 aa  183  9e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3487  blue (type1) copper domain-containing protein  57.33 
 
 		 170 aa  179  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5685  blue (type 1) copper domain protein  61.9 
 
 		 168 aa  174  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4551  blue (type1) copper domain-containing protein  61.6 
 
 		 171 aa  171  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2721  blue (type1) copper domain-containing protein  56.39 
 
 		 166 aa  171  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0479159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2197  blue (type 1) copper domain protein  56.39 
 
 		 164 aa  169  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1833  blue (type 1) copper domain protein  44.44 
 
 		 159 aa  148  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00584393 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5863  blue (type 1) copper domain protein  49.29 
 
 		 159 aa  141  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6116  putative oxido-reductase protein CopI  44.23 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2909  blue (type1) copper domain-containing protein  51.26 
 
 		 163 aa  136  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.272302  normal  0.0133564 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5106  blue (type 1) copper domain protein  43.23 
 
 		 160 aa  136  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00549955 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4824  blue (type1) copper domain-containing protein  42.41 
 
 		 160 aa  133  9e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.904248  normal  0.294152 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3980  blue (type 1) copper domain protein  45.68 
 
 		 166 aa  133  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4603  blue (type1) copper domain-containing protein  44.2 
 
 		 160 aa  128  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.258245 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9849  copper tolerance protein  40.88 
 
 		 159 aa  128  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7873  blue (type 1) copper domain protein  43.71 
 
 		 156 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4053  transposase Tn3 family protein  42.59 
 
 		 166 aa  127  7.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0734  blue (type 1) copper domain protein  43.95 
 
 		 159 aa  127  7.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227893  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5030  blue (type1) copper domain-containing protein  43.14 
 
 		 159 aa  127  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4583  normal  0.77741 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9844  copper tolerance protein  40.88 
 
 		 159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0575  blue (type1) copper domain-containing protein  37.65 
 
 		 154 aa  124  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0159129  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1207  blue (type 1) copper domain protein  42.41 
 
 		 160 aa  123  9e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1267  blue (type1) copper domain-containing protein  40.96 
 
 		 171 aa  123  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2601  blue (type1) copper domain-containing protein  41.77 
 
 		 160 aa  122  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.377321  normal  0.709674 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4902  blue (type1) copper domain-containing protein  42.86 
 
 		 156 aa  121  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1635  oxidoreductase  49.14 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.400621  normal  0.0387336 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2655  blue (type1) copper domain-containing protein  47.9 
 
 		 164 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.366193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6520  putative copper tolerance protein (cupredoxin)  46.83 
 
 		 153 aa  117  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3425  putative copper tolerance protein  43.51 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.792125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1092  blue (type 1) copper domain protein  40.76 
 
 		 165 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4269  blue (type1) copper domain-containing protein  42.28 
 
 		 161 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1667  blue (type1) copper domain-containing protein  44.8 
 
 		 164 aa  111  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0125  copper-binding protein  37.76 
 
 		 177 aa  104  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0969  hypothetical protein  36 
 
 		 169 aa  99.4  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001394  hypothetical protein  38.1 
 
 		 188 aa  98.6  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000508588  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3995  blue (type1) copper domain-containing protein  39.26 
 
 		 180 aa  98.2  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.704782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2231  blue (type1) copper domain-containing protein  34.87 
 
 		 177 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1700  blue (type1) copper domain-containing protein  31.89 
 
 		 175 aa  94  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1676  blue (type1) copper domain-containing protein  31.03 
 
 		 167 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3854  uncharacterized copper-binding protein  34.69 
 
 		 177 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0348  blue (type1) copper domain-containing protein  40 
 
 		 189 aa  92  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471869 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06367  hypothetical protein  34.92 
 
 		 188 aa  92  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2159  plastocyanin/azurin family copper binding protein  35.1 
 
 		 175 aa  90.5  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0076427  normal  0.727347 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2350  hypothetical protein  32.8 
 
 		 182 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3583  hypothetical protein  31.32 
 
 		 175 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3263  putative copper binding protein  39.64 
 
 		 176 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27840  hypothetical protein  31.91 
 
 		 205 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0713  hypothetical protein  32.52 
 
 		 190 aa  85.9  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2232  hypothetical protein  31.25 
 
 		 185 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.53865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0759  blue (type1) copper domain-containing protein  25.42 
 
 		 287 aa  50.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00521723  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  24.83 
 
 		 534 aa  47.4  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1660  blue (type 1) copper domain protein  25.42 
 
 		 314 aa  42.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18341  plastocyanin  32 
 
 		 119 aa  42  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.259314 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2073  blue (type1) copper domain-containing protein  24.8 
 
 		 161 aa  41.2  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.256815  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1802  blue (type1) copper domain-containing protein  25.14 
 
 		 179 aa  40.8  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.495145 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2634  blue (type 1) copper domain protein  27.19 
 
 		 140 aa  40.8  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>