More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4022 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_3908  thioesterase superfamily protein  100 
 
 
167 aa  350  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  5.24164e-10  normal  0.88258 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4022  thioesterase superfamily protein  100 
 
 
167 aa  350  7e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  8.09189e-08  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05225  acyl-CoA thioester hydrolase-related protein  95.03 
 
 
164 aa  325  3e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.917425 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4040  thioesterase superfamily protein  84.91 
 
 
161 aa  286  8e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4748  Thioesterase superfamily  83.44 
 
 
169 aa  281  3e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3519  thioesterase superfamily protein  75.16 
 
 
162 aa  256  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0788817  hitchhiker  0.00126727 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72810  hypothetical protein  75.8 
 
 
188 aa  255  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.432575  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6320  hypothetical protein  75.8 
 
 
160 aa  254  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329807  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2333  thioesterase superfamily protein  72.29 
 
 
166 aa  251  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00814892  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2844  thioesterase superfamily protein  72.29 
 
 
166 aa  251  3e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01760  Thioesterase superfamily protein  76.16 
 
 
163 aa  249  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2365  thioesterase superfamily protein  71.26 
 
 
168 aa  248  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.405025  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2101  thioesterase superfamily protein  71.79 
 
 
168 aa  242  2e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616916  normal  0.421094 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1695  thioesterase superfamily protein  71.07 
 
 
161 aa  242  2e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.472508  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2512  thioesterase superfamily protein  69.28 
 
 
167 aa  241  5e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00440997 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5649  thioesterase superfamily protein  76.58 
 
 
160 aa  241  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0146738 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5069  thioesterase superfamily protein  75.8 
 
 
161 aa  239  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0629  thioesterase superfamily protein  71.79 
 
 
168 aa  239  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.74816  normal  0.12456 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5520  cytosolic long-chain acyl-CoA thioester hydrolase family protein  75.8 
 
 
161 aa  236  8e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29290  hypothetical protein  68.79 
 
 
166 aa  231  4e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2939  thioesterase superfamily protein  68.59 
 
 
171 aa  230  6e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3968  hypothetical protein  68.15 
 
 
166 aa  230  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5405  thioesterase superfamily protein  74.17 
 
 
161 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0779904 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3558  putative thioesterase  77.78 
 
 
162 aa  228  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5134  thioesterase superfamily protein  71.97 
 
 
161 aa  227  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4528  thioesterase superfamily protein  68.79 
 
 
161 aa  218  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0732  thioesterase superfamily protein  66.89 
 
 
178 aa  216  1e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.424709  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5264  thioesterase superfamily protein  74.83 
 
 
161 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.62859 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5356  thioesterase superfamily protein  74.83 
 
 
161 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1557  thioesterase superfamily protein  67.35 
 
 
188 aa  213  7e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.71893e-07  hitchhiker  5.55084e-06 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0743  acyl-CoA thioester hydrolase-related protein  65.54 
 
 
187 aa  213  1e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3367  thioesterase superfamily protein  72.14 
 
 
178 aa  210  6e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.241986  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2829  thioesterase superfamily protein  67.53 
 
 
180 aa  209  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.61254  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2092  thioesterase superfamily protein  62.82 
 
 
162 aa  208  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1352  thioesterase superfamily protein  68.83 
 
 
180 aa  206  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0082018  hitchhiker  3.91158e-07 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4153  thioesterase superfamily protein  60.76 
 
 
167 aa  204  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.104889  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0127  Acyl-Coa thioester hydrolase protein  68.92 
 
 
153 aa  197  7e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1441  thioesterase superfamily protein  69.35 
 
 
161 aa  194  7e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0023  acyl-CoA hydrolase  58 
 
 
173 aa  184  6e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1994  thioesterase family protein  59.72 
 
 
146 aa  184  6e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0016  thioesterase superfamily protein  67.91 
 
 
179 aa  179  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.704012  hitchhiker  0.000199845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4520  thioesterase superfamily protein  65.67 
 
 
176 aa  174  4e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5821  thioesterase superfamily protein  55.71 
 
 
185 aa  171  5e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380127 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4412  thioesterase superfamily protein  52.87 
 
 
187 aa  170  7e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0067  thioesterase superfamily protein  54 
 
 
182 aa  169  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11393  putative acyl-CoA thioester hydrolase  46.34 
 
 
180 aa  158  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3511  thioesterase superfamily protein  46.81 
 
 
189 aa  153  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269627  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02221  Thioesterase superfamily protein  51.8 
 
 
169 aa  151  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3024  acyl CoA thioester hydrolase family protein  49.65 
 
 
187 aa  149  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2480  Acyl-CoA hydrolase-like  47.77 
 
 
185 aa  149  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001332  acyl-CoA hydrolase  38.51 
 
 
161 aa  123  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000629116  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2490  thioesterase superfamily protein  40.65 
 
 
166 aa  122  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.530412  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0410  thioesterase superfamily protein  39.47 
 
 
171 aa  119  2e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1607  thioesterase superfamily protein  37.97 
 
 
162 aa  117  5e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000128786 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2290  thioesterase superfamily protein  37.97 
 
 
161 aa  117  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0256526  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2516  putative acyl-CoA hydrolase  43.07 
 
 
158 aa  116  2e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1334  putative thioesterase  37.27 
 
 
161 aa  115  2e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.806608  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1397  thioesterase superfamily protein  40.91 
 
 
172 aa  114  4e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2620  cytosolic long-chain acyl-CoA thioester hydrolase family protein  37.42 
 
 
160 aa  115  4e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000119255  hitchhiker  2.52749e-07 
 
 
-
 
NC_002620  TC0822  cytosolic acyl-CoA thioester hydrolase family protein  43.28 
 
 
159 aa  114  6e-25  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1797  thioesterase superfamily protein  44.83 
 
 
167 aa  114  9e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.076404  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0694  thioesterase superfamily protein  41.01 
 
 
155 aa  113  1e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0261705  normal  0.151885 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2214  thioesterase superfamily protein  43.18 
 
 
170 aa  113  1e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162674  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1977  cytosolic long-chain acyl-CoA thioester hydrolase family protein  38.06 
 
 
159 aa  113  1e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00309488  hitchhiker  0.00204138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4068  thioesterase superfamily protein  37.66 
 
 
158 aa  112  2e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00186471  normal  0.167118 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7651  thioesterase superfamily protein  43.85 
 
 
248 aa  110  9e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2948  thioesterase superfamily protein  42.98 
 
 
168 aa  110  1e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.300986  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1037  long-chain acyl-CoA thioester hydrolase  42.98 
 
 
168 aa  110  1e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2462  thioesterase superfamily protein  38.26 
 
 
159 aa  108  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.146341  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2392  thioesterase superfamily protein  38.26 
 
 
159 aa  108  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.251578  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2555  thioesterase superfamily protein  38.26 
 
 
159 aa  108  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159828  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3253  thioesterase superfamily protein  40.67 
 
 
169 aa  107  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.190225 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0724  thioesterase superfamily protein  41.55 
 
 
327 aa  107  6e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.823012  hitchhiker  3.02759e-07 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0440  thioesterase family protein  36.36 
 
 
158 aa  107  7e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2772  cytosolic long-chain acyl-CoA thioester hydrolase family protein  38.26 
 
 
159 aa  107  8e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2046  thioesterase superfamily protein  40.27 
 
 
158 aa  106  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00153231  decreased coverage  0.00531586 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1586  thioesterase superfamily protein  38.26 
 
 
159 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00531862  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0336  thioesterase family protein  45.45 
 
 
176 aa  106  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  5.18739e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1723  thioesterase superfamily protein  38.26 
 
 
159 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.847646  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1763  thioesterase superfamily protein  38.26 
 
 
159 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1720  thioesterase superfamily protein  38.26 
 
 
159 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00965102  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2569  thioesterase superfamily protein  38.26 
 
 
159 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029827  hitchhiker  0.00345212 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2309  thioesterase superfamily protein  45.08 
 
 
175 aa  104  6e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0351  thioesterase superfamily protein  35.82 
 
 
147 aa  104  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2766  thioesterase superfamily protein  35.57 
 
 
158 aa  103  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00729283  normal  0.4675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3841  thioesterase superfamily protein  37.96 
 
 
149 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0796  acyl-CoA thioester hydrolase, putative  38.36 
 
 
157 aa  102  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1502  thioesterase superfamily protein  37.97 
 
 
162 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0333721  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2809  thioesterase superfamily protein  47.06 
 
 
173 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4260  thioesterase superfamily protein  39.22 
 
 
172 aa  102  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.166669 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0298  acyl-CoA thioester hydrolase-related protein  38.41 
 
 
162 aa  102  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.22  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0969  thioesterase superfamily protein  46.67 
 
 
170 aa  101  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0610  thioesterase superfamily protein  46.67 
 
 
170 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1048  thioesterase superfamily protein  46.67 
 
 
170 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.175803  normal  0.925568 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1089  thioesterase superfamily protein  46.67 
 
 
170 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0965  thioesterase superfamily protein  46.67 
 
 
170 aa  101  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4578  thioesterase superfamily protein  36.3 
 
 
149 aa  101  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0794  thioesterase superfamily protein  45.71 
 
 
168 aa  100  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216547  normal  0.0788297 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4202  thioesterase superfamily protein  45.71 
 
 
170 aa  100  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2516  thioesterase family protein  43.94 
 
 
168 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>