105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3835 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  88.16 
 
 		 456 aa  806    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 456 aa  937    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 456 aa  937    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  44.25 
 
 		 447 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  43.58 
 
 		 447 aa  352  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  43.36 
 
 		 447 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  43.36 
 
 		 447 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  43.84 
 
 		 444 aa  345  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  42.79 
 
 		 453 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  44.01 
 
 		 453 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  41.92 
 
 		 453 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  42.73 
 
 		 444 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  42.21 
 
 		 448 aa  338  8e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  42.37 
 
 		 444 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  41.99 
 
 		 452 aa  335  9e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  41.77 
 
 		 452 aa  333  5e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  42.67 
 
 		 454 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  42.79 
 
 		 454 aa  331  1e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  40.18 
 
 		 448 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  34.7 
 
 		 455 aa  256  6e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  34.7 
 
 		 455 aa  256  6e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  35.21 
 
 		 482 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  35.7 
 
 		 454 aa  253  6e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  38.06 
 
 		 446 aa  236  9e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  32.1 
 
 		 422 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  32.58 
 
 		 425 aa  173  5e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  31.64 
 
 		 422 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  31.64 
 
 		 422 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  32.08 
 
 		 510 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  32.98 
 
 		 417 aa  172  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  31.53 
 
 		 417 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  31.65 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  31.54 
 
 		 501 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  28.07 
 
 		 512 aa  144  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  28.19 
 
 		 476 aa  133  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  26.81 
 
 		 440 aa  129  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  29.56 
 
 		 504 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  29.56 
 
 		 504 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  29.56 
 
 		 504 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  29.56 
 
 		 504 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  29.56 
 
 		 504 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  29.56 
 
 		 504 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  29.56 
 
 		 504 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  27.79 
 
 		 486 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  29.47 
 
 		 483 aa  121  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  29.59 
 
 		 495 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  26.77 
 
 		 480 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  28.21 
 
 		 494 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  26.79 
 
 		 502 aa  117  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  29.03 
 
 		 514 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  27.11 
 
 		 498 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  29.72 
 
 		 514 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  29.72 
 
 		 514 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  28.67 
 
 		 492 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  27.51 
 
 		 534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  29.32 
 
 		 493 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  27.74 
 
 		 534 aa  113  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  27.17 
 
 		 502 aa  113  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  26.62 
 
 		 509 aa  106  7e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  28.9 
 
 		 507 aa  106  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  28.44 
 
 		 474 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  26.56 
 
 		 485 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  26.96 
 
 		 488 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  27.23 
 
 		 446 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  25.9 
 
 		 490 aa  99  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  25.76 
 
 		 481 aa  94.7  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  26.05 
 
 		 478 aa  87.8  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  27.71 
 
 		 490 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  27.71 
 
 		 490 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  27.83 
 
 		 481 aa  83.2  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  27.19 
 
 		 522 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  25.24 
 
 		 449 aa  80.1  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  25.6 
 
 		 486 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  25.6 
 
 		 492 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  23.21 
 
 		 534 aa  78.2  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 494 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 486 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 481 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 486 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  23.52 
 
 		 434 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  22.3 
 
 		 473 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  23.81 
 
 		 452 aa  67  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  25.2 
 
 		 484 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  27.31 
 
 		 480 aa  65.1  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  27.09 
 
 		 452 aa  63.2  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  23.66 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  25.13 
 
 		 493 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  27.94 
 
 		 476 aa  57.8  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  24.93 
 
 		 484 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 		 476 aa  55.1  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  23.71 
 
 		 469 aa  54.7  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  27.13 
 
 		 459 aa  55.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  24.12 
 
 		 462 aa  50.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3012  carbohydrate-selective porin OprB  31.48 
 
 		 414 aa  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.339715  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  28.5 
 
 		 499 aa  49.3  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  23.79 
 
 		 446 aa  49.7  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  25.48 
 
 		 444 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  24.39 
 
 		 498 aa  47.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  24.49 
 
 		 710 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  24.39 
 
 		 498 aa  47.4  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>