More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3781 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 230 aa  460  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 230 aa  460  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.26 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.36 
 
 		 237 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  36.82 
 
 		 266 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  37.05 
 
 		 228 aa  121  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  34.09 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  34.09 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  34.09 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  34.09 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  34.09 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 233 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 227 aa  115  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 235 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 235 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 235 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.8 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.8 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 235 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  37.44 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 237 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  31.39 
 
 		 247 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.19 
 
 		 248 aa  99.8  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.84 
 
 		 251 aa  99.4  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 304 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 309 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 227 aa  99  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  32.88 
 
 		 247 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 239 aa  99  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 239 aa  98.6  6e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 284 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 284 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 289 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  34.86 
 
 		 285 aa  98.6  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  34.29 
 
 		 284 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  34.29 
 
 		 281 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.82 
 
 		 239 aa  98.2  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.69 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  32.42 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  32.42 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 278 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.71 
 
 		 299 aa  97.1  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  29 
 
 		 239 aa  95.9  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 239 aa  95.1  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  33.71 
 
 		 262 aa  94.7  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  33.71 
 
 		 259 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  29.82 
 
 		 248 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  29.41 
 
 		 229 aa  94  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 241 aa  92  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 241 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 231 aa  86.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  85.9  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 236 aa  85.1  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  24.54 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  26.58 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  28.51 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.83 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  28.7 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 252 aa  76.6  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.58 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.86 
 
 		 261 aa  75.5  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.84 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.58 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.49 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.5 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  29.47 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.66 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.79 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.35 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.83 
 
 		 243 aa  71.6  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.58 
 
 		 243 aa  71.6  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  31 
 
 		 225 aa  71.6  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 272 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  30.56 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>