More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3737 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 299 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 310 aa  325  5e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.76 
 
 		 297 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  57.53 
 
 		 310 aa  323  3e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 302 aa  305  5.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  54.01 
 
 		 298 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  56.36 
 
 		 302 aa  300  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 299 aa  269  4e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  38.01 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.05 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  35.74 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.36 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  37.11 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.49 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  35.67 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 328 aa  152  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  34 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  31.01 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 316 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  34 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  34 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  34 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  34 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>