More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3719 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  100 
 
 
352 aa  706  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  100 
 
 
352 aa  706  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  88.65 
 
 
356 aa  590  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  87.73 
 
 
356 aa  584  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  80.4 
 
 
351 aa  566  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  61 
 
 
361 aa  417  1e-115  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  59.5 
 
 
359 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  58.66 
 
 
358 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  58.66 
 
 
387 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  56.13 
 
 
367 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  58.66 
 
 
358 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  55.9 
 
 
358 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  56.76 
 
 
358 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  55.62 
 
 
358 aa  362  6e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  55.62 
 
 
358 aa  362  7e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  57.45 
 
 
358 aa  361  9e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  56.84 
 
 
358 aa  358  5e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  56.84 
 
 
358 aa  358  5e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  56.84 
 
 
358 aa  358  5e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  53.94 
 
 
361 aa  336  3e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  53.64 
 
 
361 aa  334  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  48.3 
 
 
365 aa  306  4e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  48.31 
 
 
357 aa  303  2e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  48.03 
 
 
357 aa  303  4e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  47.44 
 
 
360 aa  302  6e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  43.89 
 
 
363 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  47.65 
 
 
344 aa  279  5e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  47.14 
 
 
344 aa  273  2e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  45.7 
 
 
344 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5435  porin precursor transmembrane protein  47.51 
 
 
332 aa  236  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  45.15 
 
 
340 aa  234  1e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  43.2 
 
 
342 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  44.28 
 
 
341 aa  225  8e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  42.49 
 
 
362 aa  219  4e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  39.94 
 
 
357 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  39.94 
 
 
357 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  39.26 
 
 
357 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  39.59 
 
 
357 aa  198  1e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  39.59 
 
 
357 aa  198  1e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  36.67 
 
 
341 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  38.46 
 
 
340 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2122  hypothetical protein  80 
 
 
104 aa  152  6e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521605  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  37.61 
 
 
338 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  32.98 
 
 
369 aa  146  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  3.49197e-07  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  34.84 
 
 
344 aa  133  4e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  36.15 
 
 
352 aa  131  2e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  32.83 
 
 
376 aa  129  1e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  31.82 
 
 
335 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  34.85 
 
 
339 aa  122  1e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  35.75 
 
 
351 aa  121  2e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  5.17962e-07  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  34.07 
 
 
392 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  34.07 
 
 
392 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  35.01 
 
 
362 aa  119  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  35.98 
 
 
374 aa  119  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  32.14 
 
 
358 aa  118  1e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  33.24 
 
 
386 aa  119  1e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  33.24 
 
 
386 aa  118  1e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  31.4 
 
 
387 aa  117  2e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  35.26 
 
 
354 aa  117  2e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.06 
 
 
389 aa  118  2e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  33.33 
 
 
349 aa  117  2e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  35.92 
 
 
389 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  35.92 
 
 
389 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  36.36 
 
 
389 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  33.23 
 
 
347 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  32.04 
 
 
376 aa  116  4e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  34.74 
 
 
355 aa  115  8e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  4.13543e-07 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  33.6 
 
 
362 aa  115  8e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  32.53 
 
 
385 aa  115  1e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  32.14 
 
 
350 aa  115  1e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  30.66 
 
 
394 aa  114  2e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6595  porin  30.34 
 
 
394 aa  114  2e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.924404  normal  0.0790344 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1237  porin  30.34 
 
 
394 aa  114  2e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  30.42 
 
 
390 aa  114  2e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  29.73 
 
 
367 aa  114  2e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  33.53 
 
 
368 aa  114  2e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  31.74 
 
 
388 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6199  porin  30.34 
 
 
394 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.687747  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  32.01 
 
 
352 aa  113  4e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  33.24 
 
 
430 aa  113  4e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  33.43 
 
 
370 aa  113  4e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  30.37 
 
 
385 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  33.24 
 
 
430 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  33.24 
 
 
430 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  31.02 
 
 
430 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  31.02 
 
 
430 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  31.36 
 
 
387 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  34.43 
 
 
355 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  31.02 
 
 
384 aa  112  1e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2478  outer membrane protein (porin)  31.54 
 
 
385 aa  112  1e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.917959 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  33.52 
 
 
394 aa  111  1e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2059  putative outer membrane porin  32.98 
 
 
390 aa  112  1e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  31.02 
 
 
411 aa  111  2e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2350  putative outer membrane porin  32.98 
 
 
430 aa  111  2e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  31.02 
 
 
384 aa  111  2e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  31.02 
 
 
384 aa  111  2e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1367  putative outer membrane porin  32.98 
 
 
430 aa  111  2e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1085  putative outer membrane porin  32.98 
 
 
430 aa  111  2e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.376652  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  31.02 
 
 
384 aa  111  2e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  33.84 
 
 
366 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>