More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3627 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  82.49 
 
 
510 aa  806    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  100 
 
 
507 aa  1023    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  100 
 
 
507 aa  1023    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  56.62 
 
 
493 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  58.17 
 
 
493 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  57.53 
 
 
493 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  57.54 
 
 
493 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  58.16 
 
 
491 aa  537  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  46.07 
 
 
549 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  44.96 
 
 
497 aa  376  1e-103  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  40.25 
 
 
487 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  45.74 
 
 
490 aa  347  4e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  41.19 
 
 
489 aa  333  3e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  38.28 
 
 
508 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  36.4 
 
 
440 aa  252  1e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  32.51 
 
 
591 aa  232  1e-59  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  31.87 
 
 
477 aa  231  3e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  31.66 
 
 
494 aa  227  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  30.12 
 
 
573 aa  220  5e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  31.67 
 
 
465 aa  216  7e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  33.82 
 
 
587 aa  211  3e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  30.38 
 
 
564 aa  191  2e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  29.16 
 
 
582 aa  190  5e-47  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  29.67 
 
 
660 aa  189  9e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  28.63 
 
 
483 aa  186  9e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  30.85 
 
 
602 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  29.31 
 
 
600 aa  146  7.0000000000000006e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  32.58 
 
 
478 aa  143  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  27.35 
 
 
581 aa  142  1.9999999999999998e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  29.77 
 
 
469 aa  138  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  30.26 
 
 
434 aa  137  4e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  32.26 
 
 
485 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  29.93 
 
 
467 aa  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  31.16 
 
 
476 aa  130  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  30.25 
 
 
437 aa  130  7.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  30.48 
 
 
444 aa  129  8.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  30.17 
 
 
440 aa  128  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  29.51 
 
 
434 aa  126  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  28.04 
 
 
441 aa  123  8e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  31.31 
 
 
443 aa  123  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  29.95 
 
 
421 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  28 
 
 
433 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  29.74 
 
 
449 aa  119  9e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  28.4 
 
 
443 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  27.34 
 
 
442 aa  118  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  30.1 
 
 
439 aa  117  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  29.1 
 
 
468 aa  116  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  29.44 
 
 
430 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  29.41 
 
 
451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  29.67 
 
 
442 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  27.45 
 
 
446 aa  112  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  27.67 
 
 
473 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  28.36 
 
 
438 aa  111  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  27.36 
 
 
442 aa  110  5e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  29.16 
 
 
428 aa  110  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  29 
 
 
442 aa  110  6e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  28.91 
 
 
450 aa  109  1e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  28.2 
 
 
441 aa  108  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  30.89 
 
 
468 aa  108  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  27.91 
 
 
494 aa  108  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  28.43 
 
 
440 aa  107  7e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  27.34 
 
 
457 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  28.75 
 
 
432 aa  105  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  27.27 
 
 
462 aa  105  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  27.93 
 
 
448 aa  104  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  27.51 
 
 
434 aa  103  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  27.89 
 
 
434 aa  103  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  29.37 
 
 
444 aa  103  7e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  27.39 
 
 
452 aa  103  8e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.66 
 
 
393 aa  102  1e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  29.29 
 
 
435 aa  103  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  28.4 
 
 
472 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  28.8 
 
 
468 aa  102  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  28.29 
 
 
444 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  28.29 
 
 
444 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  27.48 
 
 
434 aa  99.4  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  26.57 
 
 
485 aa  99.8  1e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  26.8 
 
 
451 aa  99.8  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  26.57 
 
 
439 aa  98.6  2e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  25.06 
 
 
429 aa  99  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  25.86 
 
 
390 aa  97.4  5e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.13 
 
 
388 aa  96.3  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  29.13 
 
 
444 aa  95.9  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  26.58 
 
 
446 aa  95.5  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  27.41 
 
 
445 aa  94.4  4e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.66 
 
 
375 aa  94  6e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34350  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  29.46 
 
 
477 aa  91.7  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.174691  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3476  peptidase family M20/M25/M40 domain-containing protein  23.21 
 
 
459 aa  90.1  8e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.128443 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.65 
 
 
413 aa  84.7  0.000000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1265  hypothetical protein  23.68 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.729138 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.06 
 
 
375 aa  84.7  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.06 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.06 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  23.06 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.06 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.06 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.06 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.06 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.7 
 
 
375 aa  83.6  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.83 
 
 
376 aa  83.2  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>