139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3623 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 217 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 217 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  47.78 
 
 		 205 aa  192  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  43.68 
 
 		 198 aa  144  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  45.28 
 
 		 207 aa  121  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 		 197 aa  99  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 194 aa  97.8  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 231 aa  97.4  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 192 aa  90.5  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 188 aa  85.9  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  36.2 
 
 		 199 aa  84.3  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  37.01 
 
 		 185 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 177 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  28.05 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5294  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0307229 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  31.41 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3310  hypothetical protein  32.45 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.106528 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 182 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  27.63 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 199 aa  63.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  32.03 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  31.58 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 184 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1726  transcriptional regulator, TetR family protein  31.03 
 
 		 238 aa  52  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0513672  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1007  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.85068  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  31.03 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0284  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0846937  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1810  transcriptional regulator, TetR family protein  31.03 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976243  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1312  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0361  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 212 aa  51.6  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.23201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1535  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1770  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 250 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1817  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 250 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.882667 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1751  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 250 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0745  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 189 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  39.62 
 
 		 261 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1526  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 189 aa  47  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000234923  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2108  TetR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 244 aa  47  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15710  transcriptional regulator  35.63 
 
 		 221 aa  46.6  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274511  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 268 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  39.62 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  39.62 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  39.62 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1710  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 200 aa  45.8  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 195 aa  45.8  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4414  transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 419 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.617294  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 214 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3407  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 422 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.282297 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5889  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 186 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 194 aa  45.4  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4581  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 453 aa  44.7  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0520678  hitchhiker  0.00576912 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0813  transcriptional regulator  26 
 
 		 181 aa  44.7  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000037914  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5456  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 195 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.31437 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1035  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 214 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 196 aa  44.7  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3253  transcriptional regulator  24.11 
 
 		 194 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0516477  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5405  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 195 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 212 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3625  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2683  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 219 aa  43.5  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5677  regulatory protein  41.86 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4813  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 195 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.800631  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>