More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3606 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 406 aa  806    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 406 aa  806    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  85.76 
 
 		 344 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  56.58 
 
 		 386 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  53.42 
 
 		 379 aa  379  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  56.91 
 
 		 384 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  50.41 
 
 		 390 aa  344  1e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  50.14 
 
 		 382 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  53.03 
 
 		 405 aa  333  4e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  46.48 
 
 		 383 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  48.56 
 
 		 403 aa  299  8e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  34.18 
 
 		 399 aa  179  7e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  34.71 
 
 		 398 aa  170  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  30.93 
 
 		 418 aa  160  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  30.89 
 
 		 405 aa  158  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 410 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  34.08 
 
 		 402 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  30.46 
 
 		 423 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  29.31 
 
 		 424 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 427 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 428 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  32.84 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 388 aa  142  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  33.33 
 
 		 382 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 		 587 aa  139  8.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  31.05 
 
 		 440 aa  138  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  29.49 
 
 		 377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.54 
 
 		 465 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.6 
 
 		 671 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 		 412 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.72 
 
 		 460 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 		 455 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  28.74 
 
 		 418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.54 
 
 		 456 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 		 382 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 		 382 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  29.87 
 
 		 468 aa  130  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 472 aa  130  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  30.37 
 
 		 466 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  30.03 
 
 		 413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  31.04 
 
 		 421 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  24.25 
 
 		 361 aa  128  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.29 
 
 		 432 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  31.99 
 
 		 375 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 		 421 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  29.53 
 
 		 505 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  32.01 
 
 		 402 aa  127  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  31.02 
 
 		 385 aa  126  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  29.28 
 
 		 400 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.8 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 459 aa  125  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  30.31 
 
 		 384 aa  124  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  31.46 
 
 		 451 aa  123  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 502 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  29.82 
 
 		 416 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 373 aa  122  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.02 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 500 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  29.53 
 
 		 418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  28.05 
 
 		 472 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 		 502 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.7 
 
 		 510 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.07 
 
 		 376 aa  121  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 514 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 513 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 513 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  30.88 
 
 		 527 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  29 
 
 		 513 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 513 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 640 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  27.74 
 
 		 529 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 599 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.13 
 
 		 390 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5714  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.67 
 
 		 420 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  26.83 
 
 		 526 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1239  RND family efflux transporter MFP subunit  31.86 
 
 		 451 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  27.44 
 
 		 512 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  30.41 
 
 		 416 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 416 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 416 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  30.38 
 
 		 521 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  31.37 
 
 		 459 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.92 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 380 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.61 
 
 		 384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  27.35 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 382 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  27.65 
 
 		 415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 		 384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.48 
 
 		 516 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  30.09 
 
 		 416 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 		 384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.31 
 
 		 384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.48 
 
 		 516 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  29.54 
 
 		 540 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.7 
 
 		 705 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1301  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 419 aa  114  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.837432  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.58 
 
 		 438 aa  113  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>