More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3536 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
587 aa  1201    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
610 aa  1199    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.02 
 
 
616 aa  621  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.12 
 
 
616 aa  609  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.01 
 
 
613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.96 
 
 
615 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.02 
 
 
612 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.85 
 
 
612 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.91 
 
 
613 aa  590  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.61 
 
 
613 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.61 
 
 
613 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.88 
 
 
612 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.65 
 
 
594 aa  568  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.65 
 
 
594 aa  568  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.36 
 
 
676 aa  492  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.43 
 
 
633 aa  487  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.25 
 
 
610 aa  486  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.28 
 
 
637 aa  482  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.54 
 
 
598 aa  481  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.78 
 
 
627 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.42 
 
 
606 aa  431  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
611 aa  395  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36.9 
 
 
590 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.25 
 
 
590 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.93 
 
 
596 aa  360  4e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.8 
 
 
601 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.1 
 
 
590 aa  351  2e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.04 
 
 
582 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.11 
 
 
592 aa  344  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.45 
 
 
584 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.71 
 
 
632 aa  341  2e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.16 
 
 
584 aa  333  4e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.29 
 
 
584 aa  332  1e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.75 
 
 
581 aa  331  2e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.22 
 
 
585 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.39 
 
 
572 aa  324  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.87 
 
 
585 aa  325  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.22 
 
 
585 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.64 
 
 
580 aa  319  9e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.47 
 
 
584 aa  316  7e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.3 
 
 
583 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.19 
 
 
583 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.92 
 
 
584 aa  312  9e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.22 
 
 
585 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.64 
 
 
599 aa  300  6e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.89 
 
 
590 aa  300  7e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  53.82 
 
 
254 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
605 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.51 
 
 
786 aa  256  6e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.45 
 
 
753 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
766 aa  250  5e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 
773 aa  250  6e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
883 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.79 
 
 
797 aa  231  3e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  40.82 
 
 
353 aa  230  5e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.82 
 
 
603 aa  227  6e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.85 
 
 
599 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.5 
 
 
409 aa  209  9e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.12 
 
 
1036 aa  193  8e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
633 aa  190  5e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  60.58 
 
 
245 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.29 
 
 
1023 aa  182  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.65 
 
 
565 aa  166  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.04 
 
 
594 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  25.26 
 
 
590 aa  162  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.12 
 
 
379 aa  160  9e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.39 
 
 
806 aa  157  6e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  32.79 
 
 
306 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  33.76 
 
 
284 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  32.46 
 
 
357 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24 
 
 
734 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  33.05 
 
 
351 aa  131  3e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 
441 aa  124  7e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 
475 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.63 
 
 
310 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3125  protein serine/threonine phosphatase  42.22 
 
 
411 aa  122  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.36 
 
 
318 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  37.99 
 
 
446 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  38.55 
 
 
446 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  38.2 
 
 
442 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.32 
 
 
443 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 
304 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  32.54 
 
 
594 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 
443 aa  115  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2934  protein serine/threonine phosphatase  37.24 
 
 
410 aa  114  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 
437 aa  114  7.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 
308 aa  113  8.000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  39.78 
 
 
436 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  36.17 
 
 
1111 aa  111  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  24.83 
 
 
343 aa  110  7.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 
385 aa  110  7.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  31.37 
 
 
438 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2259  serine phosphatase  36.67 
 
 
415 aa  110  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.913112  normal  0.299146 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  34.65 
 
 
250 aa  108  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.87 
 
 
319 aa  108  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  24.36 
 
 
263 aa  106  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  32.19 
 
 
332 aa  106  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0984  protein serine/threonine phosphatase  36.92 
 
 
414 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.69 
 
 
703 aa  105  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2422  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.94 
 
 
617 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.411965  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>