More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3455 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  100 
 
 		 410 aa  838    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  73.66 
 
 		 409 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  73.9 
 
 		 414 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  73.66 
 
 		 409 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  72.97 
 
 		 409 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4470  putative phage integrase  55.64 
 
 		 399 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  55.19 
 
 		 404 aa  421  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  48.97 
 
 		 440 aa  391  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3095  integrase family protein  48.49 
 
 		 392 aa  360  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000033184 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  46.75 
 
 		 410 aa  321  1.9999999999999998e-86  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  43.95 
 
 		 403 aa  317  3e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  39.75 
 
 		 418 aa  259  8e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  38.48 
 
 		 400 aa  256  6e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  37.28 
 
 		 418 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  39.26 
 
 		 418 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  37.94 
 
 		 398 aa  251  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  36.7 
 
 		 402 aa  251  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  37.72 
 
 		 402 aa  250  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  37.22 
 
 		 399 aa  249  5e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  39.59 
 
 		 389 aa  245  8e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  37.59 
 
 		 395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  37.44 
 
 		 395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  36.96 
 
 		 400 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  36.14 
 
 		 418 aa  239  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  36.13 
 
 		 446 aa  237  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  35.29 
 
 		 404 aa  236  4e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  34.24 
 
 		 418 aa  236  6e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  34.24 
 
 		 418 aa  236  6e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3366  phage integrase family protein  39.73 
 
 		 394 aa  235  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  36.83 
 
 		 434 aa  236  8e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0496  phage integrase  35.71 
 
 		 418 aa  235  9e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  35.39 
 
 		 426 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  35.82 
 
 		 402 aa  234  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  36.05 
 
 		 417 aa  233  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  35.19 
 
 		 415 aa  233  6e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  35.63 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1465  phage integrase  38.79 
 
 		 418 aa  230  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.595385 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  34.73 
 
 		 404 aa  229  5e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  34.73 
 
 		 404 aa  229  5e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  36.29 
 
 		 394 aa  229  5e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  34.73 
 
 		 404 aa  229  6e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  35.57 
 
 		 390 aa  228  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  34.5 
 
 		 455 aa  227  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  36.39 
 
 		 445 aa  226  7e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  36.54 
 
 		 429 aa  225  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3484  phage integrase family protein  38.6 
 
 		 418 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  33 
 
 		 404 aa  222  8e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  36.07 
 
 		 404 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  33.97 
 
 		 421 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  33.16 
 
 		 404 aa  222  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  33 
 
 		 404 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1130  integrase family protein  35.59 
 
 		 418 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  35.87 
 
 		 439 aa  216  4e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  36.7 
 
 		 418 aa  216  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  34.69 
 
 		 391 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  35.19 
 
 		 401 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  33.84 
 
 		 414 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  33.5 
 
 		 402 aa  213  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  33.67 
 
 		 395 aa  213  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  32.99 
 
 		 394 aa  211  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  32.99 
 
 		 394 aa  211  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  34.28 
 
 		 410 aa  210  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  33.5 
 
 		 396 aa  210  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  35.81 
 
 		 401 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  33.25 
 
 		 403 aa  209  9e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  35 
 
 		 413 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  32.32 
 
 		 396 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  37.07 
 
 		 420 aa  209  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  33.5 
 
 		 438 aa  209  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  35.91 
 
 		 420 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  33.92 
 
 		 419 aa  208  1e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  33.59 
 
 		 417 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  32.32 
 
 		 395 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  32.4 
 
 		 416 aa  208  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  35.53 
 
 		 400 aa  207  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  32.65 
 
 		 394 aa  206  5e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  32.39 
 
 		 394 aa  206  6e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  33.33 
 
 		 402 aa  206  6e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  33.16 
 
 		 406 aa  206  6e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  32.17 
 
 		 398 aa  206  7e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  31.58 
 
 		 420 aa  206  8e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  35.73 
 
 		 422 aa  205  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  34.7 
 
 		 396 aa  205  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  33.58 
 
 		 404 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  33.17 
 
 		 397 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  34.45 
 
 		 409 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  35.04 
 
 		 395 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  35.11 
 
 		 404 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  34.9 
 
 		 419 aa  204  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  33.68 
 
 		 396 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  33.33 
 
 		 428 aa  203  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  34.5 
 
 		 402 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  34.01 
 
 		 409 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  32.99 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  33.5 
 
 		 404 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  33.5 
 
 		 404 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  35.16 
 
 		 422 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  33.33 
 
 		 395 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  33.16 
 
 		 402 aa  200  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  35.03 
 
 		 401 aa  201  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>