127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3396 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3396  nucleoid occlusion protein  100 
 
 		 216 aa  440  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3719  nucleoid occlusion protein  99.54 
 
 		 216 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0031  nucleoid occlusion protein  88.99 
 
 		 218 aa  384  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0182  nucleoid occlusion protein  75.96 
 
 		 220 aa  317  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847466  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0142  nucleoid occlusion protein  76.41 
 
 		 216 aa  307  9e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2012  nucleoid occlusion protein  65.53 
 
 		 216 aa  274  6e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1729  nucleoid occlusion protein  64.29 
 
 		 216 aa  270  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3007  nucleoid occlusion protein  69.27 
 
 		 221 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6449  nucleoid occlusion protein  65.37 
 
 		 221 aa  266  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.695285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2484  nucleoid occlusion protein  65.69 
 
 		 220 aa  264  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.11022  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3098  nucleoid occlusion protein  65.69 
 
 		 220 aa  264  7e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.170288  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3114  nucleoid occlusion protein  65.37 
 
 		 221 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3247  nucleoid occlusion protein  65.87 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2908  nucleoid occlusion protein  65.87 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.946505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2181  nucleoid occlusion protein  65.87 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0183  nucleoid occlusion protein  65.87 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.24476  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0193  nucleoid occlusion protein  65.87 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3440  nucleoid occlusion protein  65.87 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0378  nucleoid occlusion protein  64.59 
 
 		 230 aa  259  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.99909  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0158  nucleoid occlusion protein  64.56 
 
 		 230 aa  254  8e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4387  nucleoid occlusion protein  63.21 
 
 		 233 aa  249  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.449333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0336  nucleoid occlusion protein  63.11 
 
 		 227 aa  248  7e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0062  nucleoid occlusion protein  59.72 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2257  nucleoid occlusion protein  65.59 
 
 		 192 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.178912  hitchhiker  0.0000216309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1117  nucleoid occlusion protein  60.64 
 
 		 200 aa  242  3e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.862438  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3094  nucleoid occlusion protein  63.82 
 
 		 221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.483047 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3145  nucleoid occlusion protein  64.02 
 
 		 191 aa  238  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.909533  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0501  nucleoid occlusion protein  57.14 
 
 		 220 aa  236  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.957497  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0777  nucleoid occlusion protein  55.76 
 
 		 217 aa  235  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0627  nucleoid occlusion protein  64.77 
 
 		 202 aa  234  7e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.375777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0542  nucleoid occlusion protein  62.37 
 
 		 214 aa  231  5e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3979  nucleoid occlusion protein  59.31 
 
 		 216 aa  228  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.56213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3521  nucleoid occlusion protein  52.46 
 
 		 240 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1324  nucleoid occlusion protein  52.81 
 
 		 231 aa  209  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892359 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4136  nucleoid occlusion protein  58.46 
 
 		 224 aa  208  5e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.925695  hitchhiker  0.00000191569 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2389  nucleoid occlusion protein  62.29 
 
 		 204 aa  202  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.102395  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0589  nucleoid occlusion protein  55.4 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.45381  normal  0.299357 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0569  nucleoid occlusion protein  55.74 
 
 		 214 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00047  nucleoid occlusion protein  49.74 
 
 		 195 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0044  nucleoid occlusion protein  50.54 
 
 		 197 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00442405  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0620  nucleoid occlusion protein  49.2 
 
 		 197 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000140669 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3674  nucleoid occlusion protein  47.75 
 
 		 199 aa  165  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00408157  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0181  nucleoid occlusion protein  45.03 
 
 		 198 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2985  nucleoid occlusion protein  51.63 
 
 		 205 aa  159  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111899  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3600  nucleoid occlusion protein  47.25 
 
 		 197 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.741133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0356  nucleoid occlusion protein  47.25 
 
 		 197 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3773  nucleoid occlusion protein  47.25 
 
 		 197 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.461125 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4251  nucleoid occlusion protein  46.7 
 
 		 197 aa  156  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0399  nucleoid occlusion protein  46.7 
 
 		 197 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0627309  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0374  nucleoid occlusion protein  46.7 
 
 		 197 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000212742  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0373  nucleoid occlusion protein  46.7 
 
 		 197 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0485263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0385  nucleoid occlusion protein  46.7 
 
 		 197 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000224895  hitchhiker  0.00861349 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0459  nucleoid occlusion protein  46.7 
 
 		 197 aa  154  8e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126678  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3831  nucleoid occlusion protein  46.63 
 
 		 197 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0059  nucleoid occlusion protein  45.51 
 
 		 200 aa  154  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0445493  normal  0.11202 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0324  nucleoid occlusion protein  49.44 
 
 		 197 aa  153  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4564  nucleoid occlusion protein  46.07 
 
 		 197 aa  152  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000269162  unclonable  0.0000000294752 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3484  nucleoid occlusion protein  48.55 
 
 		 197 aa  150  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000984177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0382  nucleoid occlusion protein  47.19 
 
 		 197 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135011  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3840  nucleoid occlusion protein  47.75 
 
 		 197 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00664895  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  47.49 
 
 		 210 aa  148  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0194  nucleoid occlusion protein  48.57 
 
 		 196 aa  145  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  44.57 
 
 		 196 aa  145  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0323  nucleoid occlusion protein  46.63 
 
 		 197 aa  145  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000549659  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  44.02 
 
 		 196 aa  143  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3502  nucleoid occlusion protein  43.82 
 
 		 195 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.284468  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0141  nucleoid occlusion protein  37.67 
 
 		 219 aa  132  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102052  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0155  nucleoid occlusion protein  42.19 
 
 		 198 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.894699  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3931  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0886736  hitchhiker  0.000487739 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4012  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.554445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4058  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4119  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.441328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0058  nucleoid occlusion protein  42.16 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00579463  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0052  nucleoid occlusion protein  42.16 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.881528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4158  nucleoid occlusion protein  42.16 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000407134  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3949  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4103  nucleoid occlusion protein  42.16 
 
 		 198 aa  126  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0313607  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4845  nucleoid occlusion protein  43.09 
 
 		 198 aa  126  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0111456  decreased coverage  0.000000677674 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3963  nucleoid occlusion protein  43.62 
 
 		 198 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000172432  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03498  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0113918  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0064  transcriptional regulator, TetR family  43.58 
 
 		 198 aa  125  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000175826  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03450  hypothetical protein  43.58 
 
 		 198 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00837733  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5011  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  125  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0450587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3850  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  125  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000201623  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4142  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  125  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000526151  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0070  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  125  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  unclonable  0.00000000943905 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4066  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  125  5e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00270158  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3976  nucleoid occlusion protein  43.58 
 
 		 198 aa  125  7e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.027184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4393  nucleoid occlusion protein  42.16 
 
 		 198 aa  124  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0098  nucleoid occlusion protein  41.9 
 
 		 198 aa  122  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0100985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  24.34 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1307  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  24.19 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 202 aa  54.7  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1325  transcriptional regulator, TetR family  20.25 
 
 		 203 aa  52.4  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.161657  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1250  TetR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2686  TetR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0616794  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>