More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3358 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 401 aa  774    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  94.79 
 
 		 402 aa  647    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  85.04 
 
 		 401 aa  628  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  58.16 
 
 		 379 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  57.32 
 
 		 399 aa  360  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  55.87 
 
 		 386 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  55.04 
 
 		 374 aa  358  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  56.05 
 
 		 371 aa  354  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  54.67 
 
 		 336 aa  354  2e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  55.24 
 
 		 386 aa  353  4e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  53.64 
 
 		 389 aa  348  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  56.27 
 
 		 365 aa  346  3e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  52.8 
 
 		 408 aa  345  1e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  55.13 
 
 		 382 aa  342  5e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  50.98 
 
 		 409 aa  342  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  50.26 
 
 		 372 aa  340  2e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  50.74 
 
 		 421 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  55.19 
 
 		 320 aa  335  5.999999999999999e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  53.23 
 
 		 399 aa  330  3e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  50.5 
 
 		 422 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  55.87 
 
 		 387 aa  328  9e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  50 
 
 		 422 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  50.5 
 
 		 475 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  50.25 
 
 		 475 aa  322  5e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  53.35 
 
 		 358 aa  320  3e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  49.14 
 
 		 448 aa  319  5e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  49.37 
 
 		 422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  53.44 
 
 		 379 aa  313  2.9999999999999996e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  48.62 
 
 		 422 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  48.89 
 
 		 405 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  50.27 
 
 		 368 aa  310  4e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  51.06 
 
 		 434 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  50.8 
 
 		 434 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  48.81 
 
 		 375 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  50.27 
 
 		 396 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  50.27 
 
 		 396 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  50.27 
 
 		 434 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  50.27 
 
 		 434 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  51.18 
 
 		 433 aa  301  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  50 
 
 		 434 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  47.95 
 
 		 379 aa  294  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  48.32 
 
 		 384 aa  288  1e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  49.75 
 
 		 425 aa  286  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  46.52 
 
 		 364 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  46.76 
 
 		 388 aa  278  1e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  45.99 
 
 		 377 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  45.58 
 
 		 365 aa  270  2e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  45.58 
 
 		 365 aa  270  2e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  46.06 
 
 		 377 aa  267  2e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  44.29 
 
 		 381 aa  261  2e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  54.96 
 
 		 405 aa  260  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  44.29 
 
 		 381 aa  259  8e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  44.23 
 
 		 379 aa  256  6e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  44.47 
 
 		 356 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  45.45 
 
 		 361 aa  253  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  41.29 
 
 		 399 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  45.67 
 
 		 308 aa  250  4e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  43.31 
 
 		 394 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  42.64 
 
 		 366 aa  249  5e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  45.13 
 
 		 361 aa  249  6e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  41.84 
 
 		 383 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  42.16 
 
 		 358 aa  248  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  47.13 
 
 		 311 aa  248  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  45.34 
 
 		 368 aa  247  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  45.33 
 
 		 296 aa  247  3e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  44.74 
 
 		 365 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  41.07 
 
 		 369 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  44.47 
 
 		 365 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  44.65 
 
 		 372 aa  243  6e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  37.63 
 
 		 370 aa  241  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  43.68 
 
 		 365 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  42.67 
 
 		 385 aa  241  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  38.22 
 
 		 362 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  41.16 
 
 		 369 aa  238  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  40.9 
 
 		 366 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  45.09 
 
 		 366 aa  237  4e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  43.05 
 
 		 352 aa  236  7e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  38.92 
 
 		 369 aa  236  7e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  41.01 
 
 		 364 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  40.53 
 
 		 371 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  46.08 
 
 		 365 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  41.03 
 
 		 338 aa  233  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  39.68 
 
 		 365 aa  233  5e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  41.33 
 
 		 367 aa  232  8.000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  37.87 
 
 		 368 aa  230  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 338 aa  229  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 338 aa  229  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 338 aa  229  9e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  44.74 
 
 		 372 aa  228  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  41.21 
 
 		 389 aa  228  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0443  DNA protecting protein DprA  38.95 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0740883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  39.46 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  42.18 
 
 		 340 aa  226  4e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  39.73 
 
 		 385 aa  226  5.0000000000000005e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  41.93 
 
 		 366 aa  226  6e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  39.36 
 
 		 374 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  41.55 
 
 		 406 aa  225  9e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  41.51 
 
 		 359 aa  224  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  41.22 
 
 		 373 aa  224  3e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  39.84 
 
 		 361 aa  224  3e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>