168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3357 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  98.35 
 
 
395 aa  728  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
364 aa  734  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  85.2 
 
 
390 aa  605  1e-172  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  60.29 
 
 
388 aa  429  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  57.46 
 
 
358 aa  417  1e-115  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  45.97 
 
 
409 aa  315  6e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  44.77 
 
 
408 aa  300  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  43.68 
 
 
430 aa  298  7e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  43.47 
 
 
405 aa  295  9e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  43.73 
 
 
394 aa  285  6e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  42.43 
 
 
401 aa  285  6e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  41.01 
 
 
420 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  41.86 
 
 
419 aa  268  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  41.71 
 
 
426 aa  268  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  41.11 
 
 
417 aa  266  5e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  41.64 
 
 
387 aa  261  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  41.57 
 
 
343 aa  254  1e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  42.9 
 
 
349 aa  255  1e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  38.82 
 
 
350 aa  245  8e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  35.49 
 
 
403 aa  203  4e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  36.7 
 
 
383 aa  197  2e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  36.06 
 
 
338 aa  190  3e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  36.71 
 
 
345 aa  190  4e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  33.81 
 
 
352 aa  189  6e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  38.74 
 
 
341 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  37.43 
 
 
345 aa  186  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  38.44 
 
 
341 aa  185  1e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  36.94 
 
 
341 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.65 
 
 
389 aa  179  8e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  37.13 
 
 
341 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.9767e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  36.64 
 
 
338 aa  178  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  32.04 
 
 
345 aa  171  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  32.04 
 
 
345 aa  170  4e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  35.44 
 
 
341 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  35.14 
 
 
341 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  33.91 
 
 
341 aa  163  5e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  29.78 
 
 
377 aa  162  1e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  29.44 
 
 
377 aa  158  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  32.45 
 
 
377 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.9 
 
 
393 aa  141  2e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  30 
 
 
368 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  29.07 
 
 
360 aa  138  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  27.78 
 
 
374 aa  137  3e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  28.81 
 
 
364 aa  136  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  29.3 
 
 
376 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  29.3 
 
 
376 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.35775e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  29.3 
 
 
376 aa  133  4e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  28.9 
 
 
374 aa  133  4e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  31.71 
 
 
365 aa  134  4e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  31.41 
 
 
349 aa  133  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  31.25 
 
 
362 aa  133  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  31.41 
 
 
349 aa  133  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  29.3 
 
 
376 aa  132  8e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  28.9 
 
 
374 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.43599e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  27.03 
 
 
353 aa  131  2e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  27.35 
 
 
364 aa  130  4e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  28.33 
 
 
374 aa  130  5e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  26.88 
 
 
361 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  29.01 
 
 
378 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  30.72 
 
 
346 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  29.55 
 
 
367 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  29.83 
 
 
369 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  29.1 
 
 
340 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.7016e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  27.56 
 
 
367 aa  122  1e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  29 
 
 
339 aa  121  2e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  30.97 
 
 
391 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  28.34 
 
 
366 aa  119  1e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  27.35 
 
 
333 aa  118  2e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.22112e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  30.37 
 
 
335 aa  118  2e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  28.18 
 
 
435 aa  113  4e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  27.35 
 
 
369 aa  113  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  30.52 
 
 
384 aa  112  1e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  30.26 
 
 
440 aa  111  2e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  30.54 
 
 
384 aa  111  2e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  27.61 
 
 
333 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.0411e-06  hitchhiker  3.23717e-12 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  29.51 
 
 
440 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  29.14 
 
 
440 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  27.3 
 
 
359 aa  106  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  25.15 
 
 
331 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  30.47 
 
 
338 aa  102  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.87 
 
 
429 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  27.55 
 
 
394 aa  97.8  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.01658e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 
335 aa  97.1  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  31.37 
 
 
329 aa  95.5  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  39.44 
 
 
428 aa  57.8  3e-07  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  53.19 
 
 
405 aa  57.8  3e-07  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  51.06 
 
 
451 aa  57  5e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  51.06 
 
 
439 aa  56.6  7e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  35.14 
 
 
377 aa  55.8  1e-06  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  42.22 
 
 
566 aa  55.5  1e-06  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  36.76 
 
 
552 aa  55.5  1e-06  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  45.65 
 
 
404 aa  55.1  2e-06  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  45.65 
 
 
404 aa  55.1  2e-06  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  42.11 
 
 
161 aa  54.3  3e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  35.71 
 
 
511 aa  54.3  3e-06  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
572 aa  53.9  4e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  35.71 
 
 
511 aa  53.5  5e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  46.81 
 
 
651 aa  53.1  7e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2091  hypothetical protein  33.33 
 
 
167 aa  52.8  8e-06  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.314887  normal  0.895772 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  34.62 
 
 
219 aa  52.8  9e-06  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>