More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3351 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0075  putative RNA methyltransferase (SUN protein)  84.88 
 
 		 441 aa  693    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3674  sun protein  94.81 
 
 		 443 aa  810    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3351  sun protein  100 
 
 		 443 aa  879    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  59.83 
 
 		 457 aa  498  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3139  sun protein  61.38 
 
 		 463 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670033 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2509  sun protein  60.94 
 
 		 463 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.79792  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3123  sun protein  60.94 
 
 		 463 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.615938  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3405  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  58.64 
 
 		 457 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3061  sun protein  61.61 
 
 		 462 aa  481  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3120  sun protein  61.38 
 
 		 488 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.229687 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0039  sun protein  57.17 
 
 		 453 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0313  sun protein  56.24 
 
 		 457 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6474  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  59.38 
 
 		 463 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4412  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  55.87 
 
 		 457 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.658908 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3178  sun protein  60.49 
 
 		 462 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.61 
 
 		 469 aa  457  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0146  sun protein  58.61 
 
 		 469 aa  457  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0350  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.61 
 
 		 519 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0165  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.61 
 
 		 469 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0155  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.84 
 
 		 469 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2801  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.61 
 
 		 469 aa  457  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0132  sun protein  56.7 
 
 		 571 aa  443  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  50.69 
 
 		 418 aa  369  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4436  sun protein  48.99 
 
 		 445 aa  367  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0184  sun protein  46.49 
 
 		 425 aa  349  5e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00019985 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3632  sun protein  47.73 
 
 		 450 aa  344  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.10429 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3243  sun protein  48.67 
 
 		 457 aa  344  2e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4086  sun protein  47.32 
 
 		 435 aa  343  4e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0028  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  48.08 
 
 		 419 aa  339  5e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.577432 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0591  sun protein  50 
 
 		 442 aa  338  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3590  sun protein  47.25 
 
 		 454 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0840523  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2266  sun protein  47.01 
 
 		 470 aa  336  3.9999999999999995e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3894  sun protein  47.99 
 
 		 457 aa  336  5e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2077  sun protein  44.79 
 
 		 438 aa  319  6e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0513  sun protein  45.93 
 
 		 462 aa  316  5e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426723 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  43.22 
 
 		 433 aa  316  6e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4528  sun protein  44.11 
 
 		 461 aa  311  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0392  sun protein  44.27 
 
 		 442 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4003  sun protein  46.12 
 
 		 453 aa  302  8.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000045232 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0019  Sun protein  40.68 
 
 		 445 aa  298  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  42.79 
 
 		 431 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  44.08 
 
 		 451 aa  297  3e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1775  Fmu (Sun) domain protein  44.07 
 
 		 417 aa  296  6e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  44.02 
 
 		 434 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  40.68 
 
 		 436 aa  295  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0272  Sun protein  46.44 
 
 		 449 aa  293  5e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.432064  decreased coverage  0.0030391 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  41.55 
 
 		 429 aa  289  7e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  41 
 
 		 435 aa  289  8e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  41.32 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  41.32 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  41 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  41 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  41.32 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.27 
 
 		 434 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  41.32 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  41.32 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0066  sun protein  42.99 
 
 		 436 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000506957 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  41.55 
 
 		 429 aa  288  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  43.22 
 
 		 436 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  0.0000000000001805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  41.06 
 
 		 429 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  40.96 
 
 		 429 aa  286  4e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  0.0000468931 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  41.06 
 
 		 429 aa  286  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0082  sun protein  42.99 
 
 		 436 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.254701 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  42.06 
 
 		 448 aa  286  8e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  42.93 
 
 		 431 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  40.87 
 
 		 429 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  40.28 
 
 		 427 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  40.87 
 
 		 429 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  40.6 
 
 		 429 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  41.1 
 
 		 429 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  41.78 
 
 		 437 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0085  sun protein  42.06 
 
 		 436 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273968  hitchhiker  0.000000136476 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  40.73 
 
 		 429 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  40.6 
 
 		 429 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  39.25 
 
 		 427 aa  283  6.000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  40.05 
 
 		 440 aa  281  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  42.09 
 
 		 403 aa  281  1e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  40.32 
 
 		 428 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  39.81 
 
 		 444 aa  278  9e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  40.67 
 
 		 429 aa  278  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0017  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  42.06 
 
 		 448 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2626  sun protein  41.61 
 
 		 437 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  38.57 
 
 		 462 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  40.42 
 
 		 436 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  40.05 
 
 		 431 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  39.02 
 
 		 427 aa  273  5.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  39.02 
 
 		 427 aa  272  1e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  38.8 
 
 		 436 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  40.27 
 
 		 434 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00150  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  46.48 
 
 		 443 aa  269  8e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  42.33 
 
 		 429 aa  268  1e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  40.05 
 
 		 426 aa  265  2e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  41.56 
 
 		 425 aa  264  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  37.89 
 
 		 462 aa  261  2e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  44.89 
 
 		 427 aa  260  4e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0033  sun protein  44.92 
 
 		 429 aa  260  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.709945  hitchhiker  0.00000640703 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2118  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  35.63 
 
 		 430 aa  259  5.0000000000000005e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.772275  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0205  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  35.63 
 
 		 430 aa  259  6e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  38.39 
 
 		 427 aa  259  6e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0025  sun protein  44.92 
 
 		 429 aa  259  7e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0912026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>