More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3340 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  100 
 
 
334 aa  673  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  98.5 
 
 
334 aa  665  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  79.64 
 
 
334 aa  544  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.35 
 
 
340 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.23 
 
 
340 aa  358  8e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  51.56 
 
 
317 aa  290  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  50.62 
 
 
317 aa  285  1e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  48.6 
 
 
318 aa  269  6e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.06 
 
 
302 aa  254  1e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.75 
 
 
319 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  47.11 
 
 
319 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.81 
 
 
319 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.11 
 
 
319 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.11 
 
 
319 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.52 
 
 
320 aa  248  8e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  48.02 
 
 
319 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  44.67 
 
 
320 aa  245  7e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.72 
 
 
319 aa  244  2e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  49.4 
 
 
316 aa  239  5e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  48.42 
 
 
319 aa  235  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.06 
 
 
318 aa  234  1e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.9 
 
 
318 aa  234  2e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  47.15 
 
 
319 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.15 
 
 
319 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.15 
 
 
320 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  47.15 
 
 
319 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  47.15 
 
 
319 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.41 
 
 
312 aa  231  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  47.15 
 
 
319 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.24 
 
 
318 aa  229  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  47.57 
 
 
312 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.04 
 
 
314 aa  225  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.68 
 
 
229 aa  224  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  45.57 
 
 
321 aa  221  9e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.9 
 
 
319 aa  221  2e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.12 
 
 
320 aa  218  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  40.41 
 
 
345 aa  211  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  37.43 
 
 
338 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.43 
 
 
338 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.68 
 
 
320 aa  208  9e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.18 
 
 
321 aa  204  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  2.70425e-05 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.1 
 
 
316 aa  199  4e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
320 aa  173  5e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  36.81 
 
 
340 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.52 
 
 
307 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.48 
 
 
328 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  6.12217e-07 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.09 
 
 
321 aa  153  3e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.17 
 
 
381 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.45 
 
 
329 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
321 aa  150  4e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.15 
 
 
389 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.53 
 
 
327 aa  148  1e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
309 aa  147  2e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.76 
 
 
312 aa  146  4e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.66 
 
 
316 aa  145  9e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  33.85 
 
 
321 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  33.54 
 
 
389 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.41 
 
 
294 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.21 
 
 
309 aa  144  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
328 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.67 
 
 
321 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  32.62 
 
 
389 aa  142  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  41.94 
 
 
312 aa  141  1e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  36.28 
 
 
294 aa  139  5e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.6 
 
 
295 aa  139  5e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  31.13 
 
 
328 aa  138  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.13 
 
 
328 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
298 aa  137  3e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  32.15 
 
 
327 aa  136  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.11 
 
 
295 aa  136  5e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
294 aa  136  6e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
306 aa  136  6e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  33.23 
 
 
328 aa  136  6e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.32 
 
 
412 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  28.57 
 
 
316 aa  135  9e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
298 aa  135  1e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
294 aa  135  1e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
308 aa  135  1e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.44 
 
 
328 aa  134  2e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.44 
 
 
328 aa  134  2e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
349 aa  134  2e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 
309 aa  134  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  3.70596e-05 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
323 aa  133  4e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.91 
 
 
336 aa  132  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
321 aa  132  9e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 
299 aa  129  5e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
308 aa  129  9e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
326 aa  128  1e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
296 aa  128  1e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
326 aa  127  2e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  33.81 
 
 
318 aa  126  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  32.59 
 
 
322 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
291 aa  125  7e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.01 
 
 
353 aa  125  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  35 
 
 
366 aa  124  2e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 
306 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  30.58 
 
 
320 aa  124  3e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  32.01 
 
 
340 aa  122  7e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
310 aa  122  1e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.44 
 
 
381 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>