More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3312 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  95.92 
 
 		 295 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 291 aa  298  8e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  53.71 
 
 		 292 aa  294  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 302 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5812  LysR family transcriptional regulator  52.77 
 
 		 280 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3793  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 291 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5730  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 288 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.859731  normal  0.701128 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4575  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 291 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 283 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 283 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 283 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 284 aa  178  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 285 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 285 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  35.69 
 
 		 284 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 285 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1890  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 322 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 284 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 317 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1230  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 284 aa  165  9e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.69463  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.59 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0673  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123933  decreased coverage  0.00380612 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.22 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 284 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 284 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  36.1 
 
 		 324 aa  155  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 321 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 283 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 285 aa  155  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 285 aa  155  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 283 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 281 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.4 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 291 aa  145  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 311 aa  145  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 291 aa  145  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 287 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 311 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 291 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  35.68 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  33.84 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  33.7 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>