More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3271 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3271  lipoprotein, YaeC family  100 
 
 
268 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  8.95864e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3593  lipoprotein, YaeC family  98.51 
 
 
268 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  8.1124e-06  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3386  putative outermembrane signal peptide protein  89.18 
 
 
529 aa  465  1e-130  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000211663  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2191  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  77.22 
 
 
268 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.654196 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5310  YaeC family lipoprotein  77.96 
 
 
268 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4767  YaeC family lipoprotein  77.96 
 
 
268 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0787  D-methionine-binding lipoprotein metQ  72.66 
 
 
266 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4843  YaeC family lipoprotein  77.14 
 
 
268 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2103  D-methionine-binding lipoprotein metQ  72.56 
 
 
269 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83423  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2134  D-methionine-binding lipoprotein metQ  72.28 
 
 
297 aa  392  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5426  YaeC family lipoprotein  77.14 
 
 
268 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263894  normal  0.429699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0226  YaeC family lipoprotein  78.37 
 
 
268 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.951808 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1501  D-methionine-binding lipoprotein metQ  72.56 
 
 
269 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.806114  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5436  lipoprotein YaeC  76.73 
 
 
268 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3343  YaeC family lipoprotein  75.92 
 
 
268 aa  387  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00298632 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0371  YaeC family lipoprotein  75.1 
 
 
259 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0468  YaeC family lipoprotein  75.1 
 
 
259 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0290  YaeC family lipoprotein  73.98 
 
 
270 aa  384  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4158  ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  72.33 
 
 
270 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471961  normal  0.945504 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1802  D-methionine-binding lipoprotein metQ  74.7 
 
 
259 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0558  lipoprotein, YaeC family  70.04 
 
 
270 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.357264 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1945  lipoprotein YaeC  65.8 
 
 
271 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283148  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0521  YaeC family lipoprotein  70.45 
 
 
281 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2833  YaeC family lipoprotein  65.06 
 
 
271 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2220  lipoprotein YaeC  65.06 
 
 
271 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2844  YaeC family lipoprotein  65.06 
 
 
271 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.568886  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3183  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  70.45 
 
 
272 aa  352  3e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0155  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  70.45 
 
 
272 aa  352  3e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.176646  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0686  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  70.45 
 
 
272 aa  352  3e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1437  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  70.45 
 
 
272 aa  352  3e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39891  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2864  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  70.45 
 
 
272 aa  352  3e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2890  YaeC family lipoprotein  64.31 
 
 
271 aa  351  6e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.065227  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2750  YaeC family lipoprotein  64.31 
 
 
271 aa  351  6e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0504  YaeC family lipoprotein  70.04 
 
 
272 aa  350  1e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6163  lipoprotein YaeC  63.57 
 
 
271 aa  349  3e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0470  YaeC family lipoprotein  63.57 
 
 
271 aa  349  3e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.970361 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0439  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  69.64 
 
 
272 aa  348  7e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4789  DL-methionine ABC transporter periplasmic-binding protein  61.48 
 
 
270 aa  338  4e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3789  lipoprotein, YaeC family  59.71 
 
 
274 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1770  lipoprotein YaeC  59.84 
 
 
264 aa  308  5e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1905  lipoprotein, YaeC family  54.33 
 
 
286 aa  296  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4605  YaeC family lipoprotein  57.2 
 
 
272 aa  294  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0162892  normal  0.447885 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0863  lipoprotein, YaeC family  61.6 
 
 
266 aa  294  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136461  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0736  lipoprotein YaeC  58.53 
 
 
264 aa  293  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.356479  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0761  YaeC family lipoprotein  56.02 
 
 
266 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2551  lipoprotein YaeC  58.43 
 
 
265 aa  291  7e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0792  lipoprotein, YaeC family  60.8 
 
 
266 aa  291  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203602  normal  0.375673 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2539  YaeC family lipoprotein  57.25 
 
 
281 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00124943  normal  0.0921723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0922  signal peptide protein  61.41 
 
 
266 aa  287  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.928357  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1515  lipoprotein, YaeC family  57.65 
 
 
266 aa  283  2e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2342  YaeC family lipoprotein  57.65 
 
 
266 aa  283  2e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.216371  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2243  YaeC family lipoprotein  59.83 
 
 
265 aa  282  4e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.567581  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0582  lipoprotein YaeC  57.14 
 
 
264 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.462482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1061  YaeC family lipoprotein  57.14 
 
 
264 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1020  YaeC family lipoprotein  57.14 
 
 
264 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1143  YaeC family lipoprotein  58.09 
 
 
262 aa  275  5e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4174  ABC metal ion transporter, periplasmic ligand binding protein  55.65 
 
 
264 aa  275  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0436245  normal  0.440818 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0937  YaeC family lipoprotein  55.24 
 
 
264 aa  273  2e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2783  YaeC family lipoprotein  56.43 
 
 
258 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0997  ABC methionine transporter, periplasmic ligand binding protein  56.49 
 
 
265 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.903774  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2417  lipoprotein YaeC  56.97 
 
 
262 aa  271  8e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.875733  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2986  lipoprotein, YaeC family  56.07 
 
 
265 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27148  hitchhiker  0.00263956 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0941  YaeC family lipoprotein  56.07 
 
 
264 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80176  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3223  lipoprotein YaeC  54.58 
 
 
257 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3285  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  51.54 
 
 
258 aa  268  7e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331481  normal  0.190767 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0565  lipoprotein YaeC  52.85 
 
 
258 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1612  lipoprotein, YaeC family  53.82 
 
 
257 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3301  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  53.97 
 
 
259 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.462058  normal  0.569217 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0132  ABC D-methionine uptake transporter, substrate-binding protein  51.14 
 
 
258 aa  262  5e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.597472  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1768  YaeC family lipoprotein  51.14 
 
 
258 aa  262  5e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.111673  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0737  YaeC family lipoprotein  48.09 
 
 
259 aa  261  7e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2175  YaeC family lipoprotein  47.71 
 
 
259 aa  260  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2868  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  58.13 
 
 
266 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257161  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0412  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  58.54 
 
 
259 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3855  DL-methionine transporter subunit  51.18 
 
 
273 aa  259  5e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.704554 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2087  YaeC family lipoprotein  47.33 
 
 
259 aa  258  6e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5369  YaeC family lipoprotein  55.19 
 
 
260 aa  258  6e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0173047 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2978  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  58.68 
 
 
266 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0217  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  58.13 
 
 
264 aa  257  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2556  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  58.13 
 
 
264 aa  257  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4856  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  58.58 
 
 
260 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.407958 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0932  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  58.13 
 
 
259 aa  257  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3174  YaeC family lipoprotein  52.8 
 
 
269 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0987485  hitchhiker  0.00336429 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2929  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  59 
 
 
266 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5162  lipoprotein, YaeC family  52.5 
 
 
257 aa  255  6e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0712142  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1652  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  59 
 
 
266 aa  254  1e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4489  YaeC family lipoprotein  53.88 
 
 
260 aa  254  1e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0112568  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4333  hypothetical protein  50.38 
 
 
258 aa  251  7e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.325394  normal  0.0616758 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4308  YaeC family lipoprotein  49.25 
 
 
264 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0272  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50.94 
 
 
271 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.922304  normal  0.0250228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0286  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50.94 
 
 
271 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00047573  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50.94 
 
 
271 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0381792  normal  0.291732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50.94 
 
 
271 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.217766  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0283  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50.94 
 
 
271 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.188868  normal  0.293421 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2603  lipoprotein, YaeC family  50.98 
 
 
260 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.946899  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5040  NLPA lipoprotein  50.97 
 
 
275 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.300245 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1999  methionine-binding protein  46.47 
 
 
267 aa  244  8e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.344493  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0197  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  46.47 
 
 
267 aa  244  8e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3462  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50.19 
 
 
271 aa  244  1e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000417542  normal  0.876119 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3405  lipoprotein, YaeC family  50.19 
 
 
271 aa  244  1e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.34725e-09  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>