More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3122 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  100 
 
 		 404 aa  822    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  67.16 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  66.75 
 
 		 407 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  65.83 
 
 		 404 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  65 
 
 		 404 aa  528  1e-149  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  64.82 
 
 		 403 aa  529  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  62.09 
 
 		 404 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  62.63 
 
 		 400 aa  512  1e-144  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  60 
 
 		 462 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  59.2 
 
 		 406 aa  489  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  57.8 
 
 		 420 aa  483  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  59.95 
 
 		 406 aa  475  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  58.48 
 
 		 421 aa  476  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  58.72 
 
 		 413 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  58.81 
 
 		 411 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  56.12 
 
 		 403 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  55.67 
 
 		 410 aa  442  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  58.33 
 
 		 378 aa  433  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  53.21 
 
 		 429 aa  416  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  51.98 
 
 		 407 aa  413  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  50.71 
 
 		 427 aa  411  1e-113  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  52.5 
 
 		 419 aa  411  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  53.9 
 
 		 445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  50.38 
 
 		 394 aa  391  1e-107  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  51.08 
 
 		 433 aa  386  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  50 
 
 		 428 aa  385  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  51.6 
 
 		 409 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  50.74 
 
 		 412 aa  376  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  47.45 
 
 		 391 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  48 
 
 		 421 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  49.75 
 
 		 412 aa  359  4e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  43.63 
 
 		 404 aa  355  5.999999999999999e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  47.19 
 
 		 404 aa  348  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  46.75 
 
 		 415 aa  347  3e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  44.81 
 
 		 402 aa  346  4e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  46.43 
 
 		 402 aa  344  2e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  45.63 
 
 		 413 aa  343  4e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  43.28 
 
 		 404 aa  342  7e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  44.88 
 
 		 412 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  44.06 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  44.06 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  43.18 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  46.15 
 
 		 409 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  42.5 
 
 		 404 aa  338  9.999999999999999e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2460  phage integrase family protein  45.21 
 
 		 413 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  42.5 
 
 		 404 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  42.68 
 
 		 404 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  42.5 
 
 		 404 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  45.84 
 
 		 396 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  43.18 
 
 		 404 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  47.25 
 
 		 405 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  44.5 
 
 		 396 aa  334  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  44.27 
 
 		 395 aa  333  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  45.23 
 
 		 403 aa  332  9e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  44.27 
 
 		 402 aa  332  9e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  47.33 
 
 		 412 aa  330  3e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  43.32 
 
 		 404 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  44.61 
 
 		 404 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  44.42 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  42.78 
 
 		 394 aa  325  6e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  42.78 
 
 		 394 aa  325  6e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  42.78 
 
 		 387 aa  325  1e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  46.13 
 
 		 367 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  46.12 
 
 		 401 aa  323  4e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  43.29 
 
 		 394 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  43.84 
 
 		 402 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  42.49 
 
 		 417 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0676  phage integrase family site specific recombinase  53.31 
 
 		 303 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.825642  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3701  phage integrase  58.24 
 
 		 276 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  41.83 
 
 		 419 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  45.11 
 
 		 398 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  41.58 
 
 		 419 aa  317  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  42.28 
 
 		 410 aa  316  6e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  43.94 
 
 		 397 aa  315  7e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  40.84 
 
 		 420 aa  315  8e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.59 
 
 		 420 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  42.64 
 
 		 396 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  42.42 
 
 		 438 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  42.36 
 
 		 419 aa  312  7.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  42.36 
 
 		 419 aa  311  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  42.39 
 
 		 394 aa  311  2e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  40.84 
 
 		 421 aa  310  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  41.95 
 
 		 421 aa  309  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  39.85 
 
 		 420 aa  309  6.999999999999999e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.88 
 
 		 394 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  39.81 
 
 		 419 aa  308  8e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  40.1 
 
 		 421 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  41.33 
 
 		 387 aa  306  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  39.28 
 
 		 411 aa  307  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  42.96 
 
 		 404 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  43.95 
 
 		 401 aa  305  9.000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  45.75 
 
 		 403 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.6 
 
 		 421 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  39.6 
 
 		 421 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  41.03 
 
 		 418 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  43.98 
 
 		 425 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  40.56 
 
 		 391 aa  301  9e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  41.03 
 
 		 418 aa  301  9e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  40.31 
 
 		 389 aa  301  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  40.82 
 
 		 397 aa  299  5e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>