140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3089 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3089  peptidase C39 bacteriocin processing  100 
 
 		 238 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3435  peptidase C39 bacteriocin processing  99.58 
 
 		 238 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.254055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1024  putative peptidase  50 
 
 		 237 aa  218  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0531887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0933  C39 family peptidase  54.04 
 
 		 236 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.212685  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2960  peptidase C39 bacteriocin processing  49.12 
 
 		 237 aa  215  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0402092  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2091  peptidase C39 bacteriocin processing  46.43 
 
 		 234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0732241 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2967  peptidase C39, bacteriocin processing  39.57 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2834  peptidase C39, bacteriocin processing  39.72 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2855  hypothetical protein  39.25 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39250  putative double-glycine peptidase  48.99 
 
 		 226 aa  158  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050482  normal  0.369017 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2765  peptidase C39 bacteriocin processing  39.44 
 
 		 226 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2926  peptidase C39 bacteriocin processing  38.32 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2595  peptidase C39, bacteriocin processing  40.59 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.369961 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4127  peptidase C39 bacteriocin processing  42 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936066 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2446  peptidase C39 bacteriocin processing  32.46 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1155  peptidase C39, bacteriocin processing  41.29 
 
 		 203 aa  142  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0336  peptidase C39 bacteriocin processing  38.3 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.752621 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0445  putative signal peptide protein  41.92 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.248925 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0785  peptidase C39 bacteriocin processing  55.56 
 
 		 427 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297572  normal  0.031231 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5873  peptidase (C39-family, bacteriocin processing)  40.72 
 
 		 232 aa  136  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0321  peptidase C39 bacteriocin processing  37.77 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.337286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2175  peptidase C39, bacteriocin processing  37.76 
 
 		 237 aa  135  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.811326  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5392  peptidase C39, bacteriocin processing  40.38 
 
 		 209 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0260975  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2584  peptidase C39, bacteriocin processing  35.18 
 
 		 251 aa  128  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3462  peptidase C39, bacteriocin processing  38.55 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1020  peptidase C39 bacteriocin processing  40.76 
 
 		 235 aa  125  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3210  C39 family peptidase  31.18 
 
 		 231 aa  122  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2422  peptidase C39 bacteriocin processing  41.5 
 
 		 251 aa  122  6e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000506928  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2316  peptidase C39, bacteriocin processing  32.89 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.543976  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0738  peptidase C39, bacteriocin processing  37.78 
 
 		 234 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.772162  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3545  hypothetical protein  36.05 
 
 		 253 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101815  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41780  hypothetical protein  36.05 
 
 		 253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2536  peptidase C39, bacteriocin processing  38.1 
 
 		 253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.160882  hitchhiker  0.00642935 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03496  hypothetical protein  37.5 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1801  peptidase C39, bacteriocin processing  34.42 
 
 		 266 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3887  peptidase C39, bacteriocin processing  32.14 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000193962  decreased coverage  0.00447347 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3038  peptidase C39 bacteriocin processing  36.43 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.227483  normal  0.191518 
 
 
-
 
NC_009796  CCC13826_1371  peptidase family protein  30 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0112  ABC transporter related  29.45 
 
 		 727 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3834  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  26.97 
 
 		 1018 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.823997 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1761  ABC transporter related  28.57 
 
 		 1675 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.743128 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0068  peptidase family protein  26.24 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0055  peptidase family protein  26.24 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0475  bacteriocin-processing peptidase  27.33 
 
 		 1018 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.977404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04477  colicin V secretion/processing ATP-binding protein CvaB/putative ABC transporter protein required for AvrXa21 activity B (raxB)  31.06 
 
 		 719 aa  58.9  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265194  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4002  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  27.04 
 
 		 1018 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0929  bacteriocin-processing peptidase  27.97 
 
 		 1040 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.247839  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2680  cyclic nucleotide-binding protein  30.71 
 
 		 906 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3424  cyclic nucleotide-binding protein  30.71 
 
 		 906 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3519  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  29.19 
 
 		 1019 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0904  ABC transporter related  26.72 
 
 		 1717 aa  57.8  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.971104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0558  ABC transporter related  28 
 
 		 725 aa  57.4  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.463125 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3040  ABC transporter related  31.29 
 
 		 734 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.638019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3807  ABC transporter related  25.52 
 
 		 726 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0349479 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0410  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  26.98 
 
 		 908 aa  57  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1133  bacteriocin-processing peptidase  28.4 
 
 		 714 aa  56.6  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.156219  normal  0.573302 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2431  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  26.49 
 
 		 759 aa  56.2  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00637775  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1129  ABC transporter, transmembrane region  28.57 
 
 		 748 aa  56.6  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00231099  normal  0.125208 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2857  cyclic nucleotide-binding protein  27.7 
 
 		 1038 aa  56.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.590453  hitchhiker  0.00593059 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4910  ABC transporter related  28.95 
 
 		 738 aa  55.5  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.948579  normal  0.144734 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01637  colicin V secretion/processing ATP-binding protein CvaB  26.28 
 
 		 704 aa  55.5  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.140253  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0625  bacteriocin-processing peptidase  28.68 
 
 		 736 aa  54.3  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.275381  normal  0.0105564 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0558  colicin V secretion ABC transporter ATP-binding protein  29.73 
 
 		 707 aa  53.9  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0494  ABC transporter related  29.73 
 
 		 707 aa  53.9  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.670279  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0425  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease, putative  27.45 
 
 		 721 aa  53.5  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2265  ABC-type bacteriocin transporter  26.71 
 
 		 727 aa  53.5  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0075  ABC transporter-like protein protein  27.45 
 
 		 722 aa  52.8  0.000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3264  cyclic nucleotide-binding protein  26.35 
 
 		 1038 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0225  bacteriocin-processing peptidase  26.83 
 
 		 908 aa  52.4  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3003  ABC transporter related protein  26.15 
 
 		 918 aa  51.6  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.102792  normal  0.46573 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03510  toxin secretion ABC transporter, ATP-binding subunit/permease protein, putative  24.63 
 
 		 724 aa  51.6  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4438  ABC transporter related  27.97 
 
 		 723 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.162884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0406  ABC transporter related  24.67 
 
 		 725 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330383  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4071  ABC transporter related  27.97 
 
 		 723 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0571162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6118  ABC transporter related  29.32 
 
 		 731 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0092  ABC transporter related  27.27 
 
 		 727 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  0.0328949 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0939  ABC transporter related  25.87 
 
 		 721 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000202507  normal  0.210316 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1143  colicin V processing peptidase cysteine peptidase MEROPS family C39  26.85 
 
 		 733 aa  50.1  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0865539  normal  0.618932 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2946  ABC transporter related  29.41 
 
 		 732 aa  50.1  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.912238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2167  ABC transporter related  25.69 
 
 		 696 aa  50.1  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0837291  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1869  ABC transporter related  25 
 
 		 726 aa  50.1  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5839  ABC transporter related protein  29.1 
 
 		 743 aa  50.1  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.348328 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0622  bacteriocin-processing peptidase  26.81 
 
 		 722 aa  49.7  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.44571  normal  0.575885 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1296  ABC transporter related  25.78 
 
 		 730 aa  49.7  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4383  bacteriocin-processing peptidase  27.69 
 
 		 1011 aa  49.3  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.443877  normal  0.0633498 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0592  ABC Transporter  25.44 
 
 		 656 aa  49.3  0.00005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4701  ABC transporter related protein  31.11 
 
 		 728 aa  48.9  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0115772  normal  0.281049 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8163  ABC transporter related  25.76 
 
 		 767 aa  48.5  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0339  ABC transporter-like protein  29.01 
 
 		 695 aa  48.5  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0105  bacteriocin ABC transporter ATP-binding/permease  25.95 
 
 		 704 aa  48.5  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0728  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporters  26 
 
 		 1013 aa  48.5  0.00009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.637206  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4552  ABC transporter related  27.54 
 
 		 723 aa  48.5  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2503  ATPase  25.95 
 
 		 715 aa  48.5  0.0001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.479102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0105  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein  26.12 
 
 		 704 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4110  ABC transporter related  26.12 
 
 		 704 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1838  antibiotic ABC transporter permease  36.23 
 
 		 706 aa  47  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.804625  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0873  ATPase  26.72 
 
 		 724 aa  47.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.536702 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0474  ABC transporter related  22.6 
 
 		 695 aa  47.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4187  ABC transporter related  36.23 
 
 		 706 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.238139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4795  ABC transporter related  23.62 
 
 		 741 aa  47  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.112132  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>