More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3000 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  98.28 
 
 		 348 aa  694    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  100 
 
 		 348 aa  705    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  36.12 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  34.11 
 
 		 363 aa  184  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  34.99 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  36.08 
 
 		 376 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  35.16 
 
 		 376 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  35.42 
 
 		 376 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  36.09 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  36.09 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  33.68 
 
 		 413 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  31.18 
 
 		 360 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  33.33 
 
 		 386 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  32.41 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  34.06 
 
 		 354 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  34.96 
 
 		 383 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  32.57 
 
 		 378 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  32.32 
 
 		 379 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  32.63 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  32.63 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  32.63 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  34.41 
 
 		 383 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  32.96 
 
 		 357 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  33.42 
 
 		 384 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  32.2 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  32.96 
 
 		 354 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  32.96 
 
 		 354 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  32.36 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  32.36 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  32.36 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  33.15 
 
 		 384 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  32.47 
 
 		 373 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  32.47 
 
 		 373 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  32.47 
 
 		 373 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  32.36 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  33.15 
 
 		 373 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  35.45 
 
 		 386 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  35.14 
 
 		 383 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  35.63 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  32.98 
 
 		 379 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  32.07 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  33.88 
 
 		 352 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  35.16 
 
 		 386 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  32.88 
 
 		 383 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  32.88 
 
 		 383 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  33.42 
 
 		 383 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  32.05 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  33.24 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  31.47 
 
 		 402 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  33.6 
 
 		 377 aa  139  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  34.44 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  32.98 
 
 		 367 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  33.71 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  31.38 
 
 		 362 aa  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  32.03 
 
 		 352 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  31.25 
 
 		 358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  32 
 
 		 371 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  35.98 
 
 		 364 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  32.43 
 
 		 374 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  32.99 
 
 		 374 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  30.54 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  29.23 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  30.54 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  31.18 
 
 		 358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  33.15 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4558  porin  33.05 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  32.82 
 
 		 368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  28.88 
 
 		 401 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  31.19 
 
 		 392 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  31.17 
 
 		 386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  31.19 
 
 		 392 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  30.96 
 
 		 389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  30.54 
 
 		 357 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  32.25 
 
 		 363 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  32.25 
 
 		 363 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  32.25 
 
 		 363 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  29.92 
 
 		 381 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4265  porin Gram-negative type  30.79 
 
 		 348 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.505475 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  32.52 
 
 		 449 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  32.25 
 
 		 363 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  32.25 
 
 		 363 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  32.46 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3812  porin  32.86 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.625248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  31.15 
 
 		 363 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  31.9 
 
 		 354 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  31.54 
 
 		 387 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  31.9 
 
 		 354 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  32.02 
 
 		 386 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  30.23 
 
 		 356 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5937  porin  30.65 
 
 		 353 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.022245 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  31.39 
 
 		 363 aa  122  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  30.19 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  30.13 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  31.88 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  31.98 
 
 		 365 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  32.17 
 
 		 392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0172  OmpC family outer membrane porin  32.8 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  31.37 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1936  OmpC family outer membrane porin  31.74 
 
 		 369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000467885  normal  0.0609572 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  31.44 
 
 		 358 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>