More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2957 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
306 aa  609  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  93.46 
 
 
306 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
309 aa  263  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  45.33 
 
 
305 aa  248  1e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
296 aa  245  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
298 aa  242  4e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
298 aa  240  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 
335 aa  239  6e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
295 aa  236  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.66 
 
 
307 aa  236  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
303 aa  234  1e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.66 
 
 
302 aa  234  1e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 
293 aa  232  5e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
299 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
302 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
313 aa  228  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
298 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
298 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 
304 aa  226  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
306 aa  226  5e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 
298 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
298 aa  223  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
309 aa  220  2e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.36 
 
 
302 aa  220  2e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 
301 aa  220  2e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
307 aa  218  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
300 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 
304 aa  215  6e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.43 
 
 
306 aa  215  7e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  42.56 
 
 
297 aa  215  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.43 
 
 
305 aa  215  8e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.1 
 
 
299 aa  214  1e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
300 aa  215  1e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
299 aa  214  2e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
297 aa  213  2e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 
306 aa  214  2e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
320 aa  213  3e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.72 
 
 
302 aa  213  3e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  41.56 
 
 
306 aa  211  8e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 
301 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
316 aa  211  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
301 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 
291 aa  210  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 
309 aa  209  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 
299 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.02 
 
 
301 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 
310 aa  209  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
299 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
303 aa  209  5e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 
306 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
298 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
294 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 
305 aa  208  8e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
299 aa  208  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 
301 aa  208  9e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.45 
 
 
298 aa  208  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  37.33 
 
 
309 aa  208  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
299 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
299 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
301 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.87 
 
 
309 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
293 aa  206  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
302 aa  207  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
304 aa  206  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 
299 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 
299 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 
299 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
290 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
301 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
295 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
300 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 
299 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 
298 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 
309 aa  205  8e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
299 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
322 aa  205  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
295 aa  205  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.08 
 
 
304 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
319 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
301 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
301 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 
296 aa  205  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
297 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 
301 aa  204  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4131  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.44 
 
 
304 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 
305 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
322 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
293 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.82 
 
 
293 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
307 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
305 aa  203  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 
299 aa  203  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
302 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.38 
 
 
317 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
399 aa  203  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
307 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
314 aa  203  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 
297 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
343 aa  202  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  40.41 
 
 
303 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0203224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>