More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2939 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2939  50S ribosomal protein L24  100 
 
 
102 aa  195  2e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  6.8942e-08  hitchhiker  3.99132e-06 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3286  50S ribosomal protein L24  99.02 
 
 
102 aa  194  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  7.51448e-10  decreased coverage  5.09284e-07 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3008  50S ribosomal protein L24  98.04 
 
 
102 aa  191  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00264968  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3168  50S ribosomal protein L24  84.31 
 
 
102 aa  163  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  4.00105e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3306  50S ribosomal protein L24  81.37 
 
 
102 aa  159  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.4944e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3765  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000275135  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3489  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00124411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2748  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  2.11604e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3158  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  5.69435e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3057  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  2.84312e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3793  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3735  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  1.53975e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3458  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  5.15991e-08  decreased coverage  0.00425299 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1935  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000142192  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0338  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000146987  normal  0.0110732 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2621  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.199386  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0287  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  2.08318e-07  normal  0.0220043 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0359  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  3.04489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0278  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  151  3e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  6.98437e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2828  50S ribosomal protein L24  76.47 
 
 
102 aa  146  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000539429  normal  0.361907 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0260  50S ribosomal protein L24  74.51 
 
 
102 aa  144  4e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0016412  hitchhiker  0.00832042 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3633  50S ribosomal protein L24  72.55 
 
 
102 aa  137  4e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.32444e-06  decreased coverage  1.35878e-12 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0325  50S ribosomal protein L24  72.55 
 
 
102 aa  137  5e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000177904  decreased coverage  0.0025148 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0061  50S ribosomal protein L24  65.69 
 
 
102 aa  135  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  7.62997e-10  hitchhiker  1.34485e-17 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0064  50S ribosomal protein L24  65.69 
 
 
102 aa  135  3e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  6.43332e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0392  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
106 aa  118  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0277402  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0384  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
106 aa  118  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  1.10242e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1033  50S ribosomal protein L24  59.05 
 
 
106 aa  117  5e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  3.85068e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0612  50S ribosomal protein L24  59.05 
 
 
106 aa  115  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00279937  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0330  50S ribosomal protein L24  62.86 
 
 
106 aa  112  1e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.5069e-23  unclonable  4.79114e-08 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0331  50S ribosomal protein L24  58.1 
 
 
106 aa  112  1e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  2.49202e-07  hitchhiker  0.00112167 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3938  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
105 aa  112  2e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3327  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
105 aa  110  8e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  9.22916e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5059  50S ribosomal protein L24  57.01 
 
 
110 aa  108  2e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0803944  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0306  ribosomal protein L24  54.81 
 
 
104 aa  108  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0004461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0486  50S ribosomal protein L24  58.1 
 
 
106 aa  107  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  7.69902e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2314  50S ribosomal protein L24  54.37 
 
 
106 aa  106  9e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00356207  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0290  50S ribosomal protein L24  58.1 
 
 
105 aa  106  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  7.94802e-08  hitchhiker  1.84934e-06 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06360  50S ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  105  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127864  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08960  50S ribosomal protein L24  54.81 
 
 
104 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0786471  normal  0.0497722 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0848  50S ribosomal protein L24  54.81 
 
 
104 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4232  50S ribosomal protein L24  55.34 
 
 
106 aa  103  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000941051  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4537  50S ribosomal protein L24  53.85 
 
 
104 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407127  normal  0.120344 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0637  ribosomal protein L24  53.85 
 
 
104 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  3.74833e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3898  50S ribosomal protein L24  51.92 
 
 
104 aa  101  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00126984  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00949  50S ribosomal protein L24  54.9 
 
 
104 aa  101  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  5.85684e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4738  50S ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0127139  normal  0.762072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0498  50S ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  3.3533e-05  normal  0.098699 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0465  50S ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.451517  hitchhiker  2.67089e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0495  50S ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105186  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5068  50S ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  100  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  1.62639e-14  normal  0.122565 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0416  50S ribosomal protein L24P  57.14 
 
 
107 aa  100  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  1.10454e-05  normal  0.227235 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2361  50S ribosomal protein L24  53.33 
 
 
105 aa  100  7e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.449778  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0730  ribosomal protein L24  53.4 
 
 
106 aa  99.4  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00351151  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04510  50S ribosomal protein L24  52.43 
 
 
105 aa  99  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0040022  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4265  50S ribosomal protein L24  52.38 
 
 
105 aa  97.4  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  6.55615e-08  unclonable  2.67825e-12 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1000  50S ribosomal protein L24  52.48 
 
 
104 aa  97.8  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00244473  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0224  50S ribosomal protein L24  54 
 
 
104 aa  97.1  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  8.6996e-10  unclonable  7.23515e-06 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0505  50S ribosomal protein L24  44.66 
 
 
110 aa  96.3  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0612161  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2313  50S ribosomal protein L24  50.48 
 
 
105 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.103377  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0444  50S ribosomal protein L24  45.63 
 
 
105 aa  95.5  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0162317  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2158  ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  94.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0775088  normal  0.23262 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1726  50S ribosomal protein L24  53.61 
 
 
101 aa  95.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.267784  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2523  50S ribosomal protein L24  51.55 
 
 
101 aa  95.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0372  50S ribosomal protein L24  53.61 
 
 
101 aa  95.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0847  50S ribosomal protein L24  49.52 
 
 
105 aa  92.8  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0181  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  92  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.29578e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1625  50S ribosomal protein L24  51 
 
 
104 aa  92  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220886  normal  0.290984 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0169  50S ribosomal protein L24  51 
 
 
104 aa  92.8  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  4.84148e-07  hitchhiker  0.000323291 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0432  50S ribosomal protein L24  47.62 
 
 
105 aa  91.7  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0323669  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0334  ribosomal protein L24  50.96 
 
 
107 aa  92  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  3.66107e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0970  50S ribosomal protein L24  49.52 
 
 
105 aa  91.7  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.43141e-05  hitchhiker  9.47265e-07 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4306  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  91.3  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.26624e-08  unclonable  4.82395e-11 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4045  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.15284e-07  unclonable  3.47385e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0207  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.41259e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0195  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  90.9  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.00309e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0211  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.51512e-07  unclonable  8.02476e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4159  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.35344e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0612  ribosomal protein L24  48.04 
 
 
104 aa  90.9  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.257804  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3513  ribosomal protein L24  47 
 
 
104 aa  90.5  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  6.47333e-06  hitchhiker  8.84976e-08 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0602  50S ribosomal protein L24  51.55 
 
 
101 aa  90.5  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0508  50S ribosomal protein L24  53.33 
 
 
106 aa  90.5  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.019473  hitchhiker  3.13767e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0338  50S ribosomal protein L24  53.33 
 
 
106 aa  90.5  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.530632  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2246  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
107 aa  90.5  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00124934  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0767  50S ribosomal protein L24  50.49 
 
 
105 aa  90.1  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0158392  normal  0.0806837 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0770  50S ribosomal protein L24  50.52 
 
 
101 aa  90.5  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220954  normal  0.799575 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3748  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  90.1  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  8.44667e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1967  50S ribosomal protein L24  48.54 
 
 
103 aa  90.1  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00312191  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4679  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  89.4  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.75822e-07  unclonable  1.17044e-08 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0594  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  89.7  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.4526e-08  normal  0.407014 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0296  50S ribosomal protein L24  47 
 
 
101 aa  89.7  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.814079 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0294  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  89.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.11949e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3903  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  89.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.56583e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0348  50S ribosomal protein L24  48.54 
 
 
107 aa  89.7  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.72359e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1843  50S ribosomal protein L24  48.54 
 
 
107 aa  89.7  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1754  50S ribosomal protein L24  48.04 
 
 
107 aa  89.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277856  normal  0.617775 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1185  50S ribosomal protein L24  46.6 
 
 
103 aa  89.4  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1222  50S ribosomal protein L24  47.57 
 
 
103 aa  89.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0205  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.93081e-07  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0242  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  89  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>