84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2913 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 		 286 aa  574  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  94.41 
 
 		 286 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  78.32 
 
 		 286 aa  426  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  49.12 
 
 		 277 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  50.55 
 
 		 277 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  38.46 
 
 		 271 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  37.55 
 
 		 266 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  37.55 
 
 		 266 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  34.78 
 
 		 253 aa  143  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  37.5 
 
 		 256 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  32.76 
 
 		 260 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  36.86 
 
 		 259 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  35.44 
 
 		 260 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  33.77 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.77 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  36.19 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  34.93 
 
 		 264 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  31.83 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  34.07 
 
 		 260 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  34.16 
 
 		 268 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  31.47 
 
 		 265 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  37.78 
 
 		 266 aa  122  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  36.8 
 
 		 268 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  31.45 
 
 		 264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  32.48 
 
 		 269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  37.68 
 
 		 256 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  29.58 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  32.1 
 
 		 279 aa  113  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  32.31 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  33.81 
 
 		 279 aa  108  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  32.1 
 
 		 279 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  33.7 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  33.57 
 
 		 274 aa  106  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  32.62 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  32.48 
 
 		 255 aa  105  9e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  32.12 
 
 		 255 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  32.82 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  30.47 
 
 		 283 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.88 
 
 		 271 aa  95.9  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  34.51 
 
 		 274 aa  95.5  8e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  30 
 
 		 250 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  29.5 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  33.78 
 
 		 250 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  30.43 
 
 		 253 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  28.78 
 
 		 253 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.6 
 
 		 252 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  31.62 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  33.03 
 
 		 250 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  30.16 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  30.16 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  32.13 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  30.55 
 
 		 270 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  29.65 
 
 		 250 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  33.17 
 
 		 252 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  32.66 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  32.16 
 
 		 252 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  31.98 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  25.27 
 
 		 275 aa  68.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  32.19 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  29.63 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2675  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  30.85 
 
 		 253 aa  67.8  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178183  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  26.62 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  30.27 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  31.18 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  28.51 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  27.41 
 
 		 495 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  29.21 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  26.98 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  30 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  26.62 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  26.62 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  26.62 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  29.13 
 
 		 126 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  24.11 
 
 		 281 aa  53.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2976  hypothetical protein  29.79 
 
 		 260 aa  53.5  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  25 
 
 		 280 aa  48.9  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0338  putative transmembrane anti-sigma factor  24.5 
 
 		 278 aa  46.6  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  29 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  29.11 
 
 		 274 aa  43.5  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  33.7 
 
 		 307 aa  43.5  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4787  putative transmembrane anti-sigma factor  36.23 
 
 		 253 aa  42.7  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755024  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3435  putative transmembrane anti-sigma factor  24.4 
 
 		 265 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  39.25 
 
 		 259 aa  42.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1105  putative transmembrane anti-sigma factor  39.68 
 
 		 283 aa  42.4  0.008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144794  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>