294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2696 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 117 aa  234  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  44.86 
 
 		 115 aa  85.9  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 132 aa  84.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2922  XRE family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 114 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.32 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.04 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0442  hypothetical protein  37.35 
 
 		 91 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00012012  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3294  XRE family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 114 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.600359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2402  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314707  normal  0.620084 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  38.67 
 
 		 206 aa  54.7  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 268 aa  53.5  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 244 aa  52.8  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  36.25 
 
 		 320 aa  52.4  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 374 aa  52.8  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0039  PbsX family transcriptional regulator  45 
 
 		 111 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81047  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 215 aa  51.2  0.000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  36.67 
 
 		 213 aa  51.2  0.000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  34.52 
 
 		 261 aa  50.4  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 273 aa  49.7  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  32.91 
 
 		 374 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  39.73 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 140 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  27.85 
 
 		 134 aa  48.9  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  29.63 
 
 		 302 aa  48.5  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 163 aa  48.5  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  34.26 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  38.37 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 395 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  29.41 
 
 		 308 aa  48.1  0.00004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1014  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 168 aa  48.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  36.99 
 
 		 209 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  31.65 
 
 		 374 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  31.65 
 
 		 374 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 133 aa  48.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 368 aa  48.1  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 209 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 123 aa  48.1  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 209 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  30.65 
 
 		 143 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6835  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 144 aa  47.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 312 aa  47.8  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 334 aa  47.8  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  31.65 
 
 		 374 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 374 aa  47.4  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  31.65 
 
 		 374 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 206 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 147 aa  47  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  32.91 
 
 		 374 aa  47  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  34.25 
 
 		 262 aa  47  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 218 aa  47  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 133 aa  47  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  29.9 
 
 		 200 aa  47  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06770  predicted transcriptional regulator  32.93 
 
 		 106 aa  47  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  34.26 
 
 		 128 aa  47  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  42.31 
 
 		 296 aa  47  0.00009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 197 aa  46.6  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 362 aa  46.6  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  36.36 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 		 139 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 262 aa  46.6  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  34.55 
 
 		 149 aa  47  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 208 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 327 aa  46.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 189 aa  46.2  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  32.31 
 
 		 303 aa  45.4  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  32.76 
 
 		 92 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 83 aa  45.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  34.55 
 
 		 149 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2571  XRE family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 131 aa  46.2  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.255582  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  34.33 
 
 		 143 aa  46.2  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  34.55 
 
 		 149 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  35.94 
 
 		 189 aa  46.2  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2054  hypothetical protein  38.33 
 
 		 255 aa  45.4  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000229491  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 170 aa  45.8  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 149 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 206 aa  45.8  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  36.07 
 
 		 196 aa  45.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  34.92 
 
 		 262 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0656  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 118 aa  45.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0063  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 137 aa  45.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 91 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 242 aa  45.4  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2208  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 73 aa  45.4  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4832  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  29.11 
 
 		 252 aa  45.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3527  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 178 aa  45.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00697962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  35.94 
 
 		 347 aa  45.1  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>