132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2670 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_1239  putative type II DNA modification enzyme  43.98 
 
 		 1336 aa  967    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0932763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0724  putative type II DNA modification enzyme  38.03 
 
 		 1321 aa  795    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  44.55 
 
 		 1319 aa  1024    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1545  putative type II DNA modification enzyme  42.92 
 
 		 1318 aa  935    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1466  putative type II DNA modification enzyme  39.5 
 
 		 1219 aa  707    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.233784  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3298  putative type II DNA modification enzyme  39.06 
 
 		 1322 aa  760    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2017  putative type II DNA modification enzyme  51.32 
 
 		 1354 aa  1276    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610928 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2649  protein of unknown function DUF559  41.06 
 
 		 1712 aa  713    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1525  hypothetical protein  43.7 
 
 		 1459 aa  993    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0847093 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4770  putative type II DNA modification enzyme  38.51 
 
 		 1331 aa  727    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.773591  normal  0.43682 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  41.32 
 
 		 1373 aa  881    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  39.37 
 
 		 1422 aa  819    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1958  hypothetical protein  41.82 
 
 		 1333 aa  926    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0272  putative type II DNA modification enzyme  44.02 
 
 		 1322 aa  982    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  41.21 
 
 		 1338 aa  912    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1421  putative type II DNA modification enzyme  39.33 
 
 		 1355 aa  846    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  39.26 
 
 		 1339 aa  827    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7831  putative type II DNA modification enzyme  38.64 
 
 		 1358 aa  793    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2670  putative type II DNA modification enzyme  100 
 
 		 1306 aa  2660    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.554607  normal  0.580872 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1707  restriction/modification enzyme  34.72 
 
 		 1343 aa  662    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.544038  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  38.26 
 
 		 1338 aa  773    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1956  putative type II DNA modification enzyme  36.54 
 
 		 1055 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129503  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  36.64 
 
 		 1290 aa  450  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  36.31 
 
 		 1282 aa  448  1.0000000000000001e-124  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  39 
 
 		 1243 aa  428  1e-118  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1308  putative type II DNA modification enzyme  30.47 
 
 		 1442 aa  420  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0713  hypothetical protein  23.38 
 
 		 1250 aa  246  1.9999999999999999e-63  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.441526  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0789  hypothetical protein  23.24 
 
 		 1250 aa  243  2e-62  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0394  hypothetical protein  26.9 
 
 		 1581 aa  206  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011783  BbuZS7_E01  putative type I restriction/modofication enzyme  22.08 
 
 		 1277 aa  190  1e-46  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011781  BbuZS7_H19  type I restriction enzyme r protein (hsdr_n)  22.03 
 
 		 1278 aa  181  7e-44  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.218892  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3438  hypothetical protein  25.41 
 
 		 1375 aa  167  2.0000000000000002e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3570  hypothetical protein  25.39 
 
 		 1022 aa  166  2.0000000000000002e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6570  hypothetical protein  35.38 
 
 		 926 aa  163  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  30.41 
 
 		 1432 aa  162  3e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2540  hypothetical protein  25.74 
 
 		 1612 aa  154  8e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.316751  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0033  hypothetical protein  24.51 
 
 		 1332 aa  154  1e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0584  hypothetical protein  22.3 
 
 		 826 aa  145  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3627  hypothetical protein  24.53 
 
 		 1098 aa  143  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0441  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1426 aa  141  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.141765 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2727  hypothetical protein  32.2 
 
 		 1363 aa  134  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0332974  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  30.91 
 
 		 1321 aa  130  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3678  hypothetical protein  30.79 
 
 		 1461 aa  128  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6769  hypothetical protein  27.57 
 
 		 1349 aa  126  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3087  hypothetical protein  29.15 
 
 		 1572 aa  125  7e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0122082 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1179  hypothetical protein  30.81 
 
 		 1452 aa  124  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3847  hypothetical protein  29.26 
 
 		 1441 aa  124  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0166021 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3219  hypothetical protein  23.11 
 
 		 1298 aa  124  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5355  hypothetical protein  28.49 
 
 		 1409 aa  122  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.614954  normal  0.368867 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  30.34 
 
 		 1347 aa  120  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  29.91 
 
 		 1353 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0812  hypothetical protein  30.59 
 
 		 1339 aa  119  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0828  hypothetical protein  30.59 
 
 		 1339 aa  119  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.215826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4895  type II restriction enzyme, methylase subunit  27.83 
 
 		 1640 aa  119  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03250  hypothetical protein  29.12 
 
 		 1347 aa  117  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0744  hypothetical protein  31.28 
 
 		 1709 aa  117  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  29.02 
 
 		 1342 aa  116  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3742  hypothetical protein  29.26 
 
 		 1575 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  29.03 
 
 		 1346 aa  115  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3884  hypothetical protein  26.98 
 
 		 1642 aa  115  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5809  hypothetical protein  26.98 
 
 		 1644 aa  113  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2199  hypothetical protein  38.42 
 
 		 846 aa  112  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4784  hypothetical protein  30.31 
 
 		 1365 aa  112  5e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0358899 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4829  hypothetical protein  26.77 
 
 		 1640 aa  110  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0353  type II restriction enzyme, methylase subunit  29.74 
 
 		 1573 aa  106  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2323  hypothetical protein  38.22 
 
 		 1366 aa  101  9e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771882  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1354  hypothetical protein  27.46 
 
 		 1579 aa  100  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2728  hypothetical protein  36.31 
 
 		 1440 aa  100  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.935327 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35210  hypothetical protein  28.4 
 
 		 1546 aa  98.6  8e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.910685 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5421  putative type II restriction enzyme, methylase subunit  26.67 
 
 		 1581 aa  94.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.689282 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1417  hypothetical protein  25.56 
 
 		 1557 aa  92.8  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  24.85 
 
 		 974 aa  81.3  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1315  hypothetical protein  27.46 
 
 		 1751 aa  77.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  32.26 
 
 		 1041 aa  70.9  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2163  hypothetical protein  23.93 
 
 		 1104 aa  69.7  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0558  type II restriction-modification enzyme  22.43 
 
 		 1186 aa  68.9  0.0000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0491  hypothetical protein  31.25 
 
 		 1178 aa  68.9  0.0000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4701  hypothetical protein  30.92 
 
 		 795 aa  67  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.313867 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1423  hypothetical protein  30.83 
 
 		 1177 aa  65.5  0.000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0031  type II restriction-modification enzyme  22.5 
 
 		 1257 aa  64.3  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1424  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  22.49 
 
 		 1194 aa  64.3  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0410  hypothetical protein  31.4 
 
 		 1147 aa  64.3  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.301766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0068  type II restriction-modification enzyme  22.58 
 
 		 1244 aa  64.7  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.337945  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3203  DNA methylase  28.5 
 
 		 1189 aa  64.7  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0308495  normal  0.982662 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  26.89 
 
 		 995 aa  63.9  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1603  Eco57I restriction endonuclease  33.58 
 
 		 1170 aa  62.8  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.741912  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0043  type II restriction-modification enzyme  21.67 
 
 		 1252 aa  61.6  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1457  type IIS restriction/modification enzyme  25 
 
 		 1256 aa  61.6  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  25.21 
 
 		 1036 aa  61.2  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2355  N-6 DNA methylase  38.39 
 
 		 1038 aa  60.1  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2547  type IIS restriction endonuclease, putative  23.53 
 
 		 1076 aa  59.7  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00176401  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_260  hypothetical protein  36.75 
 
 		 1359 aa  60.1  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0299  hypothetical protein  24.91 
 
 		 1154 aa  59.3  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  22.51 
 
 		 1159 aa  59.3  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2728  putative DNA methylase  29.63 
 
 		 1208 aa  58.9  0.0000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3668  hypothetical protein  22.83 
 
 		 1088 aa  57.8  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3322  hypothetical protein  23.57 
 
 		 1210 aa  57.8  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.178682  hitchhiker  0.00000120393 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1948  DNA modification methylase  19.65 
 
 		 1089 aa  57.8  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.89671  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0862  type IIS restriction endonuclease, putative  23.37 
 
 		 1132 aa  57.4  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00475816 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2397  hypothetical protein  39.45 
 
 		 792 aa  56.6  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>