More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2600 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3010  L-arabinose transporter permease protein  98.21 
 
 
336 aa  636    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2600  L-arabinose transporter permease protein  100 
 
 
336 aa  645    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860073  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3962  L-arabinose transporter permease protein  88.32 
 
 
334 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4219  L-arabinose transporter permease protein  83.63 
 
 
338 aa  542  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.645331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5220  L-arabinose transporter permease protein  84.43 
 
 
341 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5639  L-arabinose transporter permease protein  84.43 
 
 
341 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356357  normal  0.0453459 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3208  L-arabinose transporter permease protein  83.78 
 
 
339 aa  531  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0500809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4590  L-arabinose transporter permease protein  84.43 
 
 
337 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280966 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5474  L-arabinose transporter permease protein  83.28 
 
 
335 aa  524  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0452809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4919  L-arabinose transporter permease protein  85.45 
 
 
339 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.259607  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1626  L-arabinose transporter permease protein  84.76 
 
 
339 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0047  L-arabinose transporter permease protein  88.93 
 
 
339 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.149615  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1021  L-arabinose transporter permease protein  63.25 
 
 
333 aa  368  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2756  L-arabinose transporter permease protein  56.46 
 
 
335 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.394625  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2995  L-arabinose transporter permease protein  53.14 
 
 
335 aa  315  8e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.397713  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2585  L-arabinose transporter permease protein  53.14 
 
 
335 aa  315  9e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3775  L-arabinose transporter permease protein  55.63 
 
 
315 aa  311  1e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2247  L-arabinose transporter permease protein  52.79 
 
 
327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000358536 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2613  L-arabinose transporter permease protein  47.48 
 
 
338 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.727228  normal  0.716925 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1997  L-arabinose transporter permease protein  51.28 
 
 
349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.254059  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1883  L-arabinose transporter permease protein  51.28 
 
 
349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2263  L-arabinose transporter permease protein  50.96 
 
 
349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2331  L-arabinose transporter permease protein  53.67 
 
 
328 aa  302  5.000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266483  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2031  L-arabinose transporter permease protein  53 
 
 
328 aa  298  1e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192716  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3763  L-arabinose transporter permease protein  52.16 
 
 
316 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139254  normal  0.990186 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1910  L-arabinose transporter permease protein  51.8 
 
 
328 aa  297  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3409  L-arabinose transporter permease protein  48.5 
 
 
338 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0925142  normal  0.0828764 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0548  L-arabinose transporter permease protein  47.9 
 
 
338 aa  295  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0318738  normal  0.477108 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2474  L-arabinose transporter permease protein  53.47 
 
 
326 aa  295  8e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.552924  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1023  L-arabinose transporter permease protein  52.48 
 
 
328 aa  293  3e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1287  L-arabinose transporter permease protein  52.48 
 
 
328 aa  293  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00785622  hitchhiker  0.000000602764 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2130  L-arabinose transporter permease protein  52.48 
 
 
328 aa  293  3e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000455443  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2635  L-arabinose transporter permease protein  52.48 
 
 
328 aa  293  3e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.348948  hitchhiker  0.00000000000485021 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01867  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: membrane components  52.48 
 
 
329 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1744  Monosaccharide-transporting ATPase  52.48 
 
 
328 aa  291  1e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629454  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0140  L-arabinose transporter permease protein  47.15 
 
 
338 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0623  L-arabinose transporter permease protein  47.15 
 
 
338 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000899793  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01856  hypothetical protein  52.48 
 
 
329 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1995  L-arabinose transporter permease protein  52.48 
 
 
328 aa  291  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00340389  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0591  L-arabinose transporter permease protein  47.15 
 
 
338 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257552  normal  0.0412649 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3446  L-arabinose transporter permease protein  49.38 
 
 
334 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1736  L-arabinose transporter permease protein  52.48 
 
 
328 aa  291  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.612736  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0524  L-arabinose transporter permease protein  47.15 
 
 
338 aa  289  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299001  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0548  L-arabinose transporter permease protein  47.15 
 
 
338 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0287231  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3705  L-arabinose transporter permease protein  47.15 
 
 
338 aa  289  6e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256894  normal  0.416608 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2762  L-arabinose transporter permease protein  46.55 
 
 
338 aa  287  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.84256  normal  0.399817 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2484  L-arabinose transporter permease protein  49.52 
 
 
334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.532923  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2147  L-arabinose transporter permease protein  52.46 
 
 
328 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3482  L-arabinose transporter permease protein  49.52 
 
 
334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456756  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3475  L-arabinose transporter permease protein  52.82 
 
 
316 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0404  L-arabinose transporter permease protein  49.52 
 
 
334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.15645  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1264  L-arabinose transporter permease protein  49.52 
 
 
334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3484  L-arabinose transporter permease protein  49.52 
 
 
334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3301  L-arabinose transporter permease protein  49.52 
 
 
334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1181  L-arabinose transporter permease protein  50.99 
 
 
334 aa  285  7e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3602  L-arabinose transporter permease protein  53.16 
 
 
317 aa  285  7e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2373  L-arabinose transporter permease protein  51.56 
 
 
329 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00546665  normal  0.130195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2640  L-arabinose ABC transporter, permease protein  50.87 
 
 
329 aa  277  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0418311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4139  L-arabinose transporter permease protein  50.17 
 
 
322 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.494868  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  40.45 
 
 
316 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  38.41 
 
 
320 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3181  monosaccharide-transporting ATPase  40.79 
 
 
348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  37.33 
 
 
315 aa  199  5e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  38.89 
 
 
322 aa  199  7e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  36.94 
 
 
325 aa  192  8e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  37.83 
 
 
331 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  37.94 
 
 
311 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  38.3 
 
 
311 aa  188  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  37.94 
 
 
311 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  37.94 
 
 
311 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  37.94 
 
 
311 aa  187  2e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  37.79 
 
 
311 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  37.79 
 
 
311 aa  187  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  37.79 
 
 
311 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  37.79 
 
 
311 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  37.94 
 
 
311 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 
311 aa  186  5e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  35.71 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  35.39 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  34.49 
 
 
835 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1057  L-arabinose transport system permease protein AraH  82.35 
 
 
125 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0846  putative arabinose ABC transporter, permease protein  81.51 
 
 
125 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  33.77 
 
 
324 aa  179  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  36.94 
 
 
336 aa  179  4.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  36.43 
 
 
312 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0038  inner-membrane translocator  39.38 
 
 
319 aa  177  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  35.37 
 
 
311 aa  177  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  33.97 
 
 
334 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1142  L-arabinose transport system permease protein AraH  81.51 
 
 
125 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  34.52 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  34.03 
 
 
342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  33.72 
 
 
342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  35.86 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  34.36 
 
 
327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  35.48 
 
 
322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  34.03 
 
 
334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3089  inner-membrane translocator  34.13 
 
 
337 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0871348  normal  0.381344 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3765  inner-membrane translocator  37.99 
 
 
306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00344833  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  35.59 
 
 
309 aa  172  6.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  35 
 
 
314 aa  172  6.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>