More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2585 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2995  L-arabinose transporter permease protein  99.4 
 
 
335 aa  651  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.397713  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2585  L-arabinose transporter permease protein  100 
 
 
335 aa  656  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2756  L-arabinose transporter permease protein  91.94 
 
 
335 aa  610  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.394625  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3775  L-arabinose transporter permease protein  80.63 
 
 
315 aa  505  1e-142  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2613  L-arabinose transporter permease protein  71.52 
 
 
338 aa  471  1e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.727228  normal  0.716925 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0548  L-arabinose transporter permease protein  73.89 
 
 
338 aa  454  1e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0318738  normal  0.477108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3409  L-arabinose transporter permease protein  73.57 
 
 
338 aa  454  1e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0925142  normal  0.0828764 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3446  L-arabinose transporter permease protein  73.15 
 
 
334 aa  445  1e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2762  L-arabinose transporter permease protein  73.57 
 
 
338 aa  445  1e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.84256  normal  0.399817 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0524  L-arabinose transporter permease protein  73.25 
 
 
338 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3482  L-arabinose transporter permease protein  74.52 
 
 
334 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456756  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2484  L-arabinose transporter permease protein  74.52 
 
 
334 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.532923  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0404  L-arabinose transporter permease protein  74.52 
 
 
334 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.15645  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1264  L-arabinose transporter permease protein  74.52 
 
 
334 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3301  L-arabinose transporter permease protein  74.52 
 
 
334 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0548  L-arabinose transporter permease protein  73.25 
 
 
338 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0287231  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3484  L-arabinose transporter permease protein  74.52 
 
 
334 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0591  L-arabinose transporter permease protein  69.53 
 
 
338 aa  441  1e-122  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257552  normal  0.0412649 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3705  L-arabinose transporter permease protein  73.25 
 
 
338 aa  441  1e-122  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256894  normal  0.416608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0140  L-arabinose transporter permease protein  69.53 
 
 
338 aa  441  1e-122  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1181  L-arabinose transporter permease protein  74.12 
 
 
334 aa  439  1e-122  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0623  L-arabinose transporter permease protein  69.53 
 
 
338 aa  441  1e-122  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000899793  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3763  L-arabinose transporter permease protein  61.08 
 
 
316 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139254  normal  0.990186 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3602  L-arabinose transporter permease protein  63.84 
 
 
317 aa  362  4e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3475  L-arabinose transporter permease protein  61.71 
 
 
316 aa  358  9e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1997  L-arabinose transporter permease protein  59.55 
 
 
349 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.254059  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1883  L-arabinose transporter permease protein  59.55 
 
 
349 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2247  L-arabinose transporter permease protein  58.28 
 
 
327 aa  349  3e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  3.58536e-06 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2263  L-arabinose transporter permease protein  59.22 
 
 
349 aa  349  4e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2635  L-arabinose transporter permease protein  57.14 
 
 
328 aa  348  6e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.348948  hitchhiker  4.85021e-12 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1023  L-arabinose transporter permease protein  57.14 
 
 
328 aa  348  8e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2130  L-arabinose transporter permease protein  57.14 
 
 
328 aa  348  8e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000455443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1287  L-arabinose transporter permease protein  57.14 
 
 
328 aa  348  8e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00785622  hitchhiker  6.02764e-07 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1744  Monosaccharide-transporting ATPase  57.14 
 
 
328 aa  347  2e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629454  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01856  hypothetical protein  57.14 
 
 
329 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1995  L-arabinose transporter permease protein  57.14 
 
 
328 aa  347  2e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00340389  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01867  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: membrane components  57.14 
 
 
329 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1736  L-arabinose transporter permease protein  57.14 
 
 
328 aa  347  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.612736  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1910  L-arabinose transporter permease protein  59.67 
 
 
328 aa  345  5e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2331  L-arabinose transporter permease protein  56.39 
 
 
328 aa  345  8e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266483  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2031  L-arabinose transporter permease protein  55.76 
 
 
328 aa  339  4e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192716  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2373  L-arabinose transporter permease protein  53.8 
 
 
329 aa  338  7e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00546665  normal  0.130195 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2474  L-arabinose transporter permease protein  57.98 
 
 
326 aa  337  1e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.552924  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2640  L-arabinose ABC transporter, permease protein  53.8 
 
 
329 aa  337  2e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0418311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4139  L-arabinose transporter permease protein  59.54 
 
 
322 aa  333  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.494868  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2147  L-arabinose transporter permease protein  59.67 
 
 
328 aa  330  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3962  L-arabinose transporter permease protein  53.05 
 
 
334 aa  331  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3208  L-arabinose transporter permease protein  52.84 
 
 
339 aa  327  2e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0500809 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4219  L-arabinose transporter permease protein  55.31 
 
 
338 aa  325  7e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.645331 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4919  L-arabinose transporter permease protein  51.64 
 
 
339 aa  319  3e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.259607  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5639  L-arabinose transporter permease protein  52.23 
 
 
341 aa  318  8e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356357  normal  0.0453459 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5220  L-arabinose transporter permease protein  52.23 
 
 
341 aa  318  8e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5474  L-arabinose transporter permease protein  51.52 
 
 
335 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0452809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4590  L-arabinose transporter permease protein  52.11 
 
 
337 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280966 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1626  L-arabinose transporter permease protein  53.05 
 
 
339 aa  315  5e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1021  L-arabinose transporter permease protein  55.96 
 
 
333 aa  310  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0047  L-arabinose transporter permease protein  52.24 
 
 
339 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.149615  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2600  L-arabinose transporter permease protein  53.14 
 
 
336 aa  292  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860073  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3010  L-arabinose transporter permease protein  51.9 
 
 
336 aa  285  8e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  42.96 
 
 
315 aa  218  1e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  43.26 
 
 
322 aa  216  5e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  42.12 
 
 
316 aa  212  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  38.1 
 
 
324 aa  209  7e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  39.1 
 
 
323 aa  204  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  39.15 
 
 
309 aa  204  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  40.39 
 
 
306 aa  201  1e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  41.52 
 
 
309 aa  201  2e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  40 
 
 
311 aa  197  1e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  40 
 
 
311 aa  197  1e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  40.36 
 
 
311 aa  198  1e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  40 
 
 
311 aa  197  1e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  40 
 
 
311 aa  198  1e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  40 
 
 
311 aa  197  1e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  35.98 
 
 
330 aa  197  2e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  35.98 
 
 
330 aa  197  2e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  35.98 
 
 
330 aa  197  2e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  6.2023e-05 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  40 
 
 
311 aa  197  2e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.30424e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  39.64 
 
 
311 aa  197  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  39.64 
 
 
311 aa  197  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  40 
 
 
311 aa  196  5e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  34.53 
 
 
331 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3108  monosaccharide-transporting ATPase  39.58 
 
 
313 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0985733  hitchhiker  0.000124889 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  40 
 
 
311 aa  194  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  3.52632e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  35.47 
 
 
334 aa  193  4e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  35.47 
 
 
334 aa  193  4e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  37.04 
 
 
312 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  35.46 
 
 
314 aa  192  7e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  39.49 
 
 
328 aa  192  9e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  34.27 
 
 
331 aa  191  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  38.31 
 
 
327 aa  190  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  38.12 
 
 
327 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  39.3 
 
 
336 aa  191  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  37.42 
 
 
322 aa  190  3e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  34.46 
 
 
334 aa  190  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  37.91 
 
 
324 aa  189  6e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2570  inner-membrane translocator  35.78 
 
 
325 aa  189  8e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  35.06 
 
 
310 aa  188  9e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  34.74 
 
 
310 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  34.74 
 
 
336 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  36.31 
 
 
320 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.424997 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>