218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2568 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2978  putative RNA methylase  97.88 
 
 		 472 aa  856    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2739  hypothetical protein  88.27 
 
 		 471 aa  827    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2568  putative RNA methylase  100 
 
 		 472 aa  960    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509771 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  64.98 
 
 		 417 aa  570  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  65.49 
 
 		 419 aa  545  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  52.31 
 
 		 432 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0696  putative RNA methylase  55.02 
 
 		 433 aa  443  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4003  hypothetical protein  54.61 
 
 		 430 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0598  putative RNA methylase  52.09 
 
 		 432 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116947  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2537  putative RNA methylase  54.95 
 
 		 425 aa  434  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1265  THUMP domain-containing protein  53.22 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  54.29 
 
 		 432 aa  428  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3344  THUMP domain-containing protein  51.66 
 
 		 430 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615958  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2374  THUMP domain-containing protein  51.66 
 
 		 430 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3387  N6-adenine-specific DNA methylase  51.66 
 
 		 430 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  53.73 
 
 		 433 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0288  THUMP domain-containing protein  51.66 
 
 		 430 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1150  THUMP domain-containing protein  51.66 
 
 		 430 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3378  THUMP domain-containing protein  51.66 
 
 		 430 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.270297  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2557  THUMP domain-containing protein  51.66 
 
 		 430 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0675  putative RNA methylase  52.85 
 
 		 434 aa  415  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.936037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0224  putative RNA methylase  53.1 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.219183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0708  putative RNA methylase  53.1 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0237  putative RNA methylase  44.68 
 
 		 485 aa  390  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.601089  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0259  putative RNA methylase  45.4 
 
 		 480 aa  381  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0339  putative RNA methylase  45.9 
 
 		 437 aa  346  4e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.179905  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0350  putative RNA methylase  45.9 
 
 		 440 aa  345  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0422  putative RNA methylase  45.21 
 
 		 441 aa  339  7e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4484  putative RNA methylase  43.31 
 
 		 468 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3711  putative RNA methylase  43.04 
 
 		 471 aa  335  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.0760034 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0779  putative RNA methylase  42.57 
 
 		 428 aa  331  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  42.95 
 
 		 387 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0473  putative RNA methylase  42.98 
 
 		 413 aa  320  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0683  putative RNA methylase  42.89 
 
 		 426 aa  320  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0579  putative RNA methylase  40.94 
 
 		 430 aa  310  4e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  40 
 
 		 399 aa  300  4e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4180  putative RNA methylase  41.09 
 
 		 440 aa  287  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  39.29 
 
 		 380 aa  283  6.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  37.03 
 
 		 385 aa  279  7e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  37.75 
 
 		 398 aa  258  2e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0147  N6-adenine-specific DNA methylase-like protein  47.76 
 
 		 779 aa  242  9e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  33.86 
 
 		 376 aa  225  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  33.63 
 
 		 376 aa  221  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  34.47 
 
 		 393 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  33.18 
 
 		 375 aa  219  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.15 
 
 		 749 aa  215  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  33.18 
 
 		 391 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.56 
 
 		 713 aa  208  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  33.11 
 
 		 389 aa  204  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  28.48 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  28.48 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.12 
 
 		 738 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  31.07 
 
 		 393 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.57 
 
 		 718 aa  194  4e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  30.2 
 
 		 375 aa  193  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.9 
 
 		 725 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.84 
 
 		 715 aa  190  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.61 
 
 		 709 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.61 
 
 		 713 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.61 
 
 		 713 aa  188  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.17 
 
 		 711 aa  187  5e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.61 
 
 		 709 aa  187  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.61 
 
 		 713 aa  187  5e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.39 
 
 		 709 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2096  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.31 
 
 		 730 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.110427 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.17 
 
 		 711 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3643  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.31 
 
 		 730 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1788  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.65 
 
 		 756 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.39 
 
 		 709 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1615  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.75 
 
 		 730 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000568261 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1608  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.08 
 
 		 730 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2311  methylase, putative  29.22 
 
 		 762 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9895  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.42 
 
 		 701 aa  183  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.39 
 
 		 712 aa  183  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2108  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.22 
 
 		 750 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.949067  decreased coverage  0.00266929 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  31.01 
 
 		 374 aa  182  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08561  putative N6-adenine-specific DNA methylase  37.15 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3009  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.5 
 
 		 725 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30746  hitchhiker  0.0000000000188031 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.73 
 
 		 709 aa  179  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18930  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.26 
 
 		 738 aa  177  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0499  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  27.92 
 
 		 734 aa  177  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.639423  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  39.27 
 
 		 712 aa  177  3e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1680  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.24 
 
 		 707 aa  176  9e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.719337  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.98 
 
 		 711 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03361  RNA methylase family protein  29.35 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0429  putative RNA methylase  30.09 
 
 		 380 aa  172  1e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000469504  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.42 
 
 		 711 aa  172  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.55 
 
 		 705 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.44 
 
 		 718 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3255  RNA methylase family protein  27.46 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.710684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.55 
 
 		 705 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.29 
 
 		 708 aa  172  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  27.16 
 
 		 707 aa  171  3e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  26.74 
 
 		 374 aa  171  3e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.67 
 
 		 711 aa  170  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00510  predicted N6-adenine-specific DNA methylase  37.84 
 
 		 729 aa  170  5e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.563195  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0022  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  27.45 
 
 		 707 aa  169  8e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02010  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  27.73 
 
 		 699 aa  169  8e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.347097  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1752  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.18 
 
 		 752 aa  169  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.935518  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1362  hypothetical protein  35.85 
 
 		 484 aa  169  1e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>