More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2492 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2492  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 300 aa  597  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2898  MscS Mechanosensitive ion channel  99 
 
 		 300 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2662  hypothetical protein  85.67 
 
 		 298 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.466989 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5651  hypothetical protein  76.14 
 
 		 283 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1616  MscS mechanosensitive ion channel  67.9 
 
 		 273 aa  412  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.19083  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65040  hypothetical protein  76.54 
 
 		 283 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0222155  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1557  mechanosensitive ion channel family protein  69.74 
 
 		 274 aa  408  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.172425  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4037  MscS mechanosensitive ion channel  72.28 
 
 		 275 aa  402  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4751  mechanosensitive ion channel protein  77.22 
 
 		 288 aa  386  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.319564 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0426  MscS mechanosensitive ion channel  63.74 
 
 		 273 aa  365  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000444789  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2526  MscS mechanosensitive ion channel  62.89 
 
 		 272 aa  344  1e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0123409 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3594  MscS mechanosensitive ion channel  57.71 
 
 		 286 aa  304  1.0000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.046742 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2426  MscS mechanosensitive ion channel  62.55 
 
 		 271 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.464863  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3595  MscS mechanosensitive ion channel  62.4 
 
 		 284 aa  300  2e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0889323 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4042  MscS Mechanosensitive ion channel  60.48 
 
 		 272 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.684496 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4229  MscS Mechanosensitive ion channel  59.2 
 
 		 275 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159909  hitchhiker  0.00722211 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4190  MscS Mechanosensitive ion channel  58.8 
 
 		 275 aa  285  5.999999999999999e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5003  MscS mechanosensitive ion channel  59.58 
 
 		 266 aa  281  9e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2483  MscS mechanosensitive ion channel  57.96 
 
 		 270 aa  278  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0411  putative transmembrane protein  62.81 
 
 		 269 aa  277  1e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3932  small conductance mechanosensitive Ion channel, (MscS) family  60.41 
 
 		 270 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000106943 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0752  MscS Mechanosensitive ion channel  59.59 
 
 		 270 aa  269  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251302  normal  0.956753 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0736  MscS mechanosensitive ion channel  54.33 
 
 		 270 aa  254  8e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.895699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0284  MscS mechanosensitive ion channel  54.33 
 
 		 270 aa  254  8e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118601  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0768  MscS mechanosensitive ion channel  54.33 
 
 		 270 aa  254  8e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2619  MscS mechanosensitive ion channel  54.33 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0662  MscS mechanosensitive ion channel  53.94 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0687  MscS mechanosensitive ion channel  53.94 
 
 		 270 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3855  MscS mechanosensitive ion channel  54.33 
 
 		 270 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529066 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2312  mechanosensitive ion channel YggB  51.3 
 
 		 290 aa  237  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0987902  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3295  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  52.55 
 
 		 275 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930864  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3306  YggB  52.55 
 
 		 275 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2190  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  52.55 
 
 		 275 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0516  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  52.55 
 
 		 275 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.185319  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3261  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  52.55 
 
 		 275 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.142473  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1083  mechanosensitive ion channel YggB  52.55 
 
 		 275 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1322  YggB  50.37 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  35.66 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  37.4 
 
 		 269 aa  177  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  33.45 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  34.87 
 
 		 280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  34.46 
 
 		 288 aa  172  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  35 
 
 		 273 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  35.51 
 
 		 275 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  37.6 
 
 		 275 aa  170  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 274 aa  168  9e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  36.4 
 
 		 275 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  34.88 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  34.88 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 275 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 275 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  37.01 
 
 		 274 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  35.2 
 
 		 275 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.95 
 
 		 277 aa  165  8e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  37.3 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.2 
 
 		 275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  36.89 
 
 		 275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  34.14 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  36.89 
 
 		 275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  36.89 
 
 		 275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  34.31 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  35.04 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  33.89 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  34.39 
 
 		 288 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 270 aa  159  7e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  32.95 
 
 		 275 aa  157  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  35.1 
 
 		 275 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  33.86 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  34.34 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4989  MscS mechanosensitive ion channel  35.15 
 
 		 321 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0847315  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  35.32 
 
 		 277 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  35.15 
 
 		 321 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 275 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4309  MscS mechanosensitive ion channel  34.43 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000550538  decreased coverage  0.0000000451244 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  34.62 
 
 		 277 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  34.43 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  36.65 
 
 		 276 aa  152  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  35.42 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  34.48 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  35.79 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  33.73 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  33.2 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  31.8 
 
 		 277 aa  148  8e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  34.02 
 
 		 278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  33.71 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  32.93 
 
 		 276 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  32.58 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  32.58 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  30.68 
 
 		 268 aa  145  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  32.27 
 
 		 271 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  35.68 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>