More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2144 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2144  Resolvase domain protein  100 
 
 		 196 aa  397  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2550  Resolvase domain  88.78 
 
 		 196 aa  337  9e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.819685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2984  putative site-specific recombinases, DNA invertase Pin  62.18 
 
 		 203 aa  234  6e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200056  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  55.49 
 
 		 188 aa  185  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  47.94 
 
 		 199 aa  178  5.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  50.27 
 
 		 186 aa  173  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1052  Resolvase domain  50.55 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  50.83 
 
 		 182 aa  171  5.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  48.09 
 
 		 187 aa  171  6.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  45.9 
 
 		 188 aa  166  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  47.89 
 
 		 188 aa  164  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2172  recombinase  46.32 
 
 		 214 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0678128  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5459  resolvase domain-containing protein  49.47 
 
 		 190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.358499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2096  resolvase domain-containing protein  47.87 
 
 		 190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0211835 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1202  resolvase domain-containing protein  43.88 
 
 		 194 aa  163  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  42.86 
 
 		 189 aa  157  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  48.02 
 
 		 184 aa  156  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  47.46 
 
 		 197 aa  155  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  45.86 
 
 		 188 aa  155  4e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  48.02 
 
 		 184 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  50.3 
 
 		 193 aa  152  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6748  resolvase domain-containing protein  46.11 
 
 		 201 aa  151  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.167425 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2312  Resolvase domain  43.01 
 
 		 201 aa  151  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5093  resolvase domain-containing protein  49.19 
 
 		 201 aa  151  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.993134 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5190  resolvase domain-containing protein  46.51 
 
 		 191 aa  151  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000411755  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  49.1 
 
 		 191 aa  150  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  45.81 
 
 		 189 aa  150  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  45.25 
 
 		 203 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  49.1 
 
 		 191 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  45.36 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0718  resolvase domain-containing protein  47.67 
 
 		 197 aa  149  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.784479 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0011  RlgA  43.78 
 
 		 186 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.928686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3714  resolvase domain-containing protein  44.21 
 
 		 188 aa  148  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.566828  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  44.2 
 
 		 185 aa  147  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  44.2 
 
 		 185 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  41.53 
 
 		 184 aa  145  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5037  resolvase domain-containing protein  43.26 
 
 		 201 aa  145  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.931406  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  43.65 
 
 		 185 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0611  Resolvase domain protein  42.25 
 
 		 186 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0580  resolvase domain-containing protein  42.25 
 
 		 186 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0605  resolvase domain-containing protein  42.25 
 
 		 186 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.177837 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3440  invertase/recombinase protein  41.49 
 
 		 188 aa  144  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5436  Resolvase domain  47.09 
 
 		 193 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  43.43 
 
 		 194 aa  143  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3594  resolvase domain-containing protein  45.11 
 
 		 197 aa  142  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.260682  hitchhiker  0.00636554 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6608  resolvase domain-containing protein  44.2 
 
 		 189 aa  142  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  41.27 
 
 		 188 aa  142  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3553  resolvase domain-containing protein  47.78 
 
 		 181 aa  141  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.467372  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2399  resolvase domain-containing protein  45.65 
 
 		 197 aa  141  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  40.64 
 
 		 183 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1006  Resolvase domain protein  42.47 
 
 		 189 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  40.64 
 
 		 183 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0816  resolvase domain-containing protein  42.86 
 
 		 185 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6782  resolvase domain-containing protein  46.41 
 
 		 184 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.504828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  40.76 
 
 		 181 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  43.65 
 
 		 185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  41.99 
 
 		 185 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0088  resolvase domain-containing protein  39.47 
 
 		 199 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.223955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2396  resolvase domain-containing protein  53.1 
 
 		 163 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.718289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6785  resolvase domain-containing protein  46.37 
 
 		 195 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0348  Resolvase domain protein  47.16 
 
 		 209 aa  138  4.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0846  Resolvase domain protein  47.28 
 
 		 194 aa  138  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  41.99 
 
 		 185 aa  138  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  41.99 
 
 		 185 aa  138  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6405  resolvase domain-containing protein  42.31 
 
 		 185 aa  138  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5280  resolvase domain-containing protein  50.72 
 
 		 305 aa  137  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1711  integrative genetic element Gsu5, resolvase  43.55 
 
 		 190 aa  137  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0316952  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1807  resolvase domain-containing protein  38.95 
 
 		 201 aa  137  1e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.261116  unclonable  0.00000000603181 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1818  Resolvase domain protein  48.59 
 
 		 184 aa  137  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.601257  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2582  resolvase domain-containing protein  44.32 
 
 		 185 aa  137  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  43.32 
 
 		 197 aa  136  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_009660  Krad_4707  resolvase domain-containing protein  43.96 
 
 		 190 aa  136  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  43.32 
 
 		 197 aa  136  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6810  Resolvase domain protein  41.76 
 
 		 185 aa  136  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67902  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  43.32 
 
 		 197 aa  136  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2363  resolvase-like protein  44.26 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.379523  normal  0.343568 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6450  resolvase domain-containing protein  43.35 
 
 		 193 aa  135  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6497  resolvase domain-containing protein  43.93 
 
 		 193 aa  135  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2170  DNA invertase  43.32 
 
 		 281 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0593579  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  43.18 
 
 		 188 aa  134  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6373  resolvase domain-containing protein  43.35 
 
 		 193 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6403  resolvase domain-containing protein  43.35 
 
 		 193 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0167  resolvase domain-containing protein  38.38 
 
 		 196 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  43.18 
 
 		 187 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1490  resolvase domain-containing protein  42.16 
 
 		 183 aa  133  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.832501  hitchhiker  0.00333462 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  43.18 
 
 		 190 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5399  resolvase domain-containing protein  44.26 
 
 		 186 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00909416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0108  hypothetical protein  41.11 
 
 		 309 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2245  resolvase domain-containing protein  45 
 
 		 183 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0071186  normal  0.011182 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21550  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  43.1 
 
 		 218 aa  132  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.850113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5397  Resolvase domain protein  41.21 
 
 		 185 aa  132  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3914  resolvase domain-containing protein  52.17 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.789856  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4105  resolvase domain-containing protein  48.37 
 
 		 293 aa  131  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.571135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3853  resolvase domain-containing protein  48.37 
 
 		 326 aa  131  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3847  resolvase-like protein  41.05 
 
 		 191 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.388128  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4835  Resolvase domain protein  49.62 
 
 		 201 aa  130  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.291279 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2392  Resolvase domain  49.3 
 
 		 197 aa  129  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000064315  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4189  TonB-dependent receptor protein  49.02 
 
 		 294 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  42.7 
 
 		 193 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6610  resolvase domain-containing protein  43.02 
 
 		 192 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.874577  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>