More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2056 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  88.21 
 
 		 392 aa  702    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 388 aa  780    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 388 aa  780    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  76.55 
 
 		 393 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  79.45 
 
 		 391 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  57.11 
 
 		 395 aa  441  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  58.74 
 
 		 390 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  56.95 
 
 		 397 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  57.73 
 
 		 390 aa  408  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  56.81 
 
 		 392 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  57.38 
 
 		 390 aa  410  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  58.47 
 
 		 392 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  58.08 
 
 		 392 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  55.78 
 
 		 392 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  54.08 
 
 		 391 aa  388  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  48.33 
 
 		 390 aa  364  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  48.7 
 
 		 390 aa  364  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  48.07 
 
 		 390 aa  362  4e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  48.7 
 
 		 390 aa  362  8e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  47.81 
 
 		 390 aa  360  3e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  48.19 
 
 		 390 aa  359  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  47.83 
 
 		 390 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  46.43 
 
 		 391 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  42.74 
 
 		 368 aa  322  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  45.05 
 
 		 392 aa  320  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  43.01 
 
 		 392 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  46.09 
 
 		 406 aa  302  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  33.7 
 
 		 395 aa  215  9.999999999999999e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  34.43 
 
 		 395 aa  177  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  33.72 
 
 		 410 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  33.7 
 
 		 390 aa  169  7e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  35.24 
 
 		 390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  32.13 
 
 		 406 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  31.82 
 
 		 402 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  32.79 
 
 		 389 aa  160  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  33.16 
 
 		 402 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 		 414 aa  157  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 		 393 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 		 387 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  31.61 
 
 		 387 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 397 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 		 413 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 		 392 aa  146  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 		 395 aa  146  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 		 395 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 		 391 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  30.61 
 
 		 395 aa  144  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 		 395 aa  143  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  31.32 
 
 		 395 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 		 401 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 		 392 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 		 396 aa  133  6e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  31.28 
 
 		 390 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 		 426 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 		 392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 		 399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 		 423 aa  126  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 		 401 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 		 388 aa  123  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 389 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 388 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.64 
 
 		 399 aa  120  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 		 390 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  29.97 
 
 		 381 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 		 391 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 390 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  27.7 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  27.79 
 
 		 405 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.79 
 
 		 395 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.08 
 
 		 405 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  27.79 
 
 		 405 aa  103  7e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.03 
 
 		 405 aa  102  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  27.3 
 
 		 405 aa  102  9e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 		 396 aa  102  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.77 
 
 		 405 aa  100  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  27.79 
 
 		 405 aa  100  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 386 aa  100  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 379 aa  100  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  27.49 
 
 		 396 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 		 400 aa  99.8  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.79 
 
 		 405 aa  99.8  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 379 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 396 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1162  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.94 
 
 		 369 aa  97.8  3e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.438916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>