More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2028 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3256  DNA primase  64.58 
 
 
622 aa  637  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0530643 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2216  DNA primase  92.21 
 
 
603 aa  1115  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4814  DNA primase  62.52 
 
 
636 aa  635  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2821  DNA primase  62.91 
 
 
622 aa  641  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2028  DNA primase  100 
 
 
603 aa  1229  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3942  DNA primase  61.65 
 
 
630 aa  638  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6775  DNA primase  63.34 
 
 
623 aa  643  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0278611 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  53.04 
 
 
645 aa  637  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2421  DNA primase  98.18 
 
 
603 aa  1211  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3782  DNA primase  64.39 
 
 
622 aa  636  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18227  normal  0.0180999 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0887  DNA primase  78.44 
 
 
604 aa  936  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.612944  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2607  DNA primase  76.62 
 
 
613 aa  916  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.496345  normal  0.674189 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2205  DNA primase  64.2 
 
 
638 aa  632  1e-180  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3885  DNA primase  64.22 
 
 
625 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.987209  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3642  DNA primase  64.22 
 
 
625 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4481  DNA primase  64.03 
 
 
800 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.135384  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0338  DNA primase  64.97 
 
 
624 aa  629  1e-179  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0834  DNA primase  64.97 
 
 
624 aa  629  1e-179  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2385  DNA primase  64.97 
 
 
624 aa  629  1e-179  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0372  DNA primase  64.97 
 
 
624 aa  629  1e-179  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2526  DNA primase  64.97 
 
 
624 aa  629  1e-179  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1712  DNA primase  64.97 
 
 
624 aa  629  1e-179  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1519  DNA primase  64.97 
 
 
624 aa  629  1e-179  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0620  DNA primase  64.84 
 
 
625 aa  627  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1417  DNA primase  52.7 
 
 
652 aa  620  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  60.26 
 
 
660 aa  541  1e-152  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  60.58 
 
 
676 aa  535  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2561  DNA primase  61.01 
 
 
598 aa  533  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00296311 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2203  DNA primase  60.98 
 
 
625 aa  530  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.198077  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5044  DNA primase  59.7 
 
 
677 aa  525  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.764772  normal  0.79995 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1763  DNA primase  61.73 
 
 
659 aa  514  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586276  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1407  DNA primase  62.25 
 
 
674 aa  514  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3137  DNA primase  62.5 
 
 
653 aa  506  1e-142  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0527  DNA primase  52.01 
 
 
578 aa  508  1e-142  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2484  DNA primase  62.27 
 
 
658 aa  505  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2490  putative DNA primase protein  60.36 
 
 
606 aa  498  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951822  normal  0.8529 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0093  DNA primase  46.97 
 
 
653 aa  493  1e-138  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.244748  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1190  DNA primase  47.35 
 
 
631 aa  491  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  45.77 
 
 
592 aa  483  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2323  DNA primase  53.35 
 
 
576 aa  467  1e-130  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128644  hitchhiker  0.00849609 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  43.85 
 
 
586 aa  456  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  52.34 
 
 
655 aa  453  1e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  43.46 
 
 
588 aa  451  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  53.27 
 
 
656 aa  448  1e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2387  DNA primase  51.28 
 
 
565 aa  448  1e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  41.56 
 
 
652 aa  448  1e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  42.88 
 
 
638 aa  446  1e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  52.47 
 
 
663 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  41.53 
 
 
651 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  50.9 
 
 
660 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  50.79 
 
 
664 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  50.45 
 
 
663 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  50.91 
 
 
660 aa  439  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  50.91 
 
 
660 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  50.68 
 
 
660 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2993  DNA primase  42.67 
 
 
571 aa  419  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  40.99 
 
 
586 aa  422  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  41.72 
 
 
609 aa  417  1e-115  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.33993e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  43.73 
 
 
617 aa  415  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  38.83 
 
 
584 aa  411  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  41.2 
 
 
585 aa  412  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  41.69 
 
 
581 aa  407  1e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.65097e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  38.5 
 
 
584 aa  407  1e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0311  DNA primase  40.51 
 
 
583 aa  407  1e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157771  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  41.69 
 
 
581 aa  406  1e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.4553e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  41.69 
 
 
581 aa  406  1e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.72934e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  47.28 
 
 
613 aa  407  1e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  41.69 
 
 
581 aa  405  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  41.69 
 
 
581 aa  405  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  41.69 
 
 
581 aa  405  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.06976e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  41.69 
 
 
581 aa  405  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.61356e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  41.69 
 
 
581 aa  405  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  4.92318e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  41.69 
 
 
581 aa  405  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.2434e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  39.03 
 
 
584 aa  402  1e-110  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  38.14 
 
 
578 aa  401  1e-110  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  39.36 
 
 
584 aa  399  1e-110  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  44.7 
 
 
577 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  40.1 
 
 
581 aa  399  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04097  DNA primase  39.24 
 
 
582 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  40.6 
 
 
582 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.55759e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  40.6 
 
 
582 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.22663e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  40.6 
 
 
582 aa  393  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  1.95537e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  46.7 
 
 
576 aa  390  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  3.48842e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  40.25 
 
 
582 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1100  DNA primase  40.26 
 
 
614 aa  391  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0394  DNA primase  44.44 
 
 
572 aa  388  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  40.03 
 
 
581 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  41.16 
 
 
574 aa  387  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1783  DNA primase  44.44 
 
 
553 aa  388  1e-106  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.461465  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1039  DNA primase  38.73 
 
 
588 aa  387  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00521157  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  39.7 
 
 
579 aa  384  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  47.91 
 
 
666 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  40.1 
 
 
581 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  40.1 
 
 
581 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  40.1 
 
 
581 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.08195e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  40.33 
 
 
581 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  51.42 
 
 
576 aa  380  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  49.23 
 
 
575 aa  375  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1739  DNA primase  38.38 
 
 
577 aa  371  1e-101  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.768816  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  49.09 
 
 
574 aa  369  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>