More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2014 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2014  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  100 
 
 
311 aa  634  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2408  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  95.18 
 
 
314 aa  603  1e-172  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2210  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  88.1 
 
 
315 aa  563  1e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895513  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3294  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  66.55 
 
 
296 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0900  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  66.44 
 
 
301 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2581  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  67.59 
 
 
310 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2081  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  65.19 
 
 
294 aa  381  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178855  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1251  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  65.6 
 
 
296 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.540986  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2234  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  67.12 
 
 
294 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0962  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  65.99 
 
 
298 aa  357  1e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.294785  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2338  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  65.87 
 
 
298 aa  357  2e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0246272 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2315  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  65.87 
 
 
298 aa  357  2e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1703  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  65.87 
 
 
298 aa  357  2e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5657  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.32 
 
 
297 aa  348  5e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2354  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  66.33 
 
 
297 aa  345  8e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0532352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1041  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.11 
 
 
297 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.512398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.11 
 
 
297 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1915  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.11 
 
 
297 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00194048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0827  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.11 
 
 
297 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1195  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.11 
 
 
297 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0519068  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0324  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.11 
 
 
297 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1203  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.11 
 
 
297 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0982  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  68.29 
 
 
297 aa  337  2e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  51.51 
 
 
338 aa  309  5e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  53.99 
 
 
327 aa  305  8e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  54.1 
 
 
309 aa  300  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4720  glutamate--tRNA ligase  57 
 
 
292 aa  298  8e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.943988  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4049  glutamate--tRNA ligase  59.26 
 
 
312 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963278  normal  0.0953958 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1982  glutamate--tRNA ligase  54.57 
 
 
323 aa  293  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.926165 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3126  Glutamate--tRNA ligase  56.7 
 
 
307 aa  293  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1782  Glutamate--tRNA ligase  54.26 
 
 
323 aa  290  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  56.36 
 
 
302 aa  285  5e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  55.11 
 
 
300 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3769  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.56 
 
 
301 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0219396 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  57.4 
 
 
283 aa  278  8e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3032  glutamate--tRNA ligase  53.79 
 
 
335 aa  270  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.490403  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1109  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.96 
 
 
299 aa  264  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0797  glutamate--tRNA ligase  49.32 
 
 
303 aa  254  1e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.76322e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2698  glutamyl- and glutaminyl- tRNA synthetase  50.35 
 
 
311 aa  251  9e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.86478e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5440  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.53 
 
 
293 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0605  glutamate--tRNA ligase  49.64 
 
 
316 aa  250  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  53.96 
 
 
301 aa  244  1e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3371  glutamate--tRNA ligase  53.72 
 
 
309 aa  242  5e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62510  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.75 
 
 
293 aa  241  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.632499  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3639  Glutamate--tRNA ligase  55.76 
 
 
318 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.917927  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0740  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.39 
 
 
295 aa  234  1e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  6.57167e-09 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  53.82 
 
 
314 aa  233  2e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0922  glutamate--tRNA ligase  47.2 
 
 
300 aa  233  4e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3586  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.97 
 
 
294 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4694  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.43 
 
 
300 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4558  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.43 
 
 
300 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  5.48174e-06 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0676  glutamate--tRNA ligase  52.63 
 
 
310 aa  226  3e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4692  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.42 
 
 
295 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  6.87127e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4805  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50 
 
 
298 aa  226  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167775  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.4 
 
 
314 aa  225  9e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42650  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.25 
 
 
298 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404894  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2226  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.89 
 
 
311 aa  222  6e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.78146e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  49.01 
 
 
313 aa  219  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.78 
 
 
310 aa  220  3e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.82 
 
 
295 aa  218  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0834  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.02 
 
 
295 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133315 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00405  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.62 
 
 
299 aa  216  3e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0967  glutamyl-tRNA synthetase-related protein  48.25 
 
 
295 aa  216  6e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  46.52 
 
 
310 aa  214  2e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  52.4 
 
 
291 aa  214  2e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2749  Glutamate--tRNA ligase  47.67 
 
 
306 aa  210  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.242915  normal  0.441865 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  46.18 
 
 
318 aa  210  3e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0583  glutamate--tRNA ligase  41.28 
 
 
308 aa  210  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0518  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  49.03 
 
 
302 aa  209  5e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3373  glutamate--tRNA ligase  43.77 
 
 
298 aa  209  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0303473 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0851  Glutamate--tRNA ligase  46.62 
 
 
313 aa  203  3e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.31695  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  41.92 
 
 
311 aa  201  9e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  2.57577e-07  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0147  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.67 
 
 
308 aa  201  2e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.35998e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3458  Glutamate--tRNA ligase  43.67 
 
 
308 aa  201  2e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.33336e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.33 
 
 
308 aa  200  2e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  9.52983e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00142  hypothetical protein  43.33 
 
 
308 aa  199  4e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  7.3692e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00143  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.33 
 
 
308 aa  199  4e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  9.65107e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0153  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.33 
 
 
308 aa  199  4e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.16792e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3515  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.33 
 
 
308 aa  199  4e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000809743  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  45.39 
 
 
323 aa  198  9e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002564  glutamyl-Q-tRNA synthetase  41.08 
 
 
287 aa  197  1e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.02231e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0148  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.33 
 
 
308 aa  198  1e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  1.29858e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0155  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.67 
 
 
308 aa  196  4e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  3.30797e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.19 
 
 
303 aa  196  4e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  3.45941e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0873  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  43.43 
 
 
299 aa  196  6e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3115  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.11 
 
 
352 aa  196  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000632224  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0729  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  43.01 
 
 
299 aa  195  8e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.94668e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  43.73 
 
 
313 aa  194  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3405  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.34 
 
 
299 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.37292e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3799  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.29 
 
 
299 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.13424e-06  hitchhiker  2.43395e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3293  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  43.01 
 
 
299 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.89418e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1031  Glutamate--tRNA ligase  44.1 
 
 
302 aa  193  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.011538  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0697  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.74 
 
 
292 aa  192  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  8.8618e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4012  glutamate--tRNA ligase  39.37 
 
 
299 aa  192  8e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000166236  normal  0.954035 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0779  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  43.6 
 
 
290 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00289158  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3129  glutamate--tRNA ligase  41.35 
 
 
299 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  9.21619e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4307  tRNA synthetase class I family protein  42.62 
 
 
315 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0871  Glutamate--tRNA ligase  41.99 
 
 
304 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.93825e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0883  glutamate--tRNA ligase  42.35 
 
 
304 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  3.49981e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  45.02 
 
 
323 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>