230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1944 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  100 
 
 		 161 aa  328  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  98.76 
 
 		 161 aa  325  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  83.75 
 
 		 160 aa  242  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  68.29 
 
 		 166 aa  208  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  63.41 
 
 		 167 aa  196  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  61.73 
 
 		 162 aa  194  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  60.49 
 
 		 156 aa  194  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  61.11 
 
 		 162 aa  192  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  57.14 
 
 		 163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  52.76 
 
 		 166 aa  169  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  53.05 
 
 		 185 aa  168  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  58.28 
 
 		 158 aa  164  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  51.46 
 
 		 195 aa  158  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  50.31 
 
 		 158 aa  150  8.999999999999999e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  53.09 
 
 		 153 aa  146  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  47.17 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  51.23 
 
 		 156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  51.23 
 
 		 156 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  50 
 
 		 156 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  50.62 
 
 		 156 aa  143  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  50.62 
 
 		 156 aa  143  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  50.62 
 
 		 156 aa  142  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  50 
 
 		 156 aa  141  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  45.91 
 
 		 145 aa  141  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2940  LysM domain/BON superfamily protein  46.25 
 
 		 149 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.137331 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2975  LysM domain/BON superfamily protein  46.25 
 
 		 149 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.870465  normal  0.0673181 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3097  LysM domain/BON superfamily protein  46.25 
 
 		 149 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2908  LysM domain/BON superfamily protein  46.25 
 
 		 149 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2992  LysM domain/BON superfamily protein  46.25 
 
 		 149 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.021376 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  47.5 
 
 		 148 aa  140  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  45.91 
 
 		 145 aa  140  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  45 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  46.25 
 
 		 146 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  45 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  45 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  45 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  45 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  45 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  46.06 
 
 		 161 aa  138  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  45 
 
 		 149 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  45 
 
 		 149 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  45 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4943  LysM domain/BON superfamily protein  46.25 
 
 		 146 aa  137  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0459  LysM domain/BON superfamily protein  45.18 
 
 		 168 aa  135  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  43.71 
 
 		 168 aa  133  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  43.11 
 
 		 168 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0283  LysM domain/BON superfamily protein  44.38 
 
 		 146 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0258  LysM domain/BON superfamily protein  44.38 
 
 		 146 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0155386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0273  LysM domain/BON superfamily protein  44.38 
 
 		 146 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4952  LysM domain/BON superfamily protein  44.38 
 
 		 150 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182933  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0282  LysM domain/BON superfamily protein  42.5 
 
 		 146 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  45.68 
 
 		 154 aa  119  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  43.48 
 
 		 156 aa  110  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  44.1 
 
 		 156 aa  110  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2264  LysM domain/BON superfamily protein  43.48 
 
 		 156 aa  110  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2304  LysM domain/BON superfamily protein  43.48 
 
 		 156 aa  110  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  37.5 
 
 		 143 aa  105  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3255  LysM domain/BON superfamily protein  38.1 
 
 		 157 aa  99.4  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0262  Peptidoglycan-binding LysM  30.77 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  60 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  57.14 
 
 		 97 aa  68.6  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4527  peptidoglycan-binding LysM  35.45 
 
 		 123 aa  62.8  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.292703  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  42.47 
 
 		 230 aa  61.2  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4237  peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 		 1910 aa  60.8  0.000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618664  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  52.94 
 
 		 546 aa  60.5  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  50.91 
 
 		 334 aa  59.3  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  33.05 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  52.08 
 
 		 309 aa  57.8  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4808  Peptidoglycan-binding LysM  55.1 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1464  LysM domain-containing protein  47.06 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.026138  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2195  peptidoglycan-binding LysM  46.15 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000396131  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0490  peptidoglycan-binding LysM  48.15 
 
 		 291 aa  55.1  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000860962  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2795  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  52.83 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.683971  normal  0.0904413 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 		 439 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 		 234 aa  54.3  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  44.83 
 
 		 356 aa  54.3  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 		 428 aa  53.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  42.55 
 
 		 404 aa  52.8  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  42.55 
 
 		 404 aa  53.1  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  48 
 
 		 234 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  42.86 
 
 		 405 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 651 aa  52.4  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 511 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 546 aa  52.4  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 511 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 451 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1474  hypothetical protein  44.68 
 
 		 663 aa  51.6  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.234073  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  48.98 
 
 		 190 aa  52  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 552 aa  52  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  42.55 
 
 		 572 aa  50.8  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2902  Peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 		 230 aa  50.8  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000393442  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  41.67 
 
 		 352 aa  50.4  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  39.29 
 
 		 380 aa  50.1  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 338 aa  50.1  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1323  Peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 		 230 aa  50.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.6395e-23 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  48 
 
 		 1051 aa  50.1  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1623  Peptidoglycan-binding LysM  41.18 
 
 		 232 aa  50.1  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000375126  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0072  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  40.82 
 
 		 334 aa  50.4  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.859252  normal  0.733338 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  46.94 
 
 		 394 aa  49.7  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  35.59 
 
 		 333 aa  49.7  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>