More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1939 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  98.31 
 
 
356 aa  704  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  100 
 
 
356 aa  713  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  88.75 
 
 
352 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  88.75 
 
 
352 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  82.18 
 
 
351 aa  558  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  59.89 
 
 
361 aa  417  1e-115  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  58.29 
 
 
359 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  58.07 
 
 
367 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  60.3 
 
 
387 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  60.3 
 
 
358 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  60.3 
 
 
358 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  60.54 
 
 
358 aa  383  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  58.86 
 
 
358 aa  378  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  59.82 
 
 
358 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  59.82 
 
 
358 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  59.82 
 
 
358 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  60.42 
 
 
358 aa  378  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  58.98 
 
 
358 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  58.98 
 
 
358 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  55.89 
 
 
361 aa  352  6e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  55.29 
 
 
361 aa  350  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  50.74 
 
 
357 aa  313  2e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  50.74 
 
 
357 aa  313  3e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  46.76 
 
 
363 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  47.16 
 
 
365 aa  308  7e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  46.86 
 
 
360 aa  292  7e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  45.53 
 
 
344 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  45.63 
 
 
344 aa  279  4e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  43.26 
 
 
344 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  45.59 
 
 
340 aa  249  5e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5435  porin precursor transmembrane protein  48.75 
 
 
332 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  44.24 
 
 
341 aa  240  3e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  44.71 
 
 
342 aa  236  5e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  42.61 
 
 
362 aa  221  1e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  39.6 
 
 
357 aa  213  3e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  39.6 
 
 
357 aa  213  3e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  39.44 
 
 
357 aa  213  4e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  39.94 
 
 
357 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  39.94 
 
 
357 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  37.89 
 
 
341 aa  198  1e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  37.39 
 
 
340 aa  172  6e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2122  hypothetical protein  80 
 
 
104 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521605  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  34.84 
 
 
338 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  35.47 
 
 
344 aa  142  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  32.55 
 
 
369 aa  142  9e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  3.49197e-07  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  35.58 
 
 
352 aa  135  1e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  32.19 
 
 
385 aa  128  1e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  33.53 
 
 
376 aa  129  1e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  32.72 
 
 
385 aa  126  4e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  31.66 
 
 
385 aa  125  8e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  33.03 
 
 
430 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  33.03 
 
 
430 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  32.42 
 
 
384 aa  123  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  30.64 
 
 
387 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  33.03 
 
 
411 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  33.03 
 
 
384 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  34.49 
 
 
392 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  33.03 
 
 
384 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  34.49 
 
 
392 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  33.03 
 
 
384 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  34.72 
 
 
339 aa  122  1e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  34.26 
 
 
351 aa  121  2e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  5.17962e-07  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  33.33 
 
 
389 aa  121  2e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  29.97 
 
 
388 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  33.13 
 
 
394 aa  120  5e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4600  porin  32.46 
 
 
386 aa  120  5e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.447707  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  35.29 
 
 
355 aa  119  8e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  4.13543e-07 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  31.88 
 
 
376 aa  118  1e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0702  outer membrane porin OpcP  32.64 
 
 
523 aa  118  2e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.259508  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  31.09 
 
 
393 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  32.93 
 
 
385 aa  117  4e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  35.04 
 
 
368 aa  117  4e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  32.93 
 
 
385 aa  117  4e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  31.97 
 
 
335 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.51 
 
 
389 aa  116  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  31.09 
 
 
358 aa  116  7e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4385  porin  32.63 
 
 
385 aa  115  1e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  31.64 
 
 
430 aa  115  1e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  34.76 
 
 
349 aa  115  1e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4097  OmpC family outer membrane porin  32.05 
 
 
389 aa  115  1e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0112259  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  34.87 
 
 
374 aa  114  2e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  29.97 
 
 
390 aa  114  2e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  33.33 
 
 
362 aa  114  2e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  30.81 
 
 
350 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6971  porin  31.98 
 
 
376 aa  113  4e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829977  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  31.37 
 
 
430 aa  113  4e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  31.37 
 
 
430 aa  113  4e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1516  porin  31.98 
 
 
376 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  34.23 
 
 
370 aa  113  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  31.98 
 
 
376 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  30.87 
 
 
387 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4447  porin Gram-negative type  31.87 
 
 
393 aa  112  1e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257562  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1085  putative outer membrane porin  31.1 
 
 
430 aa  112  1e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.376652  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1367  putative outer membrane porin  31.1 
 
 
430 aa  112  1e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2059  putative outer membrane porin  30.83 
 
 
390 aa  112  1e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2350  putative outer membrane porin  31.1 
 
 
430 aa  112  1e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  33.33 
 
 
350 aa  112  1e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  32.11 
 
 
362 aa  112  1e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  30.14 
 
 
386 aa  111  2e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  30.14 
 
 
386 aa  111  2e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>