More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1837 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  89.29 
 
 		 528 aa  941    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  98.87 
 
 		 532 aa  1082    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  72.71 
 
 		 531 aa  775    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 532 aa  1092    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  72 
 
 		 538 aa  775    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  47.78 
 
 		 533 aa  477  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  48.38 
 
 		 533 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  45.8 
 
 		 535 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  46.59 
 
 		 530 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  45.74 
 
 		 528 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  46.23 
 
 		 509 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  44.84 
 
 		 535 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  42.86 
 
 		 514 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  43.21 
 
 		 512 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  42.77 
 
 		 516 aa  380  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  42.37 
 
 		 516 aa  381  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  41 
 
 		 544 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  40.36 
 
 		 549 aa  365  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  39.36 
 
 		 525 aa  364  2e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  38.1 
 
 		 526 aa  363  6e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  38.55 
 
 		 522 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  40.2 
 
 		 521 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  38.81 
 
 		 521 aa  352  8e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  35.71 
 
 		 537 aa  331  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  37.5 
 
 		 524 aa  323  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  36.82 
 
 		 515 aa  319  7e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  35.7 
 
 		 534 aa  286  7e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  36.02 
 
 		 534 aa  286  9e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 528 aa  270  5e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 		 528 aa  270  5.9999999999999995e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  34.77 
 
 		 528 aa  269  8e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 527 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 		 556 aa  265  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  32.33 
 
 		 528 aa  265  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  34.89 
 
 		 532 aa  264  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  36.47 
 
 		 530 aa  263  8.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 		 544 aa  255  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  34.33 
 
 		 531 aa  254  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  33.27 
 
 		 526 aa  252  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 		 538 aa  251  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 		 531 aa  249  9e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  33.27 
 
 		 527 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 526 aa  240  4e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  32.12 
 
 		 526 aa  239  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  31.92 
 
 		 526 aa  238  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  35.05 
 
 		 532 aa  237  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 514 aa  234  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 		 526 aa  233  5e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.02 
 
 		 528 aa  233  7.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  31.54 
 
 		 520 aa  227  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  30.16 
 
 		 528 aa  225  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  31.45 
 
 		 514 aa  224  3e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.73 
 
 		 542 aa  224  4e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 		 524 aa  223  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  31.99 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  32.34 
 
 		 460 aa  217  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 526 aa  217  5e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 517 aa  215  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 523 aa  213  7.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  31.42 
 
 		 517 aa  212  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 		 520 aa  212  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  30.97 
 
 		 523 aa  211  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 		 505 aa  210  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  31.03 
 
 		 519 aa  209  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 529 aa  209  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  29.7 
 
 		 516 aa  209  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 		 520 aa  208  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 517 aa  206  8e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 		 527 aa  206  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  30.47 
 
 		 518 aa  206  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 		 527 aa  205  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 		 520 aa  203  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  29.6 
 
 		 595 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  27.48 
 
 		 521 aa  196  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 526 aa  194  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  27.22 
 
 		 521 aa  193  6e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.22 
 
 		 521 aa  193  6e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 		 521 aa  193  6e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  27.22 
 
 		 521 aa  193  6e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2474  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 525 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.48 
 
 		 534 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  30.15 
 
 		 532 aa  179  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.72 
 
 		 535 aa  178  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  32.58 
 
 		 502 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  25.76 
 
 		 499 aa  173  7.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  29.88 
 
 		 513 aa  173  7.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  29.98 
 
 		 513 aa  172  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.46 
 
 		 520 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  30.54 
 
 		 518 aa  170  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  30.43 
 
 		 519 aa  170  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  28.8 
 
 		 495 aa  168  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 512 aa  167  5e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 512 aa  167  5e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 512 aa  167  5e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3653  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 513 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0310608  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  28.93 
 
 		 509 aa  166  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 508 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 520 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3603  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 		 507 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.721238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  32.32 
 
 		 527 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>