More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1747 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 517 aa  1056    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6670  AMP-dependent synthetase and ligase  72.62 
 
 		 530 aa  742    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.726703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5887  AMP-dependent synthetase and ligase  82.98 
 
 		 517 aa  873    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0385595  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0671  AMP-dependent synthetase and ligase  63.13 
 
 		 517 aa  642    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.251823  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2055  AMP-dependent synthetase and ligase  96.72 
 
 		 472 aa  910    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2182  AMP-dependent synthetase and ligase  74.8 
 
 		 525 aa  766    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2076  long-chain-fatty acid CoA ligase  73.96 
 
 		 525 aa  763    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.490936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3722  AMP-dependent synthetase and ligase  59.72 
 
 		 511 aa  614  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0851  AMP-dependent synthetase and ligase  60.31 
 
 		 517 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.422198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  62.45 
 
 		 516 aa  598  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1049  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  60.84 
 
 		 513 aa  596  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.132381  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4726  AMP-dependent synthetase and ligase  61.31 
 
 		 519 aa  589  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.670318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2523  AMP-dependent synthetase and ligase  57.11 
 
 		 522 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  37.21 
 
 		 520 aa  300  4e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.58 
 
 		 518 aa  290  3e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 		 530 aa  290  5.0000000000000004e-77  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.01 
 
 		 518 aa  289  9e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2250  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 538 aa  287  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.66 
 
 		 518 aa  287  4e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 		 518 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.27 
 
 		 518 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.59 
 
 		 519 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.77 
 
 		 524 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.02 
 
 		 518 aa  280  3e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0778  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 		 518 aa  280  5e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0832  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.02 
 
 		 518 aa  279  8e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0876  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.02 
 
 		 518 aa  279  8e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 		 518 aa  279  1e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0707  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.05 
 
 		 518 aa  277  3e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.413153  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 525 aa  253  5.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 		 517 aa  242  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 512 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 		 523 aa  241  2.9999999999999997e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 521 aa  241  2.9999999999999997e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.26 
 
 		 520 aa  239  5.999999999999999e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 521 aa  236  8e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.54 
 
 		 513 aa  236  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.86 
 
 		 503 aa  235  1.0000000000000001e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5576  acyl-CoA synthetase  34.71 
 
 		 519 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628229  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 		 509 aa  230  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 		 518 aa  230  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.33 
 
 		 517 aa  229  7e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.33 
 
 		 517 aa  229  7e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.33 
 
 		 517 aa  229  7e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 		 516 aa  229  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.42 
 
 		 525 aa  227  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4817  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 541 aa  226  6e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  32.81 
 
 		 532 aa  226  8e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 		 518 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.85 
 
 		 529 aa  226  1e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 		 514 aa  225  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 506 aa  225  2e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 		 515 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 509 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  30.56 
 
 		 511 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  32.54 
 
 		 508 aa  223  6e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  33.53 
 
 		 532 aa  223  7e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 539 aa  223  8e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  31.07 
 
 		 518 aa  223  8e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  31.1 
 
 		 1043 aa  223  8e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 		 508 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 500 aa  222  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  30.68 
 
 		 515 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 524 aa  222  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 499 aa  220  3.9999999999999997e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  31.45 
 
 		 517 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3694  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 532 aa  218  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.178139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 508 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  31.07 
 
 		 518 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 502 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 502 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 505 aa  217  5e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  31.08 
 
 		 564 aa  217  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 		 518 aa  217  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  32.6 
 
 		 516 aa  216  8e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 		 502 aa  216  8e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  31.81 
 
 		 522 aa  216  9e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 493 aa  215  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 502 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2882  acyl-CoA synthetase  31.91 
 
 		 557 aa  214  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.19 
 
 		 515 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 530 aa  213  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 518 aa  213  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  31.94 
 
 		 516 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 		 518 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0130  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 502 aa  213  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 508 aa  213  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 527 aa  213  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 		 662 aa  212  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  30.38 
 
 		 527 aa  212  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 532 aa  212  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  30.92 
 
 		 503 aa  212  1e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4325  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.6 
 
 		 534 aa  212  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641194 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 		 520 aa  212  1e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 524 aa  212  1e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  30.78 
 
 		 565 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  31.42 
 
 		 536 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 509 aa  211  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  30.18 
 
 		 504 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 515 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>