More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1733 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  100 
 
 		 148 aa  306  9e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  99.32 
 
 		 148 aa  304  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  95.89 
 
 		 151 aa  292  9e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  82.14 
 
 		 145 aa  247  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  81.43 
 
 		 145 aa  246  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  73.94 
 
 		 160 aa  221  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  71.92 
 
 		 148 aa  219  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  71.92 
 
 		 146 aa  218  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  74.64 
 
 		 147 aa  218  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  74.64 
 
 		 147 aa  218  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  74.64 
 
 		 147 aa  218  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  71.23 
 
 		 148 aa  217  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  71.23 
 
 		 148 aa  217  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  71.23 
 
 		 148 aa  217  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  71.23 
 
 		 148 aa  217  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  71.23 
 
 		 148 aa  217  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  71.23 
 
 		 148 aa  217  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  68.24 
 
 		 152 aa  216  7.999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  71.03 
 
 		 148 aa  214  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  73.19 
 
 		 147 aa  213  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  73.19 
 
 		 147 aa  213  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  73.19 
 
 		 147 aa  213  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  70.34 
 
 		 149 aa  213  9e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  69.66 
 
 		 148 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  69.93 
 
 		 148 aa  211  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  70.42 
 
 		 159 aa  211  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  73.72 
 
 		 147 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  70.29 
 
 		 154 aa  209  9e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  70.8 
 
 		 148 aa  209  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  70.8 
 
 		 148 aa  209  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  68.75 
 
 		 161 aa  208  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  70.07 
 
 		 148 aa  208  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  66.9 
 
 		 155 aa  207  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  66.44 
 
 		 149 aa  207  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  68.84 
 
 		 154 aa  207  4e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  65.52 
 
 		 175 aa  207  5e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  67.61 
 
 		 148 aa  207  5e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  66.9 
 
 		 150 aa  205  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  65 
 
 		 155 aa  204  4e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  66.67 
 
 		 149 aa  203  6e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  65.25 
 
 		 153 aa  203  7e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  67.59 
 
 		 149 aa  202  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  65.96 
 
 		 170 aa  201  2e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  68.84 
 
 		 151 aa  201  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  63.95 
 
 		 154 aa  198  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  63.89 
 
 		 148 aa  198  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  63.89 
 
 		 148 aa  197  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  65.71 
 
 		 148 aa  197  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  67.38 
 
 		 142 aa  197  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  64.83 
 
 		 152 aa  197  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  65.96 
 
 		 148 aa  197  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  63.51 
 
 		 151 aa  196  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  64.58 
 
 		 150 aa  196  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  63.95 
 
 		 153 aa  196  7.999999999999999e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  65.25 
 
 		 150 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  63.51 
 
 		 151 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  62.33 
 
 		 153 aa  194  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  63.83 
 
 		 148 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  63.83 
 
 		 148 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  63.83 
 
 		 148 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  63.57 
 
 		 151 aa  194  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  65.94 
 
 		 147 aa  194  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  64.54 
 
 		 157 aa  193  7e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  62.16 
 
 		 154 aa  193  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  63.89 
 
 		 150 aa  193  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  64.08 
 
 		 160 aa  192  9e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  63.01 
 
 		 154 aa  192  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  61.22 
 
 		 164 aa  192  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  63.01 
 
 		 154 aa  192  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  59.86 
 
 		 162 aa  192  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  66.67 
 
 		 141 aa  192  1e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  62.07 
 
 		 146 aa  192  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  61.81 
 
 		 166 aa  190  5e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  62.94 
 
 		 161 aa  189  7e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  64.54 
 
 		 154 aa  189  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  61.11 
 
 		 154 aa  189  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  60.58 
 
 		 147 aa  189  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  62.77 
 
 		 143 aa  188  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  61.27 
 
 		 155 aa  189  2e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  61.87 
 
 		 163 aa  188  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  59.44 
 
 		 155 aa  187  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  58.57 
 
 		 153 aa  187  5e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  60.42 
 
 		 151 aa  187  5.999999999999999e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  61.54 
 
 		 155 aa  186  7e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  60.87 
 
 		 154 aa  186  9e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  60.28 
 
 		 145 aa  185  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  61.38 
 
 		 149 aa  184  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  60 
 
 		 150 aa  184  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  61.43 
 
 		 153 aa  184  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  59.85 
 
 		 150 aa  183  7e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  58.99 
 
 		 143 aa  181  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  59.42 
 
 		 154 aa  182  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  59.42 
 
 		 154 aa  182  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  58.7 
 
 		 156 aa  181  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  58.17 
 
 		 157 aa  181  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  58.27 
 
 		 143 aa  180  5.0000000000000004e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  62.59 
 
 		 153 aa  179  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  61.19 
 
 		 146 aa  179  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  55.94 
 
 		 163 aa  179  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  60.74 
 
 		 156 aa  178  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>