154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1683 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1683  type VI secretion protein, VC_A0107 family  100 
 
 		 179 aa  361  4e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0225402 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0941  type VI secretion protein, VC_A0107 family  84.43 
 
 		 181 aa  296  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0334  hypothetical protein  83.83 
 
 		 193 aa  293  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0243  hypothetical protein  83.83 
 
 		 193 aa  293  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0871713  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6114  type VI secretion protein  85.19 
 
 		 177 aa  292  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.27143 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1605  hypothetical protein  82.42 
 
 		 179 aa  291  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.350128  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3474  hypothetical protein  83.23 
 
 		 180 aa  291  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.279026  normal  0.968797 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0157  hypothetical protein  82.42 
 
 		 179 aa  291  5e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0133  hypothetical protein  82.42 
 
 		 179 aa  291  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1909  hypothetical protein  83.23 
 
 		 193 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0921  hypothetical protein  83.23 
 
 		 193 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1208  hypothetical protein  83.23 
 
 		 193 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2183  hypothetical protein  83.23 
 
 		 193 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.945386  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6673  type VI secretion protein  82.53 
 
 		 185 aa  288  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.72757  normal  0.388479 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1695  hypothetical protein  85 
 
 		 1238 aa  288  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2095  putative cytoplasmic protein  79.44 
 
 		 182 aa  286  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0980  hypothetical protein  84.05 
 
 		 179 aa  286  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3028  type VI secretion protein  79.52 
 
 		 178 aa  282  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3907  type VI secretion protein  81.44 
 
 		 179 aa  280  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.406432 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0305  type VI secretion protein, family  78.57 
 
 		 180 aa  278  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.557987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0311  type VI secretion protein, family  78.57 
 
 		 180 aa  278  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1479  type VI secretion protein  79.52 
 
 		 174 aa  276  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.276644  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1367  hypothetical protein  79.52 
 
 		 174 aa  276  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.466171  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2871  hypothetical protein  79.52 
 
 		 174 aa  276  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0121  hypothetical protein  82.05 
 
 		 179 aa  276  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0296  hypothetical protein  77.98 
 
 		 180 aa  275  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.822214 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0299  type VI secretion protein  77.98 
 
 		 180 aa  275  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.506089  normal  0.154697 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2322  hypothetical protein  80.62 
 
 		 171 aa  271  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0239725  normal  0.0114186 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01010  hypothetical protein  75.3 
 
 		 172 aa  262  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0155  hypothetical protein  75.3 
 
 		 172 aa  260  6e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0550  type VI secretion protein, VC_A0107 family  75.61 
 
 		 172 aa  259  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3850  type VI secretion protein  70.69 
 
 		 180 aa  256  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.453706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3003  hypothetical protein  73.01 
 
 		 178 aa  254  4e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4091  type VI secretion protein  71.86 
 
 		 168 aa  253  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000140512 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1476  hypothetical protein  68.79 
 
 		 182 aa  252  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26670  hypothetical protein (UCP028301)  69.38 
 
 		 188 aa  247  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.10267  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0193  type VI secretion protein, VC_A0107 family  65.91 
 
 		 189 aa  246  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2461  type VI secretion protein, VC_A0107 family  70.55 
 
 		 176 aa  243  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0258  hypothetical protein  70.25 
 
 		 193 aa  240  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1588  hypothetical protein  67.86 
 
 		 184 aa  239  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.149001  normal  0.271406 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1200  hypothetical protein  70.25 
 
 		 192 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2960  hypothetical protein  70.25 
 
 		 192 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2835  hypothetical protein  70.25 
 
 		 192 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561287  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0403  hypothetical protein  69.62 
 
 		 192 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1600  hypothetical protein  69.62 
 
 		 192 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1783  hypothetical protein  69.62 
 
 		 192 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0453  hypothetical protein  69.62 
 
 		 192 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0763  hypothetical protein  60.9 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.184659  normal  0.121475 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3565  type VI secretion protein  60.9 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3436  hypothetical protein  60.9 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00868528  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00266  hypothetical protein  61.64 
 
 		 150 aa  194  6e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1901  hypothetical protein  54.72 
 
 		 183 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2074  hypothetical protein  57.43 
 
 		 182 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.385689  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0789  hypothetical protein  57.43 
 
 		 182 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0700  hypothetical protein  57.43 
 
 		 182 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.160725  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2018  type VI secretion protein  57.43 
 
 		 182 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2360  type VI secretion protein, VC_A0107 family  55.35 
 
 		 183 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109575 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3041  type VI secretion protein, VC_A0107 family  55.41 
 
 		 178 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2268  hypothetical protein  46.91 
 
 		 177 aa  151  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.923124  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5978  type VI secretion protein  47.97 
 
 		 190 aa  150  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.332632  normal  0.785874 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1733  hypothetical protein  44.69 
 
 		 182 aa  149  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541869  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4953  hypothetical protein  46.3 
 
 		 177 aa  148  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2622  hypothetical protein  46.3 
 
 		 179 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3100  hypothetical protein  46.3 
 
 		 191 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310088  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01965  hypothetical protein  48.45 
 
 		 170 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.380992  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2764  type VI secretion protein  46.3 
 
 		 179 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0599499  normal  0.364663 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2510  type VI secretion protein  46.3 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.203105  normal  0.816356 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1207  type VI secretion protein, VC_A0107 family  45.66 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1529  hypothetical protein  44.94 
 
 		 167 aa  141  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3043  type VI secretion protein, VC_A0107 family  43.53 
 
 		 176 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02045  EvpA  43.21 
 
 		 166 aa  138  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.792135  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3073  hypothetical protein  46.79 
 
 		 168 aa  136  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.747125  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2930  type VI secretion protein  45.4 
 
 		 171 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00592536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2177  hypothetical protein  44.72 
 
 		 170 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000024001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3406  hypothetical protein  40.94 
 
 		 180 aa  134  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3559  hypothetical protein  44.79 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00132458  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2639  hypothetical protein  44.79 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00139416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0467  hypothetical protein  44.79 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00157357  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0445  type VI secretion protein  44.79 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.493585  normal  0.482575 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0381  hypothetical protein  44.17 
 
 		 171 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00433333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0402  type VI secretion protein  44.17 
 
 		 171 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000194603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4913  type VI secretion protein, VC_A0107 family  43.83 
 
 		 182 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468167  normal  0.0151327 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3645  EvpA  43.56 
 
 		 172 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0328511  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3477  hypothetical protein  48.84 
 
 		 176 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.772504  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2964  EvpA  43.56 
 
 		 172 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2443  hypothetical protein  44.26 
 
 		 180 aa  132  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.485859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3121  hypothetical protein  50 
 
 		 176 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241786  normal  0.0428701 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3635  hypothetical protein  43.56 
 
 		 172 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0300878  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3660  hypothetical protein  43.56 
 
 		 172 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471211  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3025  hypothetical protein  46.41 
 
 		 167 aa  132  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0474697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000020  uncharacterized protein ImpB  43.05 
 
 		 176 aa  132  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100303  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50800  hypothetical protein  41.14 
 
 		 187 aa  131  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34070  hypothetical protein  43.92 
 
 		 181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0502886  normal  0.0617525 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2896  hypothetical protein  43.92 
 
 		 181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2369  hypothetical protein  41.06 
 
 		 166 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6051  hypothetical protein  42.31 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0438  hypothetical protein  50.44 
 
 		 141 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.874563  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1171  putative type VI secretion protein VasQ-1  39.38 
 
 		 169 aa  110  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.242549  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5266  hypothetical protein  33.57 
 
 		 168 aa  87.8  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0625  hypothetical protein  31.47 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0562318 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>