More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1647 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_1010  threonyl-tRNA synthetase  70.98 
 
 
640 aa  969  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2625  threonyl-tRNA synthetase  56.6 
 
 
642 aa  779  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  8.21618e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1478  threonyl-tRNA synthetase  59.21 
 
 
660 aa  829  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  1.48351e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1779  threonyl-tRNA synthetase  72.11 
 
 
635 aa  980  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420901  normal  0.799245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4616  threonyl-tRNA synthetase  78.38 
 
 
643 aa  1059  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213357 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2330  threonyl-tRNA synthetase  55.82 
 
 
642 aa  777  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0271546  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10531  threonyl-tRNA synthetase  57.73 
 
 
638 aa  828  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.487806  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0777  threonyl-tRNA synthetase  55.59 
 
 
654 aa  729  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.073481 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2263  threonyl-tRNA synthetase  57.23 
 
 
642 aa  794  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.63048e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2144  threonyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 
642 aa  778  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000681025  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2120  threonyl-tRNA synthetase  56.45 
 
 
642 aa  787  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  5.84166e-05  normal  0.0496634 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1937  threonyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 
642 aa  785  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.27542e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1800  threonyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 
642 aa  785  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.1107e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2321  threonyl-tRNA synthetase  55.14 
 
 
675 aa  727  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.313721 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2193  threonyl-tRNA synthetase  45.98 
 
 
639 aa  635  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2057  threonyl-tRNA synthetase  52.21 
 
 
634 aa  682  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  1.36416e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1745  threonyl-tRNA synthetase  78.18 
 
 
637 aa  1021  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2099  threonyl-tRNA synthetase  61.87 
 
 
635 aa  839  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6323  threonyl-tRNA synthetase  54.45 
 
 
670 aa  721  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0103626 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1452  threonyl-tRNA synthetase  72.27 
 
 
635 aa  979  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0192845  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2491  threonyl-tRNA synthetase  56.45 
 
 
642 aa  782  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00112061  hitchhiker  0.000543841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1924  threonyl-tRNA synthetase  54.67 
 
 
675 aa  720  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0331233 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1967  threonyl-tRNA synthetase  61.2 
 
 
640 aa  858  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0134711  normal  0.0132251 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1913  threonyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 
642 aa  785  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.121147  normal  0.299034 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1820  threonyl-tRNA synthetase  56.6 
 
 
642 aa  779  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000360561  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1384  threonyl-tRNA synthetase  51.5 
 
 
635 aa  674  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  7.17334e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4525  threonyl-tRNA synthetase  56.22 
 
 
659 aa  689  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.082511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3481  threonyl-tRNA synthetase  61.04 
 
 
640 aa  857  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800828  normal  0.0249513 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02079  threonyl-tRNA synthetase  57.26 
 
 
642 aa  775  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1415  threonyl-tRNA synthetase  59.37 
 
 
660 aa  829  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  9.39714e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1638  threonyl-tRNA synthetase  56.48 
 
 
660 aa  739  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360122  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0942  threonyl-tRNA synthetase  57.08 
 
 
642 aa  777  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  4.84442e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1976  threonyl-tRNA synthetase  61.51 
 
 
640 aa  863  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30647  normal  0.0664699 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2018  threonyl-tRNA synthetase  56.13 
 
 
642 aa  784  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000164437  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1724  threonyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 
642 aa  787  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0116827  normal  0.392039 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0851  threonyl-tRNA synthetase  55.8 
 
 
646 aa  754  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0829  threonyl-tRNA synthetase  72.08 
 
 
640 aa  991  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.127421  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1612  threonyl-tRNA synthetase  52.13 
 
 
635 aa  705  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.78172e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2032  threonyl-tRNA synthetase  56.13 
 
 
642 aa  774  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0621532  hitchhiker  4.04638e-05 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06231  threonyl-tRNA synthetase  54.89 
 
 
638 aa  762  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0963  threonyl-tRNA synthetase  71.47 
 
 
635 aa  976  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0747512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1735  threonyl-tRNA synthetase  71.47 
 
 
635 aa  976  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261137  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1712  threonyl-tRNA synthetase  71.47 
 
 
635 aa  976  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713127  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2628  threonyl-tRNA synthetase  52.46 
 
 
645 aa  702  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  2.55721e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2196  threonyl-tRNA synthetase  56.42 
 
 
640 aa  751  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.163846  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5204  threonyl-tRNA synthetase  55.21 
 
 
688 aa  730  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2668  threonyl-tRNA synthetase  58.72 
 
 
652 aa  798  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.107403  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1712  threonyl-tRNA synthetase  56.6 
 
 
642 aa  779  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.03633e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1472  threonyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 
642 aa  784  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000205456  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2154  threonyl-tRNA synthetase  55.49 
 
 
661 aa  741  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2222  threonyl-tRNA synthetase  55.82 
 
 
642 aa  777  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  6.82535e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2504  threonyl-tRNA synthetase  61.51 
 
 
640 aa  859  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2597  threonyl-tRNA synthetase  62.42 
 
 
645 aa  849  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  1.86587e-06  hitchhiker  0.000386738 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1054  threonyl-tRNA synthetase  53.59 
 
 
660 aa  719  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.290687  normal  0.56724 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2136  threonyl-tRNA synthetase  62.93 
 
 
644 aa  882  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  2.63348e-08  hitchhiker  0.00165189 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3225  threonyl-tRNA synthetase  61.04 
 
 
640 aa  857  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.529889 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2746  threonyl-tRNA synthetase  53.02 
 
 
690 aa  695  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.180783 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1035  threonyl-tRNA synthetase  55.64 
 
 
693 aa  739  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.233676  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2148  threonyl-tRNA synthetase  55.82 
 
 
642 aa  777  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00500642  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1399  threonyl-tRNA synthetase  71.95 
 
 
635 aa  976  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00532167  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2823  threonyl-tRNA synthetase  48.25 
 
 
643 aa  639  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.77582e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2053  threonyl-tRNA synthetase  56.92 
 
 
642 aa  785  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.22159  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1647  threonyl-tRNA synthetase  100 
 
 
635 aa  1315  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0710025 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2044  threonyl-tRNA synthetase  53.76 
 
 
661 aa  708  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565288  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1870  threonyl-tRNA synthetase  67.51 
 
 
635 aa  927  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47552  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20420  threonyl-tRNA synthetase  61.36 
 
 
640 aa  832  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1448  threonyl-tRNA synthetase  78.37 
 
 
639 aa  1051  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2211  threonyl-tRNA synthetase  53.7 
 
 
666 aa  718  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1450  threonyl-tRNA synthetase  58.65 
 
 
643 aa  754  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1372  threonyl-tRNA synthetase  52.05 
 
 
635 aa  697  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  3.83369e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7169  threonyl-tRNA synthetase  54.78 
 
 
670 aa  701  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.308323  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0185  threonyl-tRNA synthetase  51.65 
 
 
639 aa  707  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.79764e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2405  threonyl-tRNA synthetase  46.46 
 
 
639 aa  641  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01677  hypothetical protein  57.39 
 
 
642 aa  784  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0538316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1951  threonyl-tRNA synthetase  56.6 
 
 
642 aa  778  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250897  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1888  threonyl-tRNA synthetase  55.97 
 
 
642 aa  775  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0912  threonyl-tRNA synthetase  59.75 
 
 
638 aa  791  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0723  threonyl-tRNA synthetase  49.05 
 
 
631 aa  645  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  4.76694e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0608  threonyl-tRNA synthetase  50.71 
 
 
634 aa  685  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.769524  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0392  threonyl-tRNA synthetase  49.92 
 
 
633 aa  674  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003716  threonyl-tRNA synthetase  56.13 
 
 
642 aa  767  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.63633e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1320  threonyl-tRNA synthetase  61.43 
 
 
637 aa  835  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.865645  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2180  threonyl-tRNA synthetase  56.6 
 
 
642 aa  778  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0516058  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1669  threonyl-tRNA synthetase  50.95 
 
 
637 aa  660  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  1.37846e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0043  threonyl-tRNA synthetase  51.37 
 
 
649 aa  652  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2401  threonyl-tRNA synthetase  49.68 
 
 
634 aa  674  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.162517  normal  0.284009 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2997  threonyl-tRNA synthetase  50.89 
 
 
644 aa  635  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2230  threonyl-tRNA synthetase  51.66 
 
 
636 aa  696  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00712554 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2973  threonyl-tRNA synthetase  46.77 
 
 
640 aa  638  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2614  threonyl-tRNA synthetase  56.26 
 
 
644 aa  728  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2598  threonyl-tRNA synthetase  54.98 
 
 
675 aa  725  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.311261 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1461  threonyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 
642 aa  788  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0578341  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1444  threonyl-tRNA synthetase  57.86 
 
 
642 aa  789  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0960598  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2805  threonyl-tRNA synthetase  61.61 
 
 
633 aa  850  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3886  threonyl-tRNA synthetase  55.68 
 
 
687 aa  735  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1869  threonyl-tRNA synthetase  53.76 
 
 
646 aa  675  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130621  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2276  threonyl-tRNA synthetase  55.42 
 
 
675 aa  729  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.644859 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01383  threonyl-tRNA synthetase  61.61 
 
 
649 aa  847  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1977  threonyl-tRNA synthetase  97.95 
 
 
635 aa  1271  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2756  threonyl-tRNA synthetase  70.62 
 
 
635 aa  968  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323332  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>