More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1524 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1524  beta-lactamase  100 
 
 		 404 aa  824    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00136534  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6213  beta-lactamase  31.53 
 
 		 390 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2025  beta-lactamase  33.61 
 
 		 401 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3124  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.26 
 
 		 415 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0474  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.46 
 
 		 449 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1472  beta-lactamase  29.03 
 
 		 395 aa  161  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.210469  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0215  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  35.91 
 
 		 419 aa  159  8e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1381  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.34 
 
 		 405 aa  158  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1544  beta-lactamase  31.85 
 
 		 389 aa  156  7e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.518663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0916  hypothetical protein  30.03 
 
 		 405 aa  153  5e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0905  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.84 
 
 		 425 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5884  beta-lactamase  30.52 
 
 		 412 aa  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6344  hypothetical protein  27.76 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0919  beta-lactamase  31.01 
 
 		 405 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.357433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73090  hypothetical protein  27.99 
 
 		 414 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.129935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1634  beta-lactamase  27.59 
 
 		 416 aa  144  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.374388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4867  beta-lactamase  30.25 
 
 		 447 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5403  beta-lactamase  28.96 
 
 		 447 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00345414 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5459  beta-lactamase  28.96 
 
 		 447 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2902  beta-lactamase  27.47 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.684015  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1494  Beta-lactamase  27.88 
 
 		 505 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0788592  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4710  beta-lactamase  30.72 
 
 		 396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.07 
 
 		 395 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1482  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.11 
 
 		 467 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0769543  normal  0.0469616 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1441  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.23 
 
 		 467 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.793132  normal  0.012799 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2084  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27 
 
 		 391 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113455  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2998  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.48 
 
 		 419 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520876  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1669  beta-lactamase  31.15 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13265  hitchhiker  0.00573007 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0869  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.88 
 
 		 443 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3306  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.75 
 
 		 419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0177135  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3101  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.11 
 
 		 419 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0260575  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3014  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.33 
 
 		 419 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00694763  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3346  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.11 
 
 		 419 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2098  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25 
 
 		 442 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3310  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.75 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3087  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.8 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.641141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4468  putative Beta-lactamase family protein  29.2 
 
 		 389 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3323  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.42 
 
 		 419 aa  116  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3316  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.48 
 
 		 419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0655  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.43 
 
 		 397 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1765  6-aminohexanoate-dimer hydrolase lipoprotein  28.5 
 
 		 397 aa  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.431055  normal  0.446623 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2177  beta-lactamase  31.29 
 
 		 417 aa  113  7.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24822  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1411  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.56 
 
 		 452 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3787  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.82 
 
 		 445 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0617311  normal  0.585556 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1926  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.24 
 
 		 419 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1082  beta-lactamase  29.97 
 
 		 384 aa  108  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00482001  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2107  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.84 
 
 		 420 aa  108  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0139547  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3232  beta-lactamase  27.24 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0338  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.34 
 
 		 446 aa  106  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.691557  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0196  beta-lactamase  26.44 
 
 		 399 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3282  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.75 
 
 		 449 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.622718  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1974  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.73 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.624159  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2020  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.73 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03585  hypothetical protein  26.87 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.45249  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4946  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.55 
 
 		 444 aa  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1376  hypothetical protein  27.78 
 
 		 431 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0652  beta-lactamase  30.07 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0875652 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2807  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.17 
 
 		 448 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0455053  normal  0.617954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5145  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.75 
 
 		 442 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.603584  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.19 
 
 		 385 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.792193 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11737  hydrolase  27.87 
 
 		 415 aa  96.7  7e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.19965e-18  normal  0.71078 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1129  beta-lactamase  30.16 
 
 		 372 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2128  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.17 
 
 		 439 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2876  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  21.87 
 
 		 410 aa  94.7  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1945  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.96 
 
 		 430 aa  94  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0642639  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0045  beta-lactamase  28.3 
 
 		 374 aa  94  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.975073  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2128  beta-lactamase  28.23 
 
 		 443 aa  90.5  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.165199  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0992  beta-lactamase  27.99 
 
 		 360 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000425136 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1793  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.16 
 
 		 408 aa  88.2  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2109  beta-lactamase  29.45 
 
 		 453 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.175028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0889  beta-lactamase  28.67 
 
 		 378 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2715  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  22.62 
 
 		 387 aa  87  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1841  hypothetical protein  25.95 
 
 		 446 aa  86.7  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.288478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3290  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25 
 
 		 446 aa  86.7  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0928  beta-lactamase  28.67 
 
 		 359 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5369  beta-lactamase  30.45 
 
 		 432 aa  86.3  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.545883 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2638  beta-lactamase  21.96 
 
 		 387 aa  85.5  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0995  putative hydrolase transmembrane protein  25.85 
 
 		 491 aa  85.1  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.730938  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4462  beta-lactamase  27.3 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.210437  hitchhiker  0.0088578 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1370  hypothetical protein  23.57 
 
 		 426 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2872  beta-lactamase  26.55 
 
 		 475 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2612  beta-lactamase  25.95 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1691  beta-lactamase  22.76 
 
 		 380 aa  83.6  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00227097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5881  beta-lactamase  30 
 
 		 475 aa  83.2  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56530  hypothetical protein  26.71 
 
 		 384 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1289  Beta-lactamase  28.19 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37730  beta-lactamase class C protein  28.1 
 
 		 371 aa  81.6  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2913  Hydrolatse transmembrane protein  26.28 
 
 		 459 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539084  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1900  beta-lactamase  24 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2086  putative beta-lactamase  23.83 
 
 		 421 aa  81.3  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.114725  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1926  beta-lactamase  23.05 
 
 		 387 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.449475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0047  Beta-lactamase  28.48 
 
 		 397 aa  79.7  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.705226  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0204  Beta-lactamase  26.28 
 
 		 466 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3326  beta-lactamase  25.89 
 
 		 481 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0484154 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1495  putative hydrolase transmembrane protein  26.9 
 
 		 456 aa  79.3  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.713415  normal  0.585878 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2731  beta-lactamase  24.5 
 
 		 640 aa  79.3  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5027  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  28.8 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.140335  decreased coverage  0.0061347 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  25.16 
 
 		 407 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4917  hypothetical protein  25.96 
 
 		 371 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.870689  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2024  beta-lactamase  26.94 
 
 		 468 aa  79  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.770914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>